不平静的东南沿海
明嘉靖三十五年（1556年）五月，郑舜功受浙江、直隶、福建总督杨宜派遣，带着从事沈孟纲、胡福宁等人从广东出发，东渡日本。他们这次出使的目的与以往各朝的不同：晓谕日本禁戢倭寇，以实现中国东南沿海长治久安。郑舜功并非官员出身，因此便以“大明国客”的身份踏上了前去日本的行程。
明世宗朱厚熜（年号“嘉靖”）在位期间，东南沿海倭患严重
倭患如同顽疾，贯穿于明王朝的始终。明初延续了元朝的海禁政策，但倭寇仍然频繁扰边。永乐年间，明成祖朱棣曾宣谕日本禁戢倭寇，日本国王也曾派使节献上所擒的倭贼以示诚意。及至嘉靖年间，倭寇日益猖獗，他们多以日本九州等地为大本营，在中国沿海进行劫掠和走私贸易，尤其是浙江、福建、广东诸省的沿岸地带，受害尤为严重。
日本古代屏障画。图中描绘了16世纪日本战国时代足利将军的京都御所
在倭寇兴起之前，中日之间原有官方认可的合法贸易。永乐二年（1404年），明成祖赐给日本第三代室町幕府将军足利义满“日本国王”封号、金印、冠服等，同时还送去了标有永乐年号的“本”字堪合100道及“日”字堪合底簿1扇，以堪合为凭，规定日本每十年朝贡一次，自此开启了中日官方之间的堪合贸易。按照规定，日本入华的每艘贸易船只必须呈递一道堪合，与存放在浙江承宣布政司的堪合底簿相核对，然后再与礼部的堪合底簿相核对，全部检验无误后，方能通过并进行贸易。贸易船只不得超过2艘，贡使及随员不得超过200人（明孝宗时减为50人），禁止携带武器。
但自日本进入战国时代（1467—1615年）以后，幕府将军的势力式微，各地大名（日本的封建领主）混战不已，并相互争夺勘合贸易的主导权。后来，有实力的大名纷纷派船来到中国，在没有堪合凭证或堪合过期失效的情况下，仍然暗中瞒着明政府进行贸易。终于在嘉靖二年（1523年），日本两个最大的武士豪族大内氏与细川氏因堪合问题而引发了轰动的“宁波争贡之役”。这件事情发生后不久，明朝便取消了日本派使国来华进行勘合贸易，嘉靖九年（1529年）废除了“宁波市舶司大监”一职。但合法贸易受限后反而导致倭寇数量激增。嘉靖三十年（1551年），中日贸易转到宁波近海的双屿以及舟山群岛进行，在经济利益的驱使下，沿海豪族、官员和商人相互勾结，逐渐演变成规模庞大的走私集团——“嘉靖大倭寇”。
倭寇在东南沿海进行了大规模的劫掠活动，据《明世宗实录》记载，嘉靖三十一年（1552年），上万倭寇驾船千余艘，从浙江舟山、象山等处登岸，劫掠台州、温州、宁波、绍兴，“攻陷城寨，杀虏居民无数”。
国内因此而掀起了海防抗倭的高潮，平倭大吏轮番上马，朝廷也广开言路，号召朝野上下建言献策。同时，朝廷还遣使日本寻求应对之策，劝谕日本国王禁戢倭寇。曾多次为平倭献言的郑舜功正是在这时被委任赴日的。
明末《抗倭画卷》（局部），描绘了嘉靖年间浙江沿海军民抗击倭寇后凯旋而归的场
去往日本的冷门航线
肩负着特殊使命的郑舜功一行南下绕行广东，乘船东渡。与以往的中日航线不同，由广东东渡并不是当时去往日本的传统路线。明朝为管理海外诸国朝贡和贸易事务，分别在三个地方设置了市舶司：为琉球国设置的福建泉州（后移至福州）市舶司，为日本设置的浙江宁波市舶司，以及为占城（今属越南）、暹罗（泰国）、满剌加（今属马来西亚）、真腊（柬埔寨）等国所设置的广东广州市舶司。这些国家的船只可分别通过相应的港口登岸入华，而去往这些国家的中国船只也由此出发。明太祖时就曾派人从宁波出海穿过日本五岛列岛抵达博多港，再穿过濑户内海，经兵库县到达京都。
明代《三才图会》中的《宁波府境图》。明朝曾在宁波设置市舶司，从日本来的船只通常由此登岸
然而，郑舜功出发时，浙江、福建沿海地区正值倭寇乱起，为安全起见，他们只好选择了广东航线。为保证航行一路顺利，郑舜功还专门搜罗了海道指南、针谱或海道经书等。令人失望的是，从广州至日本的海道资料寥寥无几。
“钦奉宣谕日本国，驱驰岭海乘槎出。五羊歌鼓渡三州，先取虎头出幞头……”，郑舜功详细记录了这次行程的路线及所过地点：从广州去往珠江口虎头（今虎门），出幞头山，沿广东、福建海岸向东北航行，经由台湾金门、基隆山，之后顺琉球群岛沿岸海域北上，抵达日本屋久岛。另外，郑舜功还附加了一些“航海秘诀”，如在过屋久岛时，他记录到：如果刮西南风用艮寅缝针，刮东南风用甲卯缝针，刮西北风则用正丑针。这些细节无不为后来航行的人们提供了宝贵的经验。
