人無橫財不負
自來也去的目的就是為了查明佩恩的身份，然而自來也見到佩恩以後發現都是認識的，還有一個是自己的愛徒，這讓他更肯定要查清楚佩恩的身份，他知道如果不查明那最終倒黴的是木葉，佩恩的強大，一個木葉根本擋不住的。佩恩殺自來也主要是為了不讓秘密洩露，見過佩恩的都要死，自己師父也沒辦法。還有個問題就是憑自來也的本事，他想跑的話再加一倍的佩恩也攔不住。只可惜自來也在搞清楚佩恩的秘密時已經來不及跑了。一，長門因為彌彥的死，性情大變，以清洗世界，讓人們記住傷痛來維持和平為理念。然而，自來也是他執行這理念的最大敵人！如果不是自來也不知道佩恩的秘密，佩恩沒那麼容易打敗自來也，所以他趁此機會，絕不放過自來也。二，自來也探得了他的秘密！就是他面前6個都是屍體，本體長門在不遠處控制屍體，所以長門非殺他不可！不然秘密敗露，一旦被大範圍搜索找到本體，以小南之能，是守不住他那傷殘的本體的。
動漫三分鐘
自來也為獲曉的真正目的,孤身一人潛入隱雨村.獲知隱雨村的掌權人是被稱為神的佩恩,其一定和曉有莫大關係.自來也見到佩恩時發現他和自己的一個徒弟一樣擁有輪迴眼,就以為佩恩就是長門,佩恩就是那個能改變世界(造福或毀滅)的預言之子.
六道佩恩,六個身體,各個有輪迴眼.自來也剛和佩恩打時只出現3個佩恩,自來也用仙人狀態以幻術殺死了這3個,不料另3個將死的3個又復活了,並將自來也打成重傷.
自來也這才發現6個佩恩裡沒一個是長門,都是自己曾經殺死的人.
自來也將其中一人引入結界內殺死,讓蛤蟆帶回木葉.他為求佩恩真身,冒險出結界,在知道佩恩真正秘密的同時被殺.
自來也在臨死前將佩恩秘密以密碼形式寫在了蛤蟆身上,讓蛤蟆帶回木葉.自己長眠於隱雨村的湖底.
至於佩恩也就是長門為什麼要殺曾經為恩師的自來也，這個跟兒時好友彌彥的死有莫大的關係，因為自己的當初的信念和和平的意義被扭曲了！當看到團藏和半藏殺死彌彥的時候就徹底被扭曲了！
長門彌彥小蘭，3個人組織曉的時候，為的就是繼承自來也的教誨為和平而存在。但是卻被忍者世界一次又一次的作為傭兵利用，慢慢的曉的組織壯大，便被其他人起了顧忌，對這樣不穩定力量的存在感到威脅，便在一次委託任務裡幾個忍者村的人把曉襲擊了，彌彥就是在救長門的時候擋下了團藏的攻擊死的，當時長門就徹底對這個老師所希冀的和平世界絕望了，召出外道， 集聚著對世界的不信任，對曾今和平的理解產生了扭曲的甚至是痛恨的心態。
他殺自來也完全是為了否定自來也的‘和平’，他要靠自己創造他想要的和平，所以他殺了自來也。
漫控村長
我想說，自來也是佩恩，小南，長門的師傅，從小教過他們一些忍術，還跟他們生活過。那為什麼六道佩恩會殺害自來也，我有以下想法。
首先，長門等人作為自來也小說第二部的主人公，自來也以他們的故事為題材，在他們相處時，長門的話給了自來也很大感悟，認為這個世界會有大變革，而這個變革由他的弟子發起，最終會使得忍界走向和平。
其次，在他們分開之後，長門等人一直為這個信念而奮鬥，加入雨忍村，與不同的敵人抗戰。但是，他們遇到了山椒魚半藏，這個實力接近半神的首領言而無信，最後害死了彌彥。
最後，長門等人在痛苦中認為，這個世界唯有經歷過痛楚才能進行變革， 因此，他們認為自來也得話是錯誤的，他的信念是不行的。這個世界唯有讓別人感受到痛楚才能走向和平。而這個時候，他們遇到了帶土，於是他們合作，收集尾獸，最後對忍界進行改革。所以，在最後遇到自來也時，六道佩恩與自來也大戰，最終自來也去世。
綜上所述是我個人的想法，不知道你有什麼想法，歡迎在評論下方留言。
和你來個擁抱
不請自來，這裡是從天而降的呆萌小宅基，非常高興為您解答。
關於佩恩為什麼要殺自來也這個事情，做的的確是過分了一點，畢竟是自己的老師，也沒做過什麼壞事，只不過是來打探一下情報而已，打發走也就是了，有必要給捅成蜂窩麼?
