經過《明朝那些事兒》的推廣，明憲宗成化帝的萬貴妃大大有名，據《明事》的說法，萬貴妃迫害成化帝的子嗣，發現懷孕的宮女就殺，導致成化帝一把年紀了還沒有太子可立，日後明孝宗的母親紀氏和宦官張敏被迫秘密把明孝宗養大，曝光以後二人也被萬貴妃害死。實則這種說法來自一部筆記小說，是不靠譜的。
成化帝在為各種家事煩惱的同時，還有一個迫在眉睫的問題，就是自己的子嗣關乎大明朝的國本。成化帝之前是有過兒子的，生母就是萬氏，成化疼她愛她，她的肚子也很爭氣。
成化對於與自己心愛女人的結晶，高度重視，派人往山川寺廟祈禱神靈保佑此子，還晉封萬氏為貴妃。如果按照這種情形發展下去，只要王皇后無子，萬貴妃就可以憑著母以子貴，兒子被立為皇太子，日後登基，她自己也可以效仿英宗朝的孫太后，干預朝政。電影龍門飛甲的原型便是成化立嗣事件。
這一時期恐怕是成化帝最順心的時光了，就連鬧事的大藤峽瑤民也被輕鬆掃平，後宮相安無事，這使得本來喜歡祥和的他也躊躇滿志。
但是天不假其便，皇長子還未取名就夭折，按照古代的醫療條件，出生率高，死亡率也必然高，皇帝自己尚屬春秋鼎盛，日後不怕無子。但對於萬貴妃來說，這是一個莫大的打擊，因為以她的年齡，基本不可能再生子了。
成化帝著急，文武百官比他還著急，在他們看來，皇上一直未有子嗣，與專寵萬貴妃有關。再加上，天象示警，出現了彗星，在這個敏感的時刻，科道官員紛紛上疏，題皇帝著急。但無論群臣如何為皇帝著急，成化放不下更不會去傷害萬貴妃，言官見成化始終不予理睬，也漸漸鬆懈了。這時候，卻傳來賢妃柏氏生下皇子，這原本是宮中內外的大喜事，成化帝竟然不那麼興奮，他拒絕了禮部昭告天下的請求，他的內心要照顧到萬貴妃的感情，同樣他也有之前皇長子夭折的陰影。
文武百官不會顧及皇帝此時的心情，在他們看來，隨便哪位妃嬪生子，都比萬貴妃的兒子好，如果萬貴妃日後當了太后，叫什麼體統？
成化七年，賢妃之子，已經取名朱佑極的皇次子已經兩歲，而成化本人也是兩歲被立為太子的，所以上下朝臣都醞釀議立太子。於是群臣紛紛建議成化帝立太子。要論咬文嚼字，成化哪裡是這幫文臣的對手，但成化就是一個“拖”字決，直到自己老孃周太后的出面。
群臣的這個行動得到了周太后的支持，甚至不排除這就是周太后主使的。在周太后和群臣的雙重壓力下，成化終於在張懋第三次上書後，下了立太子的決心。
當隆重的冊立太子的大典，過去僅僅兩個月，皇太子朱佑極忽然病逝，事前無任何徵兆，病情來得非常兇猛，這個使得成化最初的擔心變成了現實。群臣猜測是萬貴妃的毒手。事實上，成化帝在這個時候還有一個不為人知的兒子，就是後來的孝宗朱佑樘。
朱佑樘比朱佑極小一歲三月，關於他的出生，明史有詳細的記載：
“ 孝穆紀太后，孝宗生母也，賀縣人。本蠻土官女。成化中徵蠻，俘入掖庭，授女史，警敏通文字，命守內藏。時萬貴妃專寵而妒，後宮有 娠者皆治使墮。柏賢妃生悼恭太子，亦為所害。帝偶行內藏，應對稱旨，悅，幸之，遂有身。萬貴妃知而恚甚，令婢鉤治之。婢謬報曰病痞。乃謫居安樂堂。久之， 生孝宗，使門監張敏溺焉。敏驚曰：‘上未有子，奈何棄之。’稍哺粉餌飴蜜，藏之他室，貴妃日伺無所得。至五六歲，未敢剪胎髮。時吳後廢居西內，近安樂堂， 密知其事，往來哺養，帝不知也。”
