人无横财不负
自来也去的目的就是为了查明佩恩的身份，然而自来也见到佩恩以后发现都是认识的，还有一个是自己的爱徒，这让他更肯定要查清楚佩恩的身份，他知道如果不查明那最终倒霉的是木叶，佩恩的强大，一个木叶根本挡不住的。佩恩杀自来也主要是为了不让秘密泄露，见过佩恩的都要死，自己师父也没办法。还有个问题就是凭自来也的本事，他想跑的话再加一倍的佩恩也拦不住。只可惜自来也在搞清楚佩恩的秘密时已经来不及跑了。一，长门因为弥彦的死，性情大变，以清洗世界，让人们记住伤痛来维持和平为理念。然而，自来也是他执行这理念的最大敌人！如果不是自来也不知道佩恩的秘密，佩恩没那么容易打败自来也，所以他趁此机会，绝不放过自来也。二，自来也探得了他的秘密！就是他面前6个都是尸体，本体长门在不远处控制尸体，所以长门非杀他不可！不然秘密败露，一旦被大范围搜索找到本体，以小南之能，是守不住他那伤残的本体的。
动漫三分钟
自来也为获晓的真正目的,孤身一人潜入隐雨村.获知隐雨村的掌权人是被称为神的佩恩,其一定和晓有莫大关系.自来也见到佩恩时发现他和自己的一个徒弟一样拥有轮回眼,就以为佩恩就是长门,佩恩就是那个能改变世界(造福或毁灭)的预言之子.
六道佩恩,六个身体,各个有轮回眼.自来也刚和佩恩打时只出现3个佩恩,自来也用仙人状态以幻术杀死了这3个,不料另3个将死的3个又复活了,并将自来也打成重伤.
自来也这才发现6个佩恩里没一个是长门,都是自己曾经杀死的人.
自来也将其中一人引入结界内杀死,让蛤蟆带回木叶.他为求佩恩真身,冒险出结界,在知道佩恩真正秘密的同时被杀.
自来也在临死前将佩恩秘密以密码形式写在了蛤蟆身上,让蛤蟆带回木叶.自己长眠于隐雨村的湖底.
至于佩恩也就是长门为什么要杀曾经为恩师的自来也，这个跟儿时好友弥彦的死有莫大的关系，因为自己的当初的信念和和平的意义被扭曲了！当看到团藏和半藏杀死弥彦的时候就彻底被扭曲了！
长门弥彦小兰，3个人组织晓的时候，为的就是继承自来也的教诲为和平而存在。但是却被忍者世界一次又一次的作为佣兵利用，慢慢的晓的组织壮大，便被其他人起了顾忌，对这样不稳定力量的存在感到威胁，便在一次委托任务里几个忍者村的人把晓袭击了，弥彦就是在救长门的时候挡下了团藏的攻击死的，当时长门就彻底对这个老师所希冀的和平世界绝望了，召出外道， 集聚着对世界的不信任，对曾今和平的理解产生了扭曲的甚至是痛恨的心态。
他杀自来也完全是为了否定自来也的‘和平’，他要靠自己创造他想要的和平，所以他杀了自来也。
漫控村长
我想说，自来也是佩恩，小南，长门的师傅，从小教过他们一些忍术，还跟他们生活过。那为什么六道佩恩会杀害自来也，我有以下想法。
首先，长门等人作为自来也小说第二部的主人公，自来也以他们的故事为题材，在他们相处时，长门的话给了自来也很大感悟，认为这个世界会有大变革，而这个变革由他的弟子发起，最终会使得忍界走向和平。
其次，在他们分开之后，长门等人一直为这个信念而奋斗，加入雨忍村，与不同的敌人抗战。但是，他们遇到了山椒鱼半藏，这个实力接近半神的首领言而无信，最后害死了弥彦。
最后，长门等人在痛苦中认为，这个世界唯有经历过痛楚才能进行变革， 因此，他们认为自来也得话是错误的，他的信念是不行的。这个世界唯有让别人感受到痛楚才能走向和平。而这个时候，他们遇到了带土，于是他们合作，收集尾兽，最后对忍界进行改革。所以，在最后遇到自来也时，六道佩恩与自来也大战，最终自来也去世。
综上所述是我个人的想法，不知道你有什么想法，欢迎在评论下方留言。
和你来个拥抱
不请自来，这里是从天而降的呆萌小宅基，非常高兴为您解答。
关于佩恩为什么要杀自来也这个事情，做的的确是过分了一点，毕竟是自己的老师，也没做过什么坏事，只不过是来打探一下情报而已，打发走也就是了，有必要给捅成蜂窝么?