事情追溯到自來也潛入之前，依然是一個雨夜，長門被岸本叫到一個小黑屋裡密談。
“長門啊，我準備安排自來也潛入你的村子，你打算如何應對?”
“WC，岸本你夠絕啊，這不是陷我於不義麼?”
“少廢話，你必須廢了自來也，哪怕他是你的老師。”
“你是作者你最大，但能不能給我個理由先?沒有自來也，哪來的小長門啊”
“因為……親熱天堂!”
“驚!你是說忍界暢銷的小本子——親熱天堂?”
“是的!當年卡卡西人氣太高，差點就成主角了，我才安排自來也寫下了親熱天堂，從此卡卡西才變成了貧藍五五開!但是黃賭毒是敏感內容，綱手我已經安排她逢賭必輸了，大蛇丸也已經半身不遂，就剩這個自來也還四處風流，最近打黃掃非風聲很近啊……所以，你的明白?”
“……明白”
以上就是來自小宅基的正義解答啦，有關動漫的題目都可以詢問小宅基喲，作為混跡二次元多年、宅腐萌呆汙各屬性精通的小宅基才不會一本正經的胡說八道呢，嘿嘿嘿嘿~~麼麼噠!
文/ 4399動漫網 二次元宅姬送
二次元宅姬送
首先要說一下，長門的曉組織和自來也，乃至整個木葉的思想是不一樣的，前期的長門作為僱傭兵組織，挑起戰爭，企圖打破大國忍者體系。
後期就直接
而長門之所以會這樣，是有原因的：
長門、彌彥、小南是孤兒，在村子裡光是為了生存就已經很艱辛，但是彌彥希望通過變強，去改變所有人的現狀，後來三人在一場意外中被自來也相救，也因此成為了3人的師傅，延緩了回木葉的計劃，
自來也知道了長門六道之眼時，也曾經告訴長門，他應該就是傳說中的“預言之子”，對他寄予希望（後來大蛤蟆仙人透露預言之子是鳴人）
自來也走後，彌彥帶著長門、小南在村子裡立足成立了曉組織，後來
輕宅BIU
雖然這麼說有點不好，但是在我看來，佩恩殺死自來也的確是他應該做的明智選擇，對於拋棄了所有感情，一切為了最終“和平”到來而努力的長門而言，所有擋在他面前可能妨礙他的人都是必須抹殺的，而師從自來也的他，更是明白自己的師父一定會阻止自己，所以先下手為強，將自來也殺死勢在必行。
首先說自來也潛入雨隱村的目的，就是為了獲取儘可能多的情報，揭開佩恩的真面目，而且帶著這個目的和佩恩交戰的他，確實獲取了對方的許多情報：佩恩輪迴眼互通視野的秘密，每個佩恩只能使用單一能力的忍術，以及在他臨死之前悟到的，佩恩真身的秘密。這些情報都是對佩恩十分不利的，如果被自來也送回木葉可能導致的就是他被針對佈置戰術，這當然是佩恩不願看到的，所以只能殺了自來也滅口。
其次，在佩恩扭曲的“和平”觀裡，要建立真正的和平，就要讓大國的忍者們也感受到傷痛，並臣服於自己。也就是說每個和自己作對的人都是必須抹殺的，作為三忍之一的自來也無疑是佩恩眼中的勁敵，能夠在無其他人干擾的情況下和自來也單打獨鬥的機會，他當然不會放過，力圖一役殺死自來也。
說到底，在當時的佩恩眼裡，已經沒有師徒的觀念，只有敵人和臣服的人，對於他無法說服的自來也，也只有除掉，才能保證他的計劃順利實現，這份信念也不可謂不強，只是用錯了地方。
史蒂芬文傑
主要原因就是雙方處於敵對陣營，六道佩恩為了貫徹自己的理想，自然是要殺了企圖阻止他的自來也的。
