山海关外，吴三桂投降，李自成战败，清军入关占领北京，一连串重大事件，如同晴天霹雳一般，砸在了所有人的心中。因为李自成的战略部署失误，大顺军屡屡战败。再加上大顺原本的管辖境内，许多人重新又打起明朝的旗号，李自成的情况岌岌可危。他先后丢失了河南、西安，只能撤退到湖广襄阳一带，另谋生路。
到达湖广后不久，李自成又调兵进攻河南，虽然取得了战绩，但很快遭到清军围攻，接连战败。五十万大顺军最后仅剩三十多万人，李自成也不幸离世。当时大顺军的情况十分糟糕。士气低落，又有外敌虎视眈眈。而在这样的情况下，大顺军内部重新推出可以领导他们的将领，选择与南明朝廷合作，跟清朝继续抵抗到底。
明朝跟大顺军之间的历史纠葛，自然就不用多说了。崇祯皇帝就是在李自成攻入北京后自缢的。而且，在清军入关后，在南京建立的南明弘光朝廷，对于大顺军十分的仇视。他们甚至提出了”联虏平寇“的基本国策。也就是想借着清军的手，灭掉大顺军这个仇敌。这个思路，当年崇祯在位的时候，就曾提出过。但迫于朝廷大臣的反对，没有实行。
当时大顺军虽然没有办法跟弘光朝廷进行太多的接触，但也无法投靠清军。因为清军也把他们视作必须消灭的对象。这是当时很多人忽视的一点，清军不只想要占领中原，更要夺取天下。正是这点忽视，导致李自成和弘光朝廷多次决策失误，最终覆灭。
但正是从弘光朝廷覆灭开始，南明跟包括大顺军在内的其他起义军，有了更深的合作。清军击败弘光朝廷，占领江南后，推行了一系列包括剃发易服，乃至大屠杀在内等一系列压迫性的征服政策。激起了许多人的反抗。在此以后，整个社会的矛盾，已经不再仅仅是一个朝代推翻另一个朝代的问题。而是面对复杂强烈的民族矛盾。
当时最能说明这一点的，就是顾炎武在《日知录》说的，正常的改朝换代，就是亡国；如果是民族的文明遭到毁灭，那就是亡天下。如果是亡国的话，就是皇帝、大臣，那些位高权重的人需要担负的责任。如果是亡天下的话，即便是最贫贱的人，也有责任去保护。（有亡国，有亡天下。亡国与亡天下悉辨？曰：”易姓改号，谓之亡国；仁义充塞，而至于率兽食人，人将相食，谓之亡天下....保国者，其君其臣，肉食者谋之；保天下者，匹夫之贱，与有责焉耳！“）
所以，当时在福建建立的隆武政权，就把基本国策改为联合其他力量，共同抗清。而在这样的情况下，大顺军的抉择，就不只是简单的谋求生存，更多的是担负起一份救亡天下的责任。当然，大顺军也有一部分人会投降。他们投靠南明后，同样不好过，会受到排挤，但依然选择接受南明朝廷的调令，共同抗清。后来在三峡一带，驻扎有20多万军队的夔东十三家，也接受了永历朝廷的册封。
可以说，在南明后期的抵抗中，大顺军、大西军，都发挥了极为重要的作用。包括在南明永历朝廷覆灭后，一直坚守到康熙三年的夔东十三家。他们不只为了生存而战，更是为了一面旗帜。他们不会投降，只会战斗到最后一刻。
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