1、抗生素干擾免疫效果。
抗生素對仔豬的免疫功能有抑制作用，目前已經發現土黴素類的抑制作用很強。無論是用活疫苗還是滅活疫苗，這些藥物都會干擾仔豬的免疫效果。已經有不少研究結果表明，多種抗生素都會嚴重影響豬丹毒活疫苗、豬偽狂犬疫苗，甚至是豬瘟疫苗的免疫效果。可見，抗生素的濫用，也能對現在常出現的“免疫抑制”、“免疫失敗”等情況也能有了一個合理有效地解釋了。
2、引起豬群二重感染。
抗生素在殺滅病原微生物的同時，對機體內的益生菌也會有抑制和殺滅作用，造成豬隻體內菌群失調、生態平衡受到破壞，引發機體二重感染，併產生耐藥性，給豬病的防控帶來了很大的麻煩，使得以往較少發生的細菌病比如大腸桿菌、葡萄球菌等轉變成為豬群主要的傳染病。
3、豬肉出口受到限制。
濫用抗生素使得養豬業越來越多的產品遭受出口方面的限制和障礙，因為許多國家和地區都發出了禁用抗生素的命令。國際上“綠色貿易壁壘”升溫，濫用抗生素的動物產品將越來越多遭遇產品出口方面的限制，對我國的生豬養殖業形成了嚴峻的挑戰。
在生豬養殖業，對抗生素的使用要更加的專業化，對疫病做出正確的診斷，這是正確使用抗生素的前提。還要廣泛開展農民的培訓工作，積極向養殖戶們普及養殖專業知識，大力推廣綠色畜產品生產技術，搞好動物疫病的綜合紡織技術，要讓生產者、消費者和監管人員意識到抗生素殘留對人體的危害。使得我國獸藥的研製、推廣、使用朝著健康有序的方向發展。
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