猜测一黑衣人boss——工藤优作
猜测二黑衣人boss——宫野厚司
灰原老爸，组织的科学家，生死不明。这个BOSS设定唯一的漏洞是明美。明美若作为BOSS女儿怎么会连代号都没有，黑衣组织难道只看实力不看背景。
再者为什么琴酒杀明美？可以用大义灭亲解释，只要是叛徒，就算是女儿也得死(如果明美不是亲生的那就更爽快了)至今未有漫画形象。
猜测三黑衣人boss——阿笠博士
据说是因为阿笠可拆为阿竹立，日文即为"阿竹は立ちます "，倒过来即为"すまち立は竹阿"，这在拉丁文中读音是莫里亚帝，就是福尔摩斯的宿敌。
尽管有方方面面的报道和透露，但在在《名侦探柯南》中黑暗组织的BOSS一直没有露过面，BOSS在黑暗组织也只是被称为“那位大人”而已。因此对BOSS真面目的猜想一直没有停止过。而外表看起来和善可亲的阿笠博士也是BOSS的一个热门人选。
猜测四黑衣人boss——毛利小五郎
作为一名从小看到大的侦探迷来说，我根据自己的经验来推理下。首先是boss的出场，2006/01/13刊载于朝日新闻晚报 (漫画连载至Vol53 File551 钉子和蛇)。
青山刚昌：実はボスの名前は既に原作のどこかにでている。捜してみて下さい。
青山刚昌：实际上boss的名字已经出现在原作某处了。请试着找找看。
所以要找的人，一定是在漫画53卷的File551钉子和蛇之前出现过全名的人，这是大前提，注意不一定出现了真人，可能只是名字。
同时，大家可能有一个误区，从上面的猜测人物来看，就是boss不一定是男性，原文中有一处说boss宠幸贝尔摩德，懂日语的应该能了解，并不是“宠幸”而更像是在意。
另一方面boss如果宠幸贝尔摩德，琴酒还敢和贝尔摩德有一腿吗?
总结起来就是一句话，boss不一定是男性，一定不要局限了思路。
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。
而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