事情追溯到自来也潜入之前，依然是一个雨夜，长门被岸本叫到一个小黑屋里密谈。
“长门啊，我准备安排自来也潜入你的村子，你打算如何应对?”
“WC，岸本你够绝啊，这不是陷我于不义么?”
“少废话，你必须废了自来也，哪怕他是你的老师。”
“你是作者你最大，但能不能给我个理由先?没有自来也，哪来的小长门啊”
“因为……亲热天堂!”
“惊!你是说忍界畅销的小本子——亲热天堂?”
“是的!当年卡卡西人气太高，差点就成主角了，我才安排自来也写下了亲热天堂，从此卡卡西才变成了贫蓝五五开!但是黄赌毒是敏感内容，纲手我已经安排她逢赌必输了，大蛇丸也已经半身不遂，就剩这个自来也还四处风流，最近打黄扫非风声很近啊……所以，你的明白?”
“……明白”
以上就是来自小宅基的正义解答啦，有关动漫的题目都可以询问小宅基哟，作为混迹二次元多年、宅腐萌呆污各属性精通的小宅基才不会一本正经的胡说八道呢，嘿嘿嘿嘿~~么么哒!
文/ 4399动漫网 二次元宅姬送
二次元宅姬送
首先要说一下，长门的晓组织和自来也，乃至整个木叶的思想是不一样的，前期的长门作为雇佣兵组织，挑起战争，企图打破大国忍者体系。
后期就直接
而长门之所以会这样，是有原因的：
长门、弥彦、小南是孤儿，在村子里光是为了生存就已经很艰辛，但是弥彦希望通过变强，去改变所有人的现状，后来三人在一场意外中被自来也相救，也因此成为了3人的师傅，延缓了回木叶的计划，
自来也知道了长门六道之眼时，也曾经告诉长门，他应该就是传说中的“预言之子”，对他寄予希望（后来大蛤蟆仙人透露预言之子是鸣人）
自来也走后，弥彦带着长门、小南在村子里立足成立了晓组织，后来
轻宅BIU
虽然这么说有点不好，但是在我看来，佩恩杀死自来也的确是他应该做的明智选择，对于抛弃了所有感情，一切为了最终“和平”到来而努力的长门而言，所有挡在他面前可能妨碍他的人都是必须抹杀的，而师从自来也的他，更是明白自己的师父一定会阻止自己，所以先下手为强，将自来也杀死势在必行。
首先说自来也潜入雨隐村的目的，就是为了获取尽可能多的情报，揭开佩恩的真面目，而且带着这个目的和佩恩交战的他，确实获取了对方的许多情报：佩恩轮回眼互通视野的秘密，每个佩恩只能使用单一能力的忍术，以及在他临死之前悟到的，佩恩真身的秘密。这些情报都是对佩恩十分不利的，如果被自来也送回木叶可能导致的就是他被针对布置战术，这当然是佩恩不愿看到的，所以只能杀了自来也灭口。
其次，在佩恩扭曲的“和平”观里，要建立真正的和平，就要让大国的忍者们也感受到伤痛，并臣服于自己。也就是说每个和自己作对的人都是必须抹杀的，作为三忍之一的自来也无疑是佩恩眼中的劲敌，能够在无其他人干扰的情况下和自来也单打独斗的机会，他当然不会放过，力图一役杀死自来也。
说到底，在当时的佩恩眼里，已经没有师徒的观念，只有敌人和臣服的人，对于他无法说服的自来也，也只有除掉，才能保证他的计划顺利实现，这份信念也不可谓不强，只是用错了地方。
史蒂芬文杰
主要原因就是双方处于敌对阵营，六道佩恩为了贯彻自己的理想，自然是要杀了企图阻止他的自来也的。
