山海關
其實滿清剛入關時也遭受過瘟疫，特別是1644年京城大鼠疫，明軍，順軍，清軍都有人感染死亡，只不過因為那個時候清軍服從性和組織力要強於明末那些已經爛到根子的許多軍隊以及順軍，所以情況相對來說好些，而且鼠疫也是一個過程，畢竟不比現代病毒那麼恐怖，肯定持續一段時間就會過去的，而且明亡後不久，小冰河期也過去了，滿清算是撿了個大便宜。
八旗軍
而且明末那種情況，軍隊中吃空餉，喝兵血嚴重，上頭都不把手下當人，而是用來剝削的勞動力，都不怎麼在乎手下人死活，就算出現瘟疫也不重視，《大明劫》就很好的體現了這一點，於是時間久了，一傳十十傳百，涼了，再者就是明末社會秩序崩潰了，萬曆年間也有鼠疫，可是那個時候國家組織力還在，還是成功渡過難關，明末那種情況肯定就難了，有鼠疫也沒辦法去控制。
李自成
還有就是明末運氣實在不好，正好趕上小冰河最嚴重的時候，滿清入關及其後幾年，小冰河已經快要過去了，被撿漏了。當然有一個說法是鼠疫主要是通過跳蚤傳播，滿清軍隊，包括吳三桂，騎兵多，跳蚤怕馬騷味，所以發病率遠遠低於明軍和農民軍，（當然這個說法沒有多少人相信，因為馬身上其實也是有跳蚤的）。
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