JN20010809
中国人习惯思维：清华的理工，北大的文科，科学院的研究。三者没有本质区别、都是国内一流大学，清北名气稍大，就业形势稍好。其实就个人而言一般考研专业方向已定就没有那么难选择了。
野鹤仙踪
不知道题主想考哪个专业，我先来说一说这三所院校的王牌专业吧。
清华大学 ：工学老大，实力超群。 王牌专业有经济与金融、工商管理、土木工程、建筑学、电子信息科学类、工程力学、水利水电工程、临床医学等。
北京大学：综合类大学老大，理学、医学、哲学、经济学、文学、历史学都是第一名，法学第二名。王牌专业：经济学类、法学、生物科学等
中国科学院大学：前身是中科院的研究生院。拥有全国最多的院士资源。培养了我国的第一个理学博士、第一个工学博士、第一个女博士、第一个双学位博士。
中国科学院大学在理学的数学、物理、化学、天文学、地学、生物学，以及工学的力学、材料、能源、电子与通信、自动控制、计算机等专业领域，具有明显的学科优势。
也不知道题主的专业、兴趣如何，就学科实力跟前景来看，这三所都是国内顶级院校，如果你是工科学生，那就去清华，理学、法学类最好是去北大，当然要做理论研究的话，中科院就是最好的选择。
口碑课程
先考虑国外一流大学，其次清华北大，再次独立科研院系统。就个人阅历所知来说，感觉不少独立科研院所的研究生教育体系不是那么完善，成不成材与团队、导师关系很大，缺乏一个兜底的水平保证。那个牛逼得不得了的中科院大学应该是转过来不久...？
文和居
我认为应该现确立自己的考研专业方向，然后了解三所大学相关专业的教学实力和水平，当然也要根本自己的学习经费来定，不一定教学实力和水平越高的越好，关键要选择适合自己的大学，只从一个方面来选择学校显然是不全面的。
