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此做法是不合法的，是违反有关法律规定的。我们可以从是否应该扣工资和应该扣多少工资两个方面来讨论一下。
1、旷工离职是否违法，是否应该承担法律责任
根据我国《劳动合同法》第三十七条规定，劳动合同履行期间，在用人单位无法认定员工过错情形下，劳动者应提前30天书面通知用人单位，可以解除合同。无需用人单位同意，30天期满，用人单位即应结清工资，办理解除合同手续。但30天未满，劳动者不得擅自离职，否则，构成违法解除合同，应当赔偿用人单位损失；30天是给予用人单位安排人员接替工作的期限，30天未满，用人单位可以办理解除合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
如果用人单位存在《劳动合同法》38条的情况，你书面提出解除劳动关系后可以立即走人不需要用人单位的批准，并可以要求支付剩余的工资及经济补偿金（每工作1年支付1个月工资）及办理离职手续等；（38条具体规定可自行上网查询）
没有提前30天或者是3天提出离职，用人单位也不存在《劳动合同法》38条的情况，你直接提交辞职信在未取得公司的同意就走人，这个时候就是你违法了，给用人单位造成的直接经济损失、招聘你产生的费用，用人单位可以要求你承担。
通过以上的法律法规我们可以清楚的看到，离职可以，是每个员工的权利所在，公司无权利不允许你辞职，但是并不是申请了辞职就可以自行离开或者是旷工的，必须满足相应的条件以后才可以走人。如果在申请离职的30天之内，你和用人单位意见达成一致，你在提交离职协商一致的后就可走人，就不需要等到一个月以后走人了，这样也不会有任何的经济损失。
像问题中所说，在申请离职后，不到规定中可以离职的期限，便擅自旷工离职，公司是可以要求员工进行相应的经济赔偿的。
2、应该扣除多少的工资
《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。所以，劳动者当月工作了多少天，就必须发多少天的工资，旷工的时间不应扣发工资，如给用人单位造成了损失，就需要承担赔偿责任，最多只能扣除当月工资的20%。
综上所述，因旷工离职的原因公司是有权力扣除你一部分工资进行经济补偿的，这个是无可厚非的，毕竟是自己有错在先，但是扣除的钱只是其中的一小部分，扣除太多导致不符合法律中所规定的有关条例这个问题我们是可以进行劳动仲裁的，一码归一码，离职和工资是两个部分，都要符合法律规定才可以。所以说独自旷工离职是不符合法律规定的，但是扣除两个月的工资是不合法的，是可以申请劳动仲裁的。
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上啥班
正式员工离职一般要提前一个月申请，你仓促离职不说还旷工很可能会给公司造成一定的损失，公司向你要求赔偿金是合理的。
你这样也很不负责了，就算你急也可以协商解决，员工都跟你这样公司还怎么开。
小鱼苏妙
公司做法不合法，不过你也有不对的地方，提醒一句，劳动仲裁程序复杂还要请律师，你要把企业欠你的算一遍，企业也要把你欠公司的算一遍，算起来你是亏的，假如说你没理亏，建议去劳动监察追回去工资就可以了，不需要劳动仲裁，看你自己想法了。
