我们日常见到的汽车、火车、船舶发动机乃至飞机发动机都被统一称作燃机，它的普遍特征是：使用空气作为助燃剂促使燃料充分燃烧做功产生动力。而潜艇在水下航行的时候本身氧气就十分有限，如果也像汽车、火车发动机一样开动发动机工作，仅仅几分钟就会把全艇的氧气消耗殆尽造成惨烈的事故。实际上我军035型潜艇就出过类似的事件，结果导致氧气迅速耗尽，全艇71名官兵阵亡。
因此，潜艇的动力系统设计非常特殊，设有多个系统与备份以及运行逻辑。以常见的柴电动力潜艇而言，在水上航行时使用柴油机推进，此时潜艇的动力系统跟普通船舶别无二致，进气从位于指挥塔上部的通气管抽入，而废气使用风机吹除。
在柴油机推动曲轴的同时，还在给蓄电池充电以备水下使用；潜艇潜入水下时，在十几米深的区域，还可使用通气管供气供柴油机运行，但是在数十米乃至上百米深的区域，通气管无法上升到水面，此时必须关闭柴油机，切换到蓄电池动力驱动电机确保潜艇航行。
由于蓄电池能量较少，在水下全速航行时往往会迅速耗尽动力，部分柴电潜艇还装备了AIP也就是不依赖空气推进系统，其技术路线各不相同，有闭式循环燃机、斯特林轮机、燃料电池等等。
总的来说，潜艇在较深的深海中是一不进气，二不出气，更不会有水泡，依靠潜艇内部的能源循环来航行。
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