崇禎元年七月,崇禎召見袁崇煥，聽取其對付後金的意見。當時，袁說，給我五年時間，遼東外患可平，全遼可復。崇禎聽了十分驚喜。
但一旁陪同的兵科給事中許譽卿心存疑惑，事後，他問袁：你有什麼胸有成竹的方案嗎？袁卻回答：聊慰聖心耳。也就是說，他只是寬崇禎的心。許大驚，他說，皇上英明之極，你豈可浪對？到時按期責功，你怎麼辦？
這時，袁崇煥才感到後悔。當崇禎再次召見時，袁崇煥立即對五年計劃提出了相當的條件：第一是要戶部保證錢糧；第二是要兵部保證武器；第三是要吏、兵二部保證給他用人上的主動權。 
對這些近乎苛刻的條件，崇禎一一應允，並進一步賦予了袁崇煥便宜行事之權，賜給他先斬後奏的尚方寶劍。正是用這把尚方寶劍，袁崇煥處死了毛文龍。
當時，毛文龍坐鎮於皮島。皮島又稱椴島、東江，是位於渤海中的一座長十五里、寬十里的島嶼，它與鴨綠江口的獐子島和鹿島遙相呼應，呈三足鼎立之勢。
毛文龍原是杭州的一個無業遊民，三十歲時經其舅推薦給遼東巡撫王化貞，很快脫穎而出，一直升任到副總兵。此後，他率軍進駐皮島，利用該島的交通條件，召集流民，通商開發，幾年間就使該島“遂稱雄鎮”。皮島地處後金海上咽喉之地，當明軍在遼東的幾座重鎮相繼失守後，皮島的戰略意義更加突出。
應當說，毛文龍儘管有過殺良冒功的行徑，但他治理的皮島對後金仍是極大的牽制，朝廷——包括對政事一向不感興趣的天啟——都充分認識到了這一點，不僅把他提升為總兵，還多次派人前往慰問。對毛文龍的作用，翰林院編修姜曰廣認為：“建州之有東江，猶人身之有蚤蝨也。撮之則無處著手，聽之則吮膚而不寧……使無東江，則彼得用遼人耕遼土矣。”也就是說，毛文龍像叮附在後金身上的一隻跳蚤，雖然不至於使後金為此喪命，卻可以不斷地騷擾它，使它不得安寧。
但坐鎮一方時間稍長，這隻跳蚤就變得不那麼容易控制了，朝廷上下開始對毛文龍由腹誹到口誅筆伐，而毛文龍本人，的確由於久鎮一方而變得驕橫不法。
其一，他幾乎把皮島駐軍變成了毛家軍——軍中擔任要職的，大多是他的子侄或義子；
其二，他虛報兵額二十萬，其實不到五萬，其他十幾萬人的軍餉，大多數落入私囊；
袁崇煥對毛文龍的這些不法情況瞭如指掌，並且，這位有道德潔癖的忠臣在還沒有正式接觸毛文龍之前，就已經定下了應對之策。京城期間，錢龍錫和袁崇煥談天，問及如何處理和毛文龍的關係，袁崇煥脫口而出：可用則用之，不可用則殺之。
不難看出，驅使袁這樣做的，當然不是個人私利，而是個人的道德好惡。他看不慣毛文龍的驕橫不法，更看不慣毛文龍對朝廷詔命的陽奉陰違。但無論如何，毛文龍罪不致死，更何況，大敵當前，毛文龍也算是獨當一面的方面大員，草率地加以戮殺，袁崇煥何其失策也。
袁崇煥到任後，和毛文龍關係極為緊張。他派官員到皮島對毛文龍進行審計，接著又宣佈海禁，不許商船徑直開往皮島。毛文龍當然不願就此服輸，他多次上書崇禎訴苦，但崇禎態度含糊，不肯表態。毛文龍不願服輸，袁崇煥理所當然地認為這就是“不可用”，不可用如何處置呢，那就是像他和錢龍錫說過的那樣：殺之。
袁崇煥以閱兵為名，於崇禎二年六月深入皮島。當毛文龍手下的將領前來參見袁崇煥時，袁當即煽動——毛文龍手下將領大多姓毛，有的是毛文龍子侄，有的是改姓依附——袁當著毛的面說：你們都姓毛，是出於不得已。像你們這樣的好漢，哪裡用得著這樣。我在寧遠前線的官兵，軍餉比你們高，都還吃不飽，你們在海上更加勞苦，軍餉卻更低，還要靠它養家餬口，我對此感到心酸。你們受我一拜吧。
毛文龍手下將領對袁崇煥一席話，既有幾分感動，又有幾分畏懼，古人所謂恩威並施，大抵如此。就是在這次會議上，袁崇煥當眾宣佈毛文龍有十二大罪，這十二大罪真正沾得上邊的不過二三條而已，其他大多是捕風捉影的羅織之詞。 
當天，毛文龍即遭斬首於帳前，死在他苦心經營了十年的皮島。毛的部眾被袁崇煥整編，毛家軍從此不復存在。處死毛文龍後，崇禎接報後大為震驚，史書上說他是“意殊駭”——雖然此前他賜予了袁崇煥可以便宜行事的尚方寶劍，但袁崇煥竟然在不作任何彙報的情況下，擅自處死一名獨當一面的高級官員，這不僅是越權，簡直就是擅作威福。
然而，崇禎也有他的苦衷，既然他剛把遼事全盤託付給袁崇煥，袁崇煥本人也立下了五年平遼的軍令狀，那麼，追究處死毛文龍之罪，不但毛文龍人已死而無濟於事，反而有可能影響五年平遼大計。
也就是說，當崇禎迫不得已地下詔對袁崇煥的行為表示讚許時，這位君主的內心有一條基本底線，那就是袁崇煥必須兌現五年平遼諾言。如此一來，袁崇煥相當於把自己推上了絕路，因為不要說五年平遼，即使五年內守住遼東，不讓後金勢力進一步滲透都得打大大的問號。
袁崇煥在請出尚方寶劍斬首毛文龍之前，當著眾人的面向著京師的方向叩首請旨：臣今天誅毛文龍以嚴肅軍紀，將領中再有如毛文龍者，必將同樣處置。臣五年不能平奴，求皇上也像臣斬毛文龍那樣斬臣吧。
後來的事實證明，袁宗煥不僅被崇禎所殺，而且比毛文龍死得更為悲慘。
史家談遷總結說，袁崇煥殺毛文龍乃是：“適所以自殺也”
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