微生态制剂在一定程度上是通过影响宿主肠道正常菌群的组成和活性而起作用的。如果动物本身已自然获得大量微生态菌群，再使用微生态制剂时就不会有显著的作用。只有非自然生长方式或处于病态的动物才更需要使用微生态制剂。
1 、雏鸡
雏鸡出壳后，为防止经垂直传播的细菌危害，在使用3天抗生素后连续使用微生态制剂4~5天。因为雏鸡出壳时消化道内是无菌的，其消化吸收能力也很低，如果此时受到有害菌如大肠杆菌、沙门氏菌等的污染，会很快致病。为避免此种情况发生，适时的投服微生态制剂，使其中的有益菌优先占据消化道，从而抑制有害菌的大量繁殖，防止了肠道疾病的发生，并促进了饲料的消化吸收，提高了鸡的抗病力。
2 、鸡消化吸收紊乱
当鸡因免疫、转群、换料或环境变化造成应激时，鸡的消化系统易发生紊乱，表现为鸡的粪便呈饲料色、吃进的饲料几乎不消化吸收便排泄出来，粪便中甚至能见到饲料颗粒，鸡生长缓慢。此时投服微生态制剂，肠道有益菌群会迅速恢复，从而减少发病的机会。
3、肠道正常菌群因大量投服抗生素而被破坏
当鸡群发生细菌或病毒性疾病时，我们会大量投用抗生素、抗病化学药物，造成鸡的肠道内的有益菌、有害菌被大量杀死，停药后有害菌如大肠杆菌等会迅速生长繁殖，很可能使鸡再次发病。所以在投完抗菌药后及时使用微生态制剂，可有效地抑制有害菌的增殖，使鸡肠道内环境呈现正常的平衡状态，减少疾病的复发。
肉仔鸡生长后期投服，既可防病又无药残风险
肉仔鸡生长到35日龄后，为防止屠宰时发生药残，是禁止使用各种抗菌、抗病毒药物的。此时鸡群易感染各种疾病，若有计划地投服微生态制剂可大大增强鸡体的抗病能力，而且不存在药残风险。
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