莆田市湄洲島上的媽祖廟，最早建於宋雍熙年間，距今已有一千多年的歷史。關於這座世界上最早建立的媽祖廟，民間流傳著一個富有傳奇色彩的故事。
據說，北宋雍熙四年九月初九，林默羽化昇天後，百姓為了紀念她，就在島上立祠奉祀。那時的廟宇雖只落落數椽，但前來燒香膜拜的有不少。
有一年春天，大商人三寶押著一船貴重的貨物，要運往達羅國。因天氣惡劣，商船就停泊在湄洲灣裡過夜。
第二天，雲開日出，三寶決定起錨啟航。臨出發時，船碇好像被什麼東西粘住似的，怎麼也拔不起來。水手下水去起船碇，嚇了一跳，原來是一隻大海龜，死死壓在船碇上，趕也趕不走。
水手急忙爬上船，稟報三寶說：“老爺，有一隻大海龜壓住船碇，不讓我們開船呢!”
三寶覺得驚奇，說：“今天遇上這等奇事，也許是神明啟示我們，不日海上還有風暴呢，咱就在這裡歇息數日再走吧。”
他們又在港灣歇了三天，果然海上又起風暴，風力很大。波浪滔滔，十分驚人。三寶計算了航程，大吃一驚!如果那天沒有海龜擋住，那一切都完了，全部財物將沉入大海，損失不堪設想，必定財喪人亡，劫難難擔。
三寶越想越奇，就去問當地老人，問他們此方有什麼神最靈?老者回答說：“湄洲島上的神女最顯。”
三寶和夥計們買了香燭、三牲，登上湄洲山，到“通賢神女”祠裡燒香許願：
“神女有靈，此香為證，若能保佑我等平安返航，當重修神廟，再塑金身。”說罷，又行了三跪九叩之禮，把3炷香線香插在祠前的石縫中間。
三寶從湄洲回到船上時，大海龜才離開船碇。於是他們就放心起錨啟航。商船飄洋過海，一帆風順。後來，三寶在達羅國經商三年，發了大財。回來時，大船已裝滿了金銀財寶。
三寶的船一進湄洲島，就想起當年海龜壓碇的事，也記起當年燒香許願的事。他急忙帶著夥計，特地登上湄洲島去答謝神女。他們來到神女祠前，感到很奇怪，原來，三年前的3炷香，已經化成3株不知名的奇樹。這天，正是林默的生日，樹上枝葉茂盛，繁花萬朵，奇香撲鼻，粉蝶繚繞於前，翩翩起舞。
三寶當即叫人找來幾大箱銀寶，捐獻給神女祠，吩咐說全部用於擴建媽祖廟。於是，一座富麗堂皇的媽祖廟就出現在湄洲島上。
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