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甲硝唑与奥硝唑都为硝基咪唑类抗菌药物，常用的剂型有片剂、栓剂、注射剂、如膏等。这两种药物的抗菌谱基本一致，主要针对厌氧菌以及一些原虫引起的感染。
如对脆弱拟杆菌、消化链球菌、艰难梭菌、产期芽孢杆菌等临床常见的厌氧菌感染有较好的效果，另外对于肠阿米巴病、阴道滴虫病、贾第鞭毛虫病等作用效果良好。
甲硝唑与奥硝唑主要在药代动力学以及不良反应方面有些区别：
甲硝唑与奥硝唑都为浓度依赖性抗菌药物，浓度依赖性抗菌药物按说一般每日高浓度给药一次就可达到较好的治疗效果，但是由于蛋白结合率较低，抗生素后效应就比较短，而且该类药物不良反应和剂量呈明显正相关，所以一般不建议每日较大剂量使用一次，甲硝唑一般每日使用3次，奥硝唑使用2次较好。
相比而言奥硝唑的不良反应发生率要比甲硝唑低很多，特别是胃肠道反应，所以如果使用甲硝唑有胃肠道不耐受可以尝试换用奥硝唑。
使用甲硝唑期间如果喝酒可能发生双硫仑样反应，而奥硝唑对乙醛脱氢酶无抑制作用，所以理论上使用奥硝唑不会发生双硫仑样反应，但是仍有使用奥硝唑发生双硫仑样反应的报道，只不过相比甲硝唑发生概率低得多。总之使用抗生素期间不要喝酒最安全。
硝基咪唑类可以引起细菌基因突变，对啮齿类动物有致癌作用，但是对于人类目前并未发现致畸风险与药物有相关性。但是说明书还是不推荐奥硝唑与甲硝唑用于孕妇和哺乳期。
相比而言奥硝唑比甲硝唑对于细菌和啮齿类动物发生基因突突变低很多。所以孕期或者哺乳期非得使用，建议首先选用奥硝唑。由于奥硝唑血浆半衰期比甲硝唑长，所以哺乳期甲硝唑使用2天后，奥硝唑使用3天后哺乳较为安全。
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