公元1402年的6月13日，朱棣率領的燕軍抵達南京，徐達的第四個兒子徐增壽作為朱棣的內應，打算開城投降，結果事情敗露，建文帝火冒三丈，親自將徐增壽誅殺於左順門。
徐增壽死後，鎮守金川們的大將李景隆投降燕軍，朱棣率領軍隊攻入南京城，據說燕軍士兵在進入城中之後，建文帝一把火燒了皇宮，而他本人卻不知所蹤，有人說他成了一名雲遊天下的僧人，還有人說他逃亡了東南亞，但是他對真正下落已經無法考證，成為了明朝歷史上的一樁懸案。
就在明朝的子民為建文帝的下落爭論不休的時候，明朝西部的撒馬爾罕城裡，帖木兒帝國的主人瘸狼帖木兒已經回到了這裡，他在不久前曾擊敗了奧斯曼帝國的蘇丹閃電巴耶濟德，他在戰爭結束後便立即率軍返回撒馬爾罕，因為明帝國發生的靖難之役時刻刺激著他的神經。
在靖難之役爆發之前，帖木兒便已經派出大量間諜前往明朝，他們以商人和使臣的名義四處蒐集情報，把明朝的軍事、地理、民族和宗教進行了詳細打探，那些有價值情報被源源不斷的送往帖木兒帝國的首都撒馬爾罕。
在得知明朝國都南京被燕軍攻陷之後，帖木兒的的神經再次緊繃起來，他嗅到了一個對自己十分有利的機會，因為他得知了建文帝失蹤的消息，這位老謀深算的野心家立即想出了一個對明朝來說十分致命的計劃。
帖木兒派人前往明朝四處打探建文帝的消息，他打算幫助建文帝重登王位，以此來建立一個傀儡政權，但是他派出的間諜都沒有打探到建文帝的下落，此時的帖木兒已經準備好東征明朝了，他不想再等了，於是他決定在進軍明朝的途中，找一個相貌和建文帝相似的回回人或者蒙古人，對外宣稱他就是建文帝，這樣一來自然會有很多不明真相的民眾前來投靠帖木兒，然後帖木兒就會在明朝建立一個傀儡政權。
在離開撒馬爾罕之前，帖木兒就已經開始四處散播消息摸黑朱棣，他曾對明朝的使臣說道：“你們的可汗弒侄叛父，是個大混蛋，我現再就要去討伐他。”
或許是因為帖木兒已經瞭解到明朝的強大，因此他在東征明朝前已經做了十分精細的準備，從後勤補給到戰略戰術，他都已經準備的十分完善，但是他沒有料到的是自己的壽命，他在還沒有找到冒充建文帝的年輕人之前便已去世。
公元1405年的2月18日，帖木兒在行軍至訛答剌時因病去世，他的東征明朝計劃也宣告流產，而他的子孫們卻沒有一個擁有帖木兒的野心和魄力，他們在帖木兒去世之後紛紛率軍回國，並且在不久後送回了帖木兒扣押數年之久的明朝使臣，宣佈兩國的關係正常化。
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