自來也潛入雨忍村是為了獲取情報，而雨忍村被佩恩的忍術控制了，自來也也被發現了。所以與佩恩交戰。由於自來也情報不足，不瞭解佩恩屬性，所以死於佩恩之手。但其實自來也逃走還是可以的，但他選擇用生命換取情報。
在當時，佩恩是個很大的威脅。佩恩殺死自來也也是不可避免的。在那種情況下，不是佩恩死就是自來也亡。即使兩人都希望世界和平，但佩恩很偏激，他是想毀滅世界達到和平的。自來也顯然不是這樣子。
自來也是長門的師父，佩恩實際上是屍體，是長門在控制。雖然兩人有師徒之誼，但木葉於長門亦有殺親之仇。長門是不幸的，他感激自來也，但內心或許也是怨恨自來也的。如果當初自來也帶長門小南他們一起離開，結局會不會不一樣？
複雜的感情，理想的對立，對世界的絕望，等等，都是佩恩殺自來也的原因。
以上純屬個人一點想法，歡迎一起討論。
喵嗚君的喵
準確來說是長門想要殺自來也，佩恩六道也只是在長門的操控下做出的命令，長門和自來也對和平的理念和實現方式不同，早晚是會爆發戰鬥的。
在《火影忍者》故事中，自來也因為調查需要潛入雨忍村，意外發現雨忍村實際的掌控者是擁有輪迴眼的佩恩，一度以為是自己的曾經的弟子，但經過交談後兩者的對立態度就出來了，自來也是主張交流的方式來實現和平，這個是大部分人都會贊同的做法，但長門的做法是希望通過消滅一部分人讓其他人對戰爭產生恐懼，也讓其中一方沒有參與戰爭的能力，不再參與戰爭。
兩者的最終目的都是為了和平，但立場和實現方式不同，矛盾爆發是肯定的，趁現在自來也還是孤立無援的狀況可以直接殺死，避免後期帶來更大的麻煩，道不同不相為謀，自來也肯定是明白的，既然勸說不行，那麼就只能靠拳頭了。
長門在這次的戰鬥中表現出非常明確的立場和堅定的意志，只要不贊同他實習和平的方式就必須要消滅，只是讓人有些意外的是，明明是自己熟悉的那個老師，也能狠下心殺死，為何到了木葉村後，意志就不堅定了。鳴人僅僅是嘴遁了幾句，意志就鬆懈，之前的堅持又為了什麼，這一點很多人都有疑問，但這樣的劇情發展對觀眾來說毫不意外，對鳴人而言，打不贏的就靠嘴遁，比什麼招式都要強。
泡麵菌
這問題沒什麼好回答的嘛，每部動漫中和主角有羈絆的都要死一個的，不然主角無緣無故的爆發會很尷尬的。火影中和主角有羈絆的有很多人首先排除12小強因為整個前半部火影都在說他們突然死了會被罵的。剩下的二柱子這絕對不能死啊，小櫻的話再說吧，雛田主角的老婆不能死，寧次虐過主角一次放入待定席，然後卡卡西內定六代不能死，伊魯卡都不出村子怎麼死啊，剩下的只有自來也了
亡靈戰歌
自來也是理想主義者，他發現自己的學生道路走彎了以後，想掰回來，他想告訴長門，世界還是很美好的，老師就沒有放棄你們，一直都沒有放棄你們，這是自來也一個人接觸佩恩最直接的原因，這也是佩恩要殺自來也最根本的原因，自來也的老師的品性、長門建立新世界的理想，讓兩個主體產生矛盾，導致一方面死亡。
馬上就到教師節了，自來也是一位偉大的老師，在臨近教師節的日子裡回想起二次元培育人才數一數二的大人物，讓自來也活了過來，自來也好色的背後隱藏著很都悲傷，有機會講給大家聽，自來也老師，教師節快樂!動漫迷們，記得關注下哦。
