就在努爾哈赤的統一大業不斷向前推進之時，軍隊內部卻出現了矛盾。萬曆三十七年(公元1609年)，努爾哈赤與他的生死兄弟舒爾哈齊之間發生權力衝突。舒爾哈齊一氣之下準備帶兵出走另立門戶，不料走漏風聲被努爾哈赤發覺，努爾哈赤扣留了舒爾哈齊並抄了他的家，涉嫌謀反的幾個大臣都被處死。舒爾哈齊出走的風波還沒有平息，努爾哈赤與長子褚英之間的矛盾又激化起來。褚英是努爾哈赤的長子，他驍勇善戰、軍功累累，為女真族統一大業做出了突出貢獻，因此努爾哈赤對他稱讚有加，並讓褚英代理軍政事務。由於褚英只是奉命執政，不是真正的掌權者，所以很難令弟弟和大臣們折服，對於他下達的一些命令，大臣們乾脆當作耳旁風，這引起了褚英的怨恨，他放出話說，凡是對他不友善者，等他即位後都將被處死。
說者無意聽者有心，褚英的狠話引起了大臣們的恐慌，於是他們集體向努爾哈赤告狀。努爾哈赤知道此事後非常生氣，他認為褚英心胸狹窄，並稱自己百年之後也不會讓他接班，還解除了他的兵權。褚英因此感到前途渺茫，盛怒之下，他作表焚天詛咒父親、弟弟以及眾大臣，結果再一次被告狀，這一次努爾哈赤沒有再給他機會，努爾哈赤囚禁長子褚英，2年後他不幸去世。努爾哈赤清除內部分裂勢力後，政權達到高度統一，兵馬也越來越多，人事管理上出現問題。為了加強自身的統治，努爾哈赤對屬下人馬進行了大整編，創建一影響深遠的制度八旗制度，大家都知道，八旗制度其實是一套集軍事、政治、生產功能於一體的制度。八旗中的旗是一種人事編制，為了便於分辨，各路人馬以不同的旗幟顏色相區分。萬曆二十九年(公元1601年)，努爾哈赤初次整編軍馬之時只設黃白紅藍四色旗，旗下設牛錄作為基層單位。
一個牛錄約有三百人。隨著隊伍的不斷壯大，努爾哈赤又增設了鑲白、鑲紅、鑲藍、鑲黃四旗，其中黃藍白旗都瀛紅邊，紅旗則鑲白邊，新增四旗與原有四旗合稱八旗。八旗中黃旗和鑲黃旗為努爾哈赤的直轄旗，地位比其他旗要高。八旗各自獨立，但各旗的統帥都要歸努爾哈赤負責。每旗的統帥被稱為旗主，旗主統率下的百姓為旗丁。旗丁們平時從事生產活動，戰時服兵役。八旗制度使女真族成為一個整體，他們被統稱為旗人。在八旗制度的基礎上，努爾哈赤又設立了五大臣議政王佐理國事制度。伴隨著滿族的發展和軍事力量的增強，需要研討和處理的事務日趨複雜，努爾哈赤在八大貝勒(旗主)會議的基礎上，增設若干名理政聽訟大臣，或稱議大臣，與八旗旗主一同議政，提出建議供各貝勒和努爾哈赤參考，這是議政王大臣會議的早期形態。
筆者認為，隨著改革的推進和力量的日益強大，努爾哈赤認識到，另立國號的時機已經成熟。萬曆四十四年(公元1616年)，努爾哈赤在各旗主的擁護下在赫圖阿拉即位稱汗，定國號大金，年號“天命”。至此，努爾哈赤終於在東北建立起自己的政權。為了與歷史上的金朝區分開來，史稱該政權為“後金”。後金的建立引起了明朝廷的恐慌，明朝廷不可能允許國中之國的出現，對努爾哈赤也由之前的安撫轉為制裁，這使努爾哈赤與明朝廷的矛盾空前激化。八旗制度在實行前期產生了重要的作用。它既有利於當時社會生產力的發展，又有利於滿族共同體的形成。努爾哈赤通過八旗把分散的女真族部民組織起來，促進了女真族社會生產力的提高。八旗制度對入關後清政權的政策和戰略也產生了很大的影響。八旗成員成為清初統治集團的主體。
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