关于日本人的来源，绳文人VS弥生人——比较支持“大和族”是后到的、从大陆半岛渡来的，征服者。
在如Hammer2006年的数据中，259个日本人发现90个D2，占34.9%，没有其他D类型。不同地区日本人中，D的分布很不平衡，在京都附近、九州岛、本州岛西部，是高比例的O而D少，而在北海道、种子岛和冲绳，D的比例则很高，显示了日本的最早的土著为D，后来为C，最后到达的是O人群，但O人群构成了当代日本大和族人的大部分主体父系成分，而日本土著阿伊努人则是D占80%以上，C占不到20%，没有O。
从外部进入日本列岛的路线主要有三条：即1.经过台湾岛、琉球群岛抵达南九州；2.经过朝鲜半岛、对马岛进入北九州；3.经过库页岛进入北海道。现代基因分析指出，绳文人应当是通过第一种路线进入日本列岛，并在之后的一万年内遍布日本全境。而弥生人则似乎是通过第二种路线进入的。
图：日本列岛中对酒精的耐受度分布，从这个分布图我们大概能推测出，弥生人密集分布于北陆、中部、近畿、中国地区，也在北九州、四国、关东地区有一定的比例。
“后来神武天皇东征，征服了今天的畿内地区，把根据地从日向国搬到了大和国、即现在的奈良县，在上古直至奈良时代一直是倭王（天皇）的主要据点，也是《记纪》中神武东征以后描述的主要政治中心。”——神武东征。
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