自来也潜入雨忍村是为了获取情报，而雨忍村被佩恩的忍术控制了，自来也也被发现了。所以与佩恩交战。由于自来也情报不足，不了解佩恩属性，所以死于佩恩之手。但其实自来也逃走还是可以的，但他选择用生命换取情报。
在当时，佩恩是个很大的威胁。佩恩杀死自来也也是不可避免的。在那种情况下，不是佩恩死就是自来也亡。即使两人都希望世界和平，但佩恩很偏激，他是想毁灭世界达到和平的。自来也显然不是这样子。
自来也是长门的师父，佩恩实际上是尸体，是长门在控制。虽然两人有师徒之谊，但木叶于长门亦有杀亲之仇。长门是不幸的，他感激自来也，但内心或许也是怨恨自来也的。如果当初自来也带长门小南他们一起离开，结局会不会不一样？
复杂的感情，理想的对立，对世界的绝望，等等，都是佩恩杀自来也的原因。
以上纯属个人一点想法，欢迎一起讨论。
喵呜君的喵
准确来说是长门想要杀自来也，佩恩六道也只是在长门的操控下做出的命令，长门和自来也对和平的理念和实现方式不同，早晚是会爆发战斗的。
在《火影忍者》故事中，自来也因为调查需要潜入雨忍村，意外发现雨忍村实际的掌控者是拥有轮回眼的佩恩，一度以为是自己的曾经的弟子，但经过交谈后两者的对立态度就出来了，自来也是主张交流的方式来实现和平，这个是大部分人都会赞同的做法，但长门的做法是希望通过消灭一部分人让其他人对战争产生恐惧，也让其中一方没有参与战争的能力，不再参与战争。
两者的最终目的都是为了和平，但立场和实现方式不同，矛盾爆发是肯定的，趁现在自来也还是孤立无援的状况可以直接杀死，避免后期带来更大的麻烦，道不同不相为谋，自来也肯定是明白的，既然劝说不行，那么就只能靠拳头了。
长门在这次的战斗中表现出非常明确的立场和坚定的意志，只要不赞同他实习和平的方式就必须要消灭，只是让人有些意外的是，明明是自己熟悉的那个老师，也能狠下心杀死，为何到了木叶村后，意志就不坚定了。鸣人仅仅是嘴遁了几句，意志就松懈，之前的坚持又为了什么，这一点很多人都有疑问，但这样的剧情发展对观众来说毫不意外，对鸣人而言，打不赢的就靠嘴遁，比什么招式都要强。
泡面菌
这问题没什么好回答的嘛，每部动漫中和主角有羁绊的都要死一个的，不然主角无缘无故的爆发会很尴尬的。火影中和主角有羁绊的有很多人首先排除12小强因为整个前半部火影都在说他们突然死了会被骂的。剩下的二柱子这绝对不能死啊，小樱的话再说吧，雏田主角的老婆不能死，宁次虐过主角一次放入待定席，然后卡卡西内定六代不能死，伊鲁卡都不出村子怎么死啊，剩下的只有自来也了
亡灵战歌
自来也是理想主义者，他发现自己的学生道路走弯了以后，想掰回来，他想告诉长门，世界还是很美好的，老师就没有放弃你们，一直都没有放弃你们，这是自来也一个人接触佩恩最直接的原因，这也是佩恩要杀自来也最根本的原因，自来也的老师的品性、长门建立新世界的理想，让两个主体产生矛盾，导致一方面死亡。
马上就到教师节了，自来也是一位伟大的老师，在临近教师节的日子里回想起二次元培育人才数一数二的大人物，让自来也活了过来，自来也好色的背后隐藏着很都悲伤，有机会讲给大家听，自来也老师，教师节快乐!动漫迷们，记得关注下哦。
