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为了使问答更加简明，根据问题所附的表述，我把这个问题界定为“有限公司转让某非上市公司的股权”。涉及以下税种：
两个需要缴纳的税种：
一是企业所得税。公司转让取得收入，应当计入应纳税所得额，计算缴纳相应的企业所得税，税率25%。
二是印花税。签订股权转让协议的双方，均应当按照万分之五的税率，以合同金额为计税依据，缴纳印花税，税目为“产权转移书据”。
两个明确不征的税种：
一是增值税。公司转让非上市公司股权，不征收增值税。
二是契税。公司转让股权，不征收契税。
一个可能涉及的税种：
土地增值税。国税函〔2000〕687号、国税函〔2009〕387号、国税函〔2011〕415号等文件数次提及以股权转让方式实质性转让房地产问题，认为应当征收土地增值税。但由于三个文件均为个案批复，不具有普遍执行的要求，各地实际把握情况不统一。所以，股权转让是否会涉及土地增值税，需要根据当地实际情况来确定。
合理的避税方法：
很遗憾，公司转让另一公司股权的情况下，两个应征税种均无规避的可能。唯一存在弹性的地方，就是股权转让的具体价格，可以对公司资产先作合理调整从而影响未来交易价格，交易时结合公司与交易对象之间的其他商业活动统筹考虑。
沉默的投资者
非请自来。
事在人为，根据您提供的信息，让我简单提点建议吧。
股权转让，贵公司（为方便讲解，以下称作A公司吧）作为转让方要交企业所得税，一般税率为25%。另外，股权转让双方都要按合同金额的0.5‰缴纳印花税，即2500*5/10000＝1.25万元，这很重要!
按套路出牌，A公司要交企业所得税（2500-2000）*25%＝125万元，另加1.25万元，共计126.25万元，到手只剩2373.75万元；甲公司1.25万元也跑不了，共支出2501.25万元。两个公司就为税收贡献127.5万元。奖励小红花！
拿着小红花，眼泪哗哗哗！求安慰。丙公司很关键！A、甲公司投资于丙公司，取得分红免企业所得税。比如，丙公司有1000万元的净利润可分配，A、甲公司平均分回500万元，不交税。如果丙公司能有一定的分配利润，这事就好办多了。
A公司的想法也很单纯，股权转让，抱2500万元回家。这时把所有的利润1000万元分给A公司，然后以2000万元转让股权，双方各交1万元印花税。完事，大家高高兴兴去吃散伙宴！
大概就是这个思路。2500万元的交易啊，合理操作就能省近100万元，记得找甲公司商量哦。觉得不错，可点个赞。如有不明白的地方，可随时咨询。我在想，这知识还不如嘟嘟嘴，想想都是泪！求关注啊！
艾特迷
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股权转让是企业重要的资本运营手段，由于情况复杂，企业很难全面把握其涉税处理，我们依据实际咨询工作经验和相关财税政策整理如下，仅供参考。
一、自然人股权转让
1、增值税
根据财税2016年36号文中列示的增值税应税行为类别，转让股权不属于增值税征税范围，无需缴纳增值税。转让方取得转让价款也无需向收购方提供增值税发票，提供收款收据即可。
2、个人所得税
自然人股权转让如果存在个人所得，必然涉及个人所得税，税率为20%。关于股权转让个人所得税长期以来处于失控状态，直到2009年国家税务局发布国税函〔2009〕285号文件明确了股权转让如何缴纳个税，后来2010年又发布了国家税务总局公告2010年第27号文件做了补充。
最终在2014年结合征管实践，股权转让个税的集大成文件出台：《国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）。结合文件，具体实施中涉及以下问题：
（1）、股权转让个税的基本逻辑
股权转让个税的缴纳基数是转让所得，而转让所得的计算是有逻辑的：
股权转让所得=股权转让公允价值-股权转让历史成本-转让中的税费
（2）、股权转让公允价值的认定
股权转让公允价值通常是影响个税的关键，成交双方有事会倾向于隐瞒或者压低真实转让价款，从而影响股权转让公允价值。财务人员在股权转让中要关注以下要点：
第一，公允价值通常不能低于目标公司账面净资产，如果公司有土地、房产、无形资产、股权资产等特殊资产（溢价可能性较大），还应该对公司净资产进行评估，以评估价值作为公允价值的判断标准。
第二，公允价值通常不能低于同期公司其他股东股权转让价格。
第三，公允价值通常不能低于股东取得股权的历史成本。
出现上述三种情况，会被税务机关认定为价格明显偏低。
（3）、股权转让历史成本的认定
历史成本相比公允价值，判断起来较为简单：
第一．如果是初始投资股东或增资进入股东，取得股权的历史成本为其原始投入；需要注意的是，应以实收资本（如果有投入溢价还应加上资本公积）对应股权份额，而不是注册资本对应份额作为标准。
第二．如果是后续通过转让方式取得股权，历史成本应以转让价款为标准。
（4）、股权转让价格明显偏低如何处理
出现价格明显偏低，税务机关要判断是否合理，在2014年67号公告中提出了四种情况，其实最重要、最常见的一个就是直系亲属之间的转让，即使价格偏低（比如原价或0对价），也认定为合理，不需要征税。
如果认定为不合理，税务机关会进行核定，常使用两种方法：净资产核定法和类比法，具体略。
（5）、个人股权转让个税的代扣代缴
这个问题需要特别强调，根据个人所得税法要求，需要由支付方代扣代缴个人所得税，其中支付方无论是个人还是企业，据需要履行扣缴义务。
3、印花税
《印花税暂行条例》中的印花税税目表中规定，产权转移书据包括财产所有权和版权、商标专用、专利权、专有技术使用权等转移书据，按所载金额万分之五来贴花。
二、企业股权转让
企业转让股权同个人转让的逻辑基本类似：
1、增值税
同上，增值税免征。转让企业提供收据给收购方即可入账。
2、企业所得税
企业所得税的基本逻辑、转让股权公允价值的认定、历史成本的认定同个人所得税也基本一致，企业股权转让在税法中被归类于企业资产重组的一种，因此并未单独发布文件进行描述，而是将基本思路包含在财税2009年59号文中。
3、企业所得税优惠政策
企业股权转让同个人股权转让最大的不同是其优惠政策。税法中将直接转让、以股权对外投资、股权置换股权都视为股权发生转让，但对于直接转让货币对价以外的情况对给与了一定程度的优惠。
（1）、股权对外投资
股权作为企业的非货币投资，正常情况下需要按照公允价值计算缴纳企业所得税，但依据《财政部国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知 》（财税〔2014〕116号）文件，可以分为五年缴纳。
（2）股权置换股权
股权置换股权在税法中也属于股权收购的一种，符合下面两个条件的可以享受优惠政策，适用特殊性重组：
第一个条件是收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的50%；
第二个条件是收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。
符合条件的转让企业即可选择暂不确认股权转让所得，也就不征收对应的企业所得税。
关于这一问题的处理细节和规定，详见财税2009年59号文、财税2014年109号文和国税总局2015年48号公告等文件，此处不再赘述。
4、印花税
同个人股权转让，按照产权转移书据，合同按所载金额万分之五来贴花。
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焦点财税
1.企业股权转让所得应并入企业的应纳税所得额，依法缴纳企业所得税。企业所得税税率一般为25%。
2.根据《印花税税目表》相关规定，需按照“产权转移书据”，以所载金额的0.05%进行贴花。
