（一）由“私学”向半官学的转变——元明时代的中国古代高等教育
在南宋覆灭之后，蒙古铁骑逐渐扫除了中国境内的各种割据势力，统一了中国。虽然是一个少数民族政权，但是，在教育方面却没有采取截然不同的政策，依然延续了书院制度。只是，此时由于民族矛盾尖锐，元朝统治者不得不加紧思想文化领域和教育领域的控制，元代书院也就受到了更深的官方控制。
伴随着官方控制的加深，书院也由原来的偏重学术研究的机构逐渐变成了偏重思想文化灌输的机构。这一阶段，理学依然取得了长足的发展。涌现出了大批的理学家，这些理学家对待理学内部不同派别上的观点与教育方法均有一定的差别。不过，总的来看，这些学术上的争鸣更加促进了理学研究的繁荣。代表人物为赵复、许衡、吴澄、郑玉、史蒙卿
虽然，此时中国古代高等教育核心内容依然是理学，只是此时的理学已经不是一种学术理想，“外圣内王”的理学价值体系已经彻底崩溃，书院中的学习目标就是为了赢得考试的胜出。而元朝政府的控制也使得书院逐渐官学化，这种官学化“是指原本属于私学性质的学校逐步发生变化，程度不同地具有了官学的特征。”而书院中所传授的理学在元朝也逐渐官学化，成为主流思想和科举考试的制定内容。
与之相应的是，理学也变得越来越僵化，书院中的教学内容和科举考试内容逐渐趋同。书院教育逐渐成为科举制度的附庸，书院之中对理学的学术化研究也越来越微弱。而且，由于元代统治者是通过武力征服了全国，因此，对于学术文化重视程度不够，在宋覆亡之后的很长一段时间之后才恢复了科举，且延续时间不长。经过科举选拔出来的人才也没有得到足够的重视。因此，整个元代在思想文化及教育中的进步并不明显。
在经过了近一个世纪的停滞之后，到了明代，书院才又焕发出了生机。明代书院具有双重职能，一方面，依然了宋代书院的学术研究职能，另一方面，书院依然秉承培养人才，为科举服务的职能。这两种职能使明代书院分化为两类：考课式书院和讲会式书院。
明代的书院较之元代有了长足的进步，不仅积极推广学术文化，而且对学术的研究也取得了令后人瞩目的成果。其中，明代最大的研究成果就是王阳明为代表的“心学”，学术的进步又发过来推动了书院的勃兴。中国古代高等教育与学术文化又形成了一个新的巅峰。“心学”的崛起为高等教育的发展注入了新的血液，书院数量大大增加。
明代中期以来，以王阳明为代表的新一代理学家对程朱理学的僵化十分反感，他们着手对理学进行了改造并建立了“心学”。纵观王阳明心学的发展轨迹，可以发现，其学术研究是与其教学工作密不可分的。而另一位心学代表人物湛若水的理论也是在书院讲学的过程中逐渐形成并发展的。其后，二人的学生也都非常重视这种传统，积极创办书院，对“高深学问”进行研究与传承。
明代高等教育的另外一个特点就是为科举服务。自从元代书院开启了官学的趋势之后，书院与科举的关系越来越紧密。到了明代，这种官学化倾向愈发明显。从创办主体的角度分析，在明代，地方官员成为创办书院的主要推动者，官办书院首次超过了民办书院。这也主要是为了地方居民科举成功率，因此，明代书院以考课式书院为主体。例如，在正德五年之后，河南济源县没有任何人在科举考试中成功及第“比正德庚午后，更三十一宾兴，鹿鸣绝响者将百年。谭者曰：天地气运使然，非人所胜。”针对这种情况，县令创办了“启运书院”，希望提高地方的科举成功率。这种情况下，书院的教学内容自然也是以科举考试为核心。
总的来看，元代和明代，我国高等教育发展的特点就是书院官学化。特别是元代书院官学化程度非常高。在书院官学化的前提下，对于“高深学问”的研究与传承也陷入僵化。虽然明代心学崛起，但是，仍然没有改变高等教育官学化的总体走向，高等教育仍然只是为科举制度服务的工具。
