光緒四年，貴州巡撫空缺，兩宮皇太后在召見軍機大臣時突然指示：“著沈桂芬去。”軍機大臣聽後無不駭異，因為此事違背軍機大臣人事任用的慣例。巡撫是從二品，沈桂芬時任兵部尚書，從一品，又是軍機大臣，從資歷、官銜上來看，外放為貴州巡撫，無異於被貶。
寶鋆與沈桂芬關係最好，當即表示此任命不妥。其他軍機大臣對此任命也感到突兀，表示暫時不敢奉旨。兩宮也覺得此任命過於草率，就命沈桂芬照常在軍機處當差，貴州巡撫另外委派人擔任。沈桂芬回家後嘀咕：“穴本無風，風何由入？”並轉而懷疑榮祿從中搗鬼。那麼榮祿與沈桂芬有何恩怨，沈桂芬單單懷疑榮祿呢？
沈桂芬與榮祿結怨，始於同治去世時，選擇繼任人選，在兩宮皇太后決定過程中，榮祿給了一定程度的建議，沈桂芬對榮祿此舉極為厭惡，認為榮祿了干涉軍機處權柄。
翁同龢與榮祿初期關係較好，二人曾結拜為弟兄。此時翁同龢正與沈桂芬打得火熱，與榮祿也是頻繁往來。沈桂芬遂委託翁同龢打探榮祿消息，榮祿也託翁同龢刺探沈桂芬虛實。翁同龢夾在中間，只能虛與委蛇。
一日翁同龢突然氣沖沖地來找榮祿，大罵沈桂芬不是人，“不特對不起朋友，其家中亦有不可道者，我已與彼絕交。”翁同龢又提醒榮祿，沈桂芬估計是你設計讓他出任貴州巡撫，現在尋思要報復，不可不防。榮祿一看翁同龢語氣慷慨，大罵沈桂芬，自然是信之不疑。之後不久，翁同龢與榮祿一起奉令出差十日，兩人每日裡都在大罵沈桂芬，琢磨著要將他搞掉。榮祿說起當日設計讓沈桂芬出任貴州巡撫一事，“謂一擊不中，當徐圖之。”然而，讓榮祿意想不到的是，翁同龢將這些私下的話，都告訴了沈桂芬。
沈桂芬與寶鋆一番商量之後，開始尋找機會修理榮祿。後來御史寶廷上奏，稱現在朝內大臣兼職過多，無暇顧及，以致於貽誤公事。奏摺中點了兩個人的名，即寶鋆與榮祿。此次上疏他本意是糾正朝內大臣兼職過多之弊，不想卻被沈桂芬、寶鋆加以利用。寶廷上奏之後一日，慈禧生病，慈安一人垂簾聽政，召見軍機大臣。沈桂芬故意談及大臣兼職過多一事，稱寶鋆與榮祿現在兼職過多，請開去寶鋆國史館總裁、閱兵大臣差使，榮祿開去工部尚書、總管內務府大臣差使。慈安不明其中底細，沒細想就批准了。沈桂芬、寶鋆心裡狂喜，用兩個寶鋆兩個虛職，換榮祿兩個實職，何其划算。榮祿的三個要職丟了兩個，只剩一個步軍統領。沈桂芬意猶未盡，趁熱打鐵，繼續進攻。光緒五年六月，蒐羅了榮祿“承辦廟工，裝金草率，崇文門旗軍刁難舉子”等一堆過錯，讓御史彈劾。榮祿所擔任的步兵統領，在人事上屬於兵部。而此時的兵部尚書正是沈桂芬。將榮祿定為降二級調用，從提督降到副將。榮祿降為副將後，知道了沈桂芬等人的厲害，暫時退出官場，待機再起。
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