在幽门螺杆菌疫苗接种方案建立及实施之前，抗菌药物联合运用仍然是根除幽门螺杆菌唯一有效的办法。全国幽门螺杆菌共识等专家逐步形成共识，认为幽门螺杆菌感染的病人中，必须接受根除治疗的指征主要包括以下几类。
伴有幽门螺杆菌感染的消化性溃疡，包括胃溃疡和十二指肠溃疡，不论溃疡是活动期还是静止期，不论有无并发症，消化性溃疡在根除幽门螺杆菌以后溃疡不再复发，绝大数病人获得痊愈。
胃粘膜相关淋巴瘤。70%本病病人根除幽门螺杆菌之后病变可望消退。除了幽门螺杆菌治疗之外，必要的时候仍然需要手术和化疗。早期胃癌切除术后根除幽门螺杆群，可以明显的降低其复发。
胃炎伴有明显的粘膜异常，比如胃炎伴有糜烂，中重度萎缩性胃炎、肠化、不典型增生等等。需要长期使用或正在使用非甾体抗炎药物等。
有胃癌家族史的，而功能性消化不良，是否需要根除幽门螺杆菌还需要进一步的商讨。胃癌家族史以及幽门螺杆菌感染的，必须给于根除。
胃、十二指肠溃疡以外的幽门螺杆菌感染，所引起的疾病治疗根除幽门螺杆菌治疗，还有待进一步研究。对于无危险因素的个人希望治疗者暂不必治疗。以上几种幽门螺杆菌感染，建议积极治疗。
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