（二）彻底官学化并走向衰微——清代的中国古代高等教育
到了清代，我国的高等教育已经彻底官学化，书院与官学没有任何区别。书院存在的目的就是为了科举，教学内容也围绕着八股文来进行，高等教育彻底成为科举的附属品。
其实，在明代末期，书院就和官学几乎没有什么差别了，特别是考课式书院的数量逐渐上升，书院一般由地方官员主办，并且将考课写入学规中。万历十二年，汪可受重建白鹭洲书院，在《馆例》之中，特意对考课的形式与内容等进行了明确的规定，如：“字须楷书，文须完结，间试试策表”可以发现，考试内容就是八股文。历史悠久的白鹿洞书院在万历末年推行洞学科举制度，拉开了明代书院彻底以科举为核心的序幕。李应升还对这种结合提出了明确的主张：“查吉安白鹭书院，科举四十二人，衡其实，恐不让才；循其名，何绝相远！……窃叹旧额之太坚，例亦何拘时则已？可使先贤而复起，必盛典之弘开。伏乞俯将鹿洞遗才，照白鹭书院事例，先期另考，额为拾名，则贤官大辟。”他的这一请求得到了批准：“允洞生科举八名，仍先遗另考，定为永例。”这种“洞学科举”标志着中国古代高等教育的官学化向前大大的推进了。
满清贵族入关之后，面临着汉族士大夫的抵制，如何从思想文化上使士人阶层受命于清朝政府，使清朝统治具有合法性就是摆在满清贵族面前的一个难题。初入关的时候，清政府是反对兴办书院的，如顺治帝在顺治九年曾经下过旨意：“各提学官督率教官生儒，务将平日所习经书义理，着实讲求，躬行实践。不许别创书院，群聚党徒，及号召地方游食无行之徒，空谈废业。”等统治稳定之后，清政府开始加强对文化、教育领域的控制，于是，雍正帝在雍正十一年又开始提倡兴建书院：“近见各省大吏渐知崇尚实政，不事沽名邀誉之为，而读书应举者，亦颇能屏去浮嚣奔竞之习，则建立书院，择一省文行兼优之士读书其中……亦兴贤育才’之一道也。”
清代所提倡的高等教育是完全以科举为目的，这一点比明代更为突出。如白鹿洞书院曾经的“洞学科举”与科举、官学制度彻底融为一体，据记载：“凡在洞童子英俊有志者，另期考试，拔尤者四人入南康府庠中”，由于各级学校的学生必须是通过了科举选拔的秀才，所以，白鹿洞书院的教学就彻底以科举作为教学目标了。另外一家著名书院白鹭洲书院提出同样的要求，希望直接给予一些科举中举的名额。与此同时，书院的管理也出现了变化，开始对生源的身份和地域加以限制，而且，招生时非常看重考生对科举应试知识的掌握水平，如彝山书院在重定的《章程》中明确提出要求：“未过本州县考者，不准在书院肄业。”在这种教学目标的指引下，教学内容也都开始围绕科举来展开，具体就是以八股文的培训为核心。
对于应试的片面强调导致学术研究的风气荡然无存，渐渐失去了原本书院中的优良传统，如教学与研究相结合、自由讲学等。理学逐渐衰微，到了清代中期，汉学兴起。汉学推行对于古书文字进行训诂、考据，思想性大大弱化。虽然汉学的兴盛也曾推动了我国古代高等教育的发展，但是，程度毕竟有限。汉学书院的数量一直毕竟少，也没有能够取代理学书院。“汉学进入书院，标志着书院的理学灵魂已经行将出窍，书院尝试着让一种新式的教育内容与方法来充实日益空疏的躯壳，这种尝试，最终是失败的。”
到了19世纪末期，随着几次对外战争的失利，清政府已经认识到了教育的落后及其带来的恶果。维新派和洋务派展开了针对教育的改革，仿照西方大学制度开始新式学堂。1904年1月颁布的《奏定学堂章程》正式宣告了以书院为代表的中国古代高等教育的终结。从那时起，一直到现在，我国所采取的高等教育模式都是完全从西方借鉴而来的。
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