要在全市域生物物種資源普查的基礎上，出臺南京生物多樣性方面的保護規劃，充分地保護好、利用好生物物種資源。南京市的科研力量雄厚，完全有條件做好引種馴化工作，培育出“南京品種”。
應區別城市主幹道、次幹道、出城道路、沿江沿河、衛生防護和景觀林帶及廠礦區、居住區等不同的功能需求，培植選種一批“鄉土樹種”，如能吸收有毒氣體的側柏、丁香、廣玉蘭等“環保樹種”，殺菌能力較強的雪松、柳杉、欒樹等“保健樹種”，樹形優美的馬褂木、無患子等“景觀樹種”等。在行道樹上，大力發展鄉土樹種；在物種配置上，要兼顧視覺效果和功能結構，做到四季常綠、四季有花，使南京城市的綠化水平和檔次再上一個臺階。
做好溼地等生態源區的保護利用工作。基於宏觀生態網架的控制要求，對於生態走廊相交的節點地區，以及走廊附近具有保存鄉土物種、涵養水源、保護自然和人文景觀等重要生態服務功能的地區，要劃定為生態源區，禁止開發建設。
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