“深藍”與人腦最根本的差距，在於它不具備人腦那樣的思維能力。如果說它也能“思維”的話，這種思維也只是模仿人的左腦的邏輯思維，不具備右腦的模糊處理能力，更不具備整個大腦神經網絡同時處理信息的能力。
並且，它對左腦邏輯思維的模仿也只限於通過最簡單不過的數字（0和1）計算來進行，這種計算還得按既定的程序進行，無法越雷池一步，屬於最低層次的線性思維。而人腦卻具備多層次立體思維的能力，可以同時進行幾種計算，並具有直覺能力，可以在千頭萬緒中“直覺”到問題的癥結，以至於即使運算速度不抵電腦的億分之一，卻仍有能力與電腦對抗。
人腦還具有學習能力、聯想能力、想像能力和情感能力，能產生“靈感”，這更是電腦所不具備的。
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