朱佑樘的生母紀氏是廣西紀姓土司的女兒，紀姓叛亂平息後，少女紀氏被俘入宮中，管理皇帝私房錢。一次成化偶爾經過，見紀氏美貌聰敏，就留宿了一夜。事後，紀氏懷孕。萬貴妃知道後，命令一宮女為紀氏墮胎。
紀氏的人緣很好，派來的宮人不忍下手，回報萬妃時就謊稱是肚內長了瘤子而不是懷孕，萬貴妃仍不放心，下令將紀氏貶居冷宮。
紀氏是在萬貴妃的陰影下，於冷宮中偷偷生下了朱佑樘，萬貴妃得知後又派門監張敏去溺死新皇子，但張敏卻冒著性命危險，幫助紀氏將嬰兒秘密藏起來，每日用米粉哺養。被萬貴妃排擠廢掉的吳皇后也幫助哺養嬰兒。
萬貴妃曾數次搜查，都未找到。就這樣朱佑樘一直吃百家飯長到六歲 。一天，張敏為憲宗梳頭時，成化嘆息說：“我眼看就要老了，還沒有兒子。”張敏連忙伏地說：“萬歲已經有兒子了。”成化大吃一驚，忙追問究竟，張敏才說出了真情。憲宗皇帝聽了大喜，立即命令去接皇子。
當憲宗皇帝第一次見到自已那因為長期幽禁，胎髮尚未剪、拖至地面的瘦弱的兒子，不禁淚流滿面，感慨萬千。當天召集眾臣，說出真相。次日，頒詔天下，立朱祐樘為皇太子，並封紀氏為淑妃。但隨之紀氏卻在宮中暴亡，門監張敏也吞金自殺。
顯然，紀妃與張敏之死皆與萬貴妃的迫害有直接關係。成化的母親周太后擔心萬貴妃會對太子下毒手，就親自將孫子抱養在自己的仁壽宮內，才使太子安全地生活在宮中。
上面的這段傳聞，在弘治、嘉隆萬均不見記載，最早出現於于慎行的《谷山筆塵》，但根據尹直《皇明雜錄》的記載：“紀後有娠，萬妃恚而苦之，上令託病處安樂堂，以痞報，而屬門官照管。既誕皇子，密令內侍謹護。”
這個說法是朱見深知道紀氏有了身孕，但是不想萬貴妃不開心，所以把她送到宮外的安樂堂，說是養病，但是一直都派人好好照顧。這個兒子，成化自己是知道的，但是萬貴妃不知道，一般大臣們也都不知道，弄得跟私生子一樣。
尹直，為翰林院正七品編修。成化中，歷任翰林學士、兵部尚書、太子太保，還主持修《英宗實錄》，作為整個事情的親歷者，比一百年後的于慎行更具權威性。
看來，成化還是頗有心計的，一方面應付萬貴妃，一方面保護自己的兒子，這與他一直以來對萬貴妃千依百順的行為大相徑庭。而萬貴妃對於朱佑樘的出現也顯得高姿態，並沒有撒潑打諢，看來萬貴妃的確機警，善於討好成化。比成化的老孃周太后只知道胡攪蠻纏，萬氏確有長處，也難怪能得到成化的真心。
而流傳的故事中，朱佑樘的大恩人太監張敏死於成化21年，此時離朱佑樘進宮快有十年了，萬貴妃要報復不至於等十年後才下手。
許多史書說萬貴妃專寵後宮時，凡是妃嬪有孕，百方墮胎，或許有幾分真實性。成化總共有十四位皇子，除去皇長子、皇次子早夭，皇三子就是明孝宗朱佑樘，皇四子興獻王生於成化十二年七月，其餘子嗣都出生於成化十四年後。
不難推測，在朱佑樘公開身份前，萬貴妃可能幹過墮胎的事情，但隨著朱佑樘被立為太子，地位穩固，而她也再未能生育，可能就心灰意冷，懶得干涉了，成化的皇子們也就一個一個誕生了。
紀妃已死，朱佑樘也已經六歲，群臣再次上表，徵得周太后的同意後，成化十一年十一月，成化帝立朱佑樘為太子。
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