此外，郑舜功还记录了从日本九州岛附近去往日本京都的三条路线，分别为上道、右道和陆道。郑舜功这次走的是右道，原定右道是从九州岛以南的硫黄岛到屋久岛，经种子岛，再沿九州岛东侧和四国岛的东南侧向东北航行，经淡路岛至本州岛的大阪附近，然后由河道至京都。不幸的是，郑舜功所乘的船只在途径九州岛时遭遇暴风雨，后于七月漂至日本丰后国的领地。丰后国是日本古代的令制国之一，属西海道，又称“丰后”、“丰州”，辖境约为今日本大分县的大部。丰后国大名大友义镇（即大友宗麟）是日本战国时代九州的大名，势力管辖丰后、筑后、肥后、肥前、筑前、北肥后六国。
由于郑舜功所乘的海船在暴风雨中受到损坏，大友义镇便把他们安置在丰后暂住。郑舜功深知大友义镇只是割据一方的诸侯，而他们此行的目的地是京都，于是他吩咐随行的沈孟刚、胡福宁等人跟随日本船只前往京都，谒见日本室町幕府第十三代将军足利义辉。郑舜功则留在丰后，以“大明国客”的身份劝谕大友义镇，望其禁戢其所辖的六国倭寇，并告诫海民不要侵扰中国沿海。同时，郑舜功还对倭寇的活动及巢穴展开了细致的调查。
明政府于万历四十五年（1617年）发给外籍船长的进港文
《日本一鉴》里的日本风物
郑舜功以丰后国为中心，亲自调查了当地的风土、地理、制度等情况，并且查阅、参考日本典籍，收集资料。对当地人的衣食住行、体貌性情、文字语言、风俗教化、农桑渔猎……郑舜功无不逐一记录和考证，可谓事无巨细。
约16世纪，日本的丝质刺绣小袖袍衣
据《汉书》记载，日本国有城栅，有兵守卫；而在《隋志》、《新唐书》中，则记其无城。郑舜功亲自观察后发现，他所到的地方多无城池，所谓的“城”，也仅仅是联木围成，有兵驻守。
这里的男女都喜欢把牙齿染黑，所使用的染料竟然来自铁屑。他们将铁屑放人醋中，使其浸出黑水，然后涂抹在牙齿上，也会加入五倍子煎制以便巩固其颜色。其实，成书于1001年前后的日本文学作品《枕草子》中就曾记载了日本女性染黑齿的习俗，这一习俗曾在日本上流贵族女性中十分流行。
郑舜功在这里发现了一种名叫“温州”的橘子，是自中国温州移植而来，还有一种果实叫“福州”，是从中国福州移植来的。山麓间有汤泉，泉水可治疗人身上的疮疥。
郑舜功还记录了当地严苛的法律，假如有人酗酒逞凶，谁先露出锋刃，即使没有伤人，也要被处死；奸淫、赌博、放火甚至偷盗丝发等行为均入死罪。这里田地有余，但人们却不善于耕种，虽然叫“园圃”，但时蔬稀少，收成欠佳。就连桑树的叶子也小，养出的蚕吐丝短。因此人们难免会有饥馑之苦，从而引发动荡，起流劫之心。郑舜功认为可以教给他们中国的耕种和养蚕方法，解决他们的衣食等生活问题，再加以文化教化，从而使他们安居乐业，避免出海沦为倭寇。
世纪日本绘画（局部）：种植水稻的农妇
在丰后期间，郑舜功由大友氏菩提所的住持清授负责接待，他也为郑舜功在丰后的调查提供了材料与指导。在丰后停留半年之后，郑舜功一行从九州岛出发回航，而清授作为大友义镇遣往中国的回使一并同行。因天气恶劣，回航的船只在海上漂泊了40多天，才于嘉靖三十六年（1557年）三月回到广东。
回国后，郑舜功将这次出使收集到的资料和见闻记录进行整理，并最终著成《日本一鉴》。《日本一鉴》共由三部分组成，分别为《穷河话海》9卷、《绝岛新编》4卷和《桴海图经》3卷。《穷河话海》主要介绍日本的器物、名汇、文化、制度等。《绝岛新编》是日本地图与处所名汇的汇编。《桴海图经》主要记录郑舜功使日的随行见闻。
“经万里王程，聊就一书”，《日本一鉴》对日本记录之详细远远超过同时代的其他著作，其中所收录的日本语汇就多达3400 余个，同时他还将《今叶集》、《万叶集》等日本书籍介绍到中国。可谓明代研究日本的典范。
纵观有明一代，御倭守边始终是朝廷关注的焦点，而嘉靖大倭寇更使明朝人对日本的印象不断趋恶，明朝对日本的关注和研究也猛然增多。与众多有关日本的专著一样，《日本一鉴》也紧紧围绕“平倭”这个主题，但不同的是，郑舜功带着强烈的现实关怀，将日本的方方面面在人们面前一层一层地展开，使明朝人得以更加全面地了解日本，从而为治理倭寇提供了经世之鉴。正因如此，郑舜功最终无愧于他的“国客”之名和奉使之命。
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