他為祖國爭得了極大的榮譽，法國政府為他頒發了大十字勳章，並建立了以他的名字命名的“巴斯德研究院”。
路易·巴斯德在生物科學和醫學科學上的貢獻都是無與倫比的。然而，更為重要的是，他運用自己學到的知識解決了許多生產中的實際問題，在十分簡陋的條件下，他以自己對祖國和科學事業的熱愛，解決了當時法國在啤酒業、養蠶業、畜牧業和醫學上的許多疑難問題，為法國爭得了極大的榮譽。並在世界科學界贏得了廣泛的尊敬和崇拜。
巴斯德雖然在科學上很有自己的見解，不愧為一代科學大師。但是，他的脾氣太急噪，經常為了科學上的一些問題和對手爭得面紅耳赤，有時甚至於到了要動武和決鬥的程度。
巴斯德同普歇的論戰結束不久，可能是為了改變一下生活環境，1865年他離開了巴黎，把家搬到了法國的一個小城鎮上。當時的巴斯德，還沒有什麼大名氣，因此，他來到這裡以後，這個小城鎮的市長就跑來問他：“先生會辦什麼事情?”巴斯德為了在這個小鎮上長期住下來，就隨口回答了一句話：“我什麼都能辦。”就這一句話，給巴斯德帶來了極大的榮譽。
巴斯德住的這個小鎮是法國盛產啤酒的地區。有一天，市長大人來找他，原來本地的啤酒在製造中出了問題——好好的啤酒變酸了。因為巴斯德說過他什麼都能幹，那麼啤酒變酸他也一定能解決了，所以市長就找上門來了，要求巴斯德幫助解決一下。
這時巴斯德剛剛結束了和普歇的論戰，他已經對微生物有了十分深刻的瞭解和認識。於是，他就向造酒的人們要了一點兒變酸了的啤酒，並且把它放到了顯微鏡下面，進行了仔細的觀察。他發現，在酸啤酒中有一種小小的微生物——今天我們稱之為“乳酸桿菌”的小動物。當他把好啤酒放在顯微鏡下的時候就沒有這種小動物。看來，正是這些個小傢伙使啤酒變酸了。既然知道了啤酒變酸的原因，問題就好解決了。首先，啤酒好壞不用嚐了，只要讓巴斯德先生用眼睛一看就知道了。已經酸了的啤酒怎麼辦呢?巴斯德先生有一個最好的辦法：重新煮一煮就行了(其實這就是巴斯德滅菌法)。當然，這樣一來，啤酒中的乳酸桿菌全都被煮死了，啤酒也就不會再變酸了。
從此以後，這種高溫消毒的方法就廣泛的流傳開了，巴斯德的名氣也就越來越大了。但是，巴斯德不僅得到了人們的尊敬，同時也被當地的人們真的看成了“什麼事情都能辦的人”。後來，法國發生了大面積的蠶病，於是，人們真的又來找巴斯德先生了。
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