信息系统缺少推理功能，不能从存贮的信息中推导出其他有用信息;信息系统中包含大量的重复信息元素，使系统显得臃肿、低效。
而知识组织所形成的序化知识系统，能适时地将知识传播到适当的地方和适当的人，不仅能存贮显性知识，还能挖掘并存贮人的智慧和经验等隐性知识;知识组织模拟人的感觉和思维规律进行组织，按照一定的推理策略，提供问题的解决方案;知识系统中的知识元素具有唯一性，不能重复，因而提高了系统的工作效率和结果的准确度。
信息组织仅局限于对已存在的信息的组织，对于存贮于人脑中的隐性知识则无能为力。知识组织则不仅对显性知识进行组织，而且还主动去探索人类的精神世界，并力图从中挖掘出对社会发展有价值的隐性知识，以实现知识的全面共享，促进知识创新。
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