企業所得稅的計算是一個系統複雜的過程，涉及到諸多的扣除事項。而會計核算又具備極強的邏輯性和連貫性，任何一個數字的失誤都可能導致最後所得稅計算不精確。
首先我們看看除掉計算錯誤之後，還有哪些原因可能導致企業多交所得稅。
1、減免（包括“先徵後退”）應退稅款；
2、依法預繳稅款形成的彙算和結算應退稅款；
3、誤收應退稅款、滯納金、罰沒款；
4、其他應退稅款、滯納金和罰沒款；
5、誤收和其他應退稅款的應退利息。
搞清楚了原因，對於多交的稅款，會計該如何處理呢？
方法一：申請退稅
納稅人多繳納的稅款，稅務機關應依法予以退還。按照《稅收徵管法》第51條規定：
1、納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還；
2、納稅人自結算繳納稅款之日起3年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還；
3、涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。
方法二：抵繳應納稅款
為減少流程，多繳稅款一般按先抵繳稅款後退稅的辦法處理。
若多交了企業所得稅，根據國稅發〔2009〕79號第十一條規定，納稅人在納稅年度內預繳企業所得稅稅款超過應納稅款的，主管稅務機關應及時按有關規定辦理退稅，或者經納稅人同意後抵繳其下一年度應繳企業所得稅稅款。
具體說來，多繳稅款可以抵繳以後年度稅款，在企業所得稅季度申報表第16行預繳時抵減，年度彙算清繳納稅申報時將抵減額填在主表第37行“以前年度多繳的所得稅額在本年抵減額”。
會計處理如下：
1、根據稅務機關的審批報告等：
借：應交稅費——多繳所得稅 100
貸：以前年度損益調整 100
借：以前年度損益調整 100
貸：利潤分配-未分配利潤 100
2、預提所得稅：
借：所得稅費用 150
貸：應交稅費-應交所得稅 150
3、實際交稅：
借：應交稅費-應交所得稅 150
貸：應交稅費-多繳所得稅 100
銀行存款 50
若多交了增值稅，抵減下期應納稅款時，將其填入《增值稅納稅申報表》第25項“期初未繳稅額（多繳為負數）”。
增值稅多交稅款會計處理：
借：應交稅費——未交增值稅
貸：應交稅費——應交增值稅（轉出多交增值稅） 抵減以後期間應交增值稅，無需編制會計分錄，只在申報表填列即可。
方法三：抵繳欠稅款
根據《稅收徵收管理法實施細則》第79條以及《關於應退稅款抵扣欠繳稅款有關問題的通知》（國稅發〔2002〕150號）規定：
當納稅人既有應退稅款又有欠繳稅款的，稅務機關可以將應退稅款和利息先抵扣欠繳稅款；抵扣後有餘額的，再退還納稅人。
這裡需要注意的是：所謂欠稅必須滿足兩個條件，稅務機關係統有了申報數據，且超過了規定納稅期限。
企業查補的稅款能否抵減稅款，關鍵是該稅款是否經到了稅務執行環節，是不是已經履行了一定的手續，並在稅務系統中申報超期，產生了相應的滯納金。
只有查補的稅款形成了欠稅，才可以直接抵減多繳的稅款。如果查補的稅款尚未形成欠稅，則不可抵減。
通常情況下，不建議企業以補抵繳。這種方法雖然可行，但卻是一個昏招。企業有查補稅款時應直接繳納，不要等著查補稅款超期形成欠稅後，再用多交的稅款來抵減。因為欠繳稅款應按日收取0.5‰的滯納金，這對企業來說是額外的資金成本。 所以，考慮到滯納金與資金的時間價值，查補稅款與多繳的稅款，應各種結算，不要將兩者混在一起。
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