藥物副作用在每個服用抗HIV藥物的人身上都可能出現，但這並不意味著所有人一定會經歷藥物副作用。事實上，抗HIV藥物的副作用很少。大多數感染者打從開始服用抗病毒藥物以來，還壓根兒沒遇見過任何的藥物不良反應。
藥物副作用的表現具有個體差異。不同人服用同種藥物時，可能出現不同類型、不同嚴重程度的不良反應。
對於有些人，服用抗病毒藥物確實帶來了一定的副作用，但都是很輕微、溫和的副作用，完全可以忍受，不會給生活帶來任何影響；並且這些副作用不久就會完全消失。
藥物副作用的發生幾率因人而異，患者是否出現藥物副作用一定程度上受某些遺傳基因的調控。
此外，藥物副作用與種族有一定相關性。比如，有些人對依非韋倫的藥物代謝比其他人慢，增加了發生藥物副作用的風險。一般認為這與基因變異有關，而這種變異在非洲黑種人中較為常見。
有時，患者服用HIV抗病毒藥物的同時還在使用其他的藥物，如非處方藥、植物藥或毒品、精神藥品等。這些藥劑也使抗病毒藥物出現副作用的風險大為增加。
生活方式也是藥物副作用的影響因素之一。比如，某些抗HIV藥物有升高血脂的風險，如果用藥患者本身的飲食結構就含有較高的脂肪，無疑會增加使血脂異常的風險。又如，某些抗HIV藥物本身就有增加心腦血管疾病發作的風險，一旦患者具有吸菸的習慣或有心臟病家族史，則其罹患心腦血管疾病的可能性更大。
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