随着知识经济的到来，人力资本在企业的经营发展中的作用越来越大，现代企业的经营管理中，对知识性人才进行股权激励已经成为常规性的制度建设。而员工的持股方式的选择和设计也是非常关键的一个环节，持股方式设计是否科学，直接决定股权激励计划的激励效果和管理效率。
目前，企业股权激励计划常见的持股方式主要有两类：自然人持股和平台持股。自然人持股包括激励对象个人直接持股和他人代持股份；平台持股主要包括公司制平台、合伙制平台、资产管理计划平台。如下图所示：
平台持股中，公司制企业分为有限责任公司和股份有限公司，股份有限公司经营规范要求较为严格，管理成本较高，不适宜做持股平台，公司制企业一般采用有限责任公司作为持股平台。
合伙制企业包括普通合伙企业和有限合伙企业，由于有限合伙企业由普通合伙人（GP）执行合伙事务，而有限合伙人（LP）不执行合伙事务，不得对外代表有限合伙企业，所以普通合伙人可以通过较少的出资控制合伙企业，因此有限合伙企业成为合伙制平台常见的组织形式。
资产管理计划一般采用信托、资管计划、契约式基金等金融工具做为持股平台，一般是上市公司实施员工持股计划常用的持股方式，而拟上市公司因证监会对股权明晰的要求，明确禁止信托持股情形，而资管计划和契约式基金虽无明令禁止，但有股权不清晰的嫌疑，一般在IPO过程也会被清理。
以下主要探讨自然人持股、有限公司持股和有限合伙企业持股三种持股方式的特点，从税负和公司治理的角度进行分析比较。三者的对比分析简图如下所示：
自然人持股
自然人持股包括个人直接持股和代持两种。
个人直接持股是指激励对象通过变更工商注册登记，直接将主体公司的股权登记到员工个人名下的持股方式。
特点：具有所有股东权力，激励力度最大；完全由员工个人支配处置，归属感最强；税负最低；操作最简单方便。
代持是激励对象的股权由他人或机构（公司）名义上持有，实质上激励对象通过与代持人签订代持协议的方式持有股权。股权代持是合法的，我国法律有司法解释保障隐名股东的权利。
特点：（1）存在一定风险：有名义股东窃夺股权风险；上市不规范风险，上市必须代持还原，清理代持现象；（2）操作最为简便，由名义股东进行注册，激励对象与名义股东签订代持协议即可。
自然人持股的所得税负
股权转让所得税
（1）一般股权转让：根据《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》明确规定，个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税，税率为20%。
(2) 限售股股权转让：根据财政部、国家税务总局《关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有问题的通知》（财税【2009】167号）的规定，自2010年1月1日起，对个人转让限售股取得的所得，按照“财产转让所得”，适用20%的比例税率征收个人所得税。其中，应纳税所得额=限售股转让收入-（股票原值+合理税费）
因此，员工持有上市公司股票持股期限在1个月以内（含1个月）的，个人所得税率20%；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，个人所得税率10%；持股期限超过1年的，个人所得税率为5%。
自然人直接持股不利于公司治理
（1）自然人直接持股使股权分散，削弱实际控制人的控制权，如自然人股东太多，会分散股权，增加管理难度，影响决策效率。
（2）员工直接持股使股权固化在固定的人身上，容易造成持股员工“搭便车”而懈怠，持续激励效果较差；另一方面公司失去主动权，容易造成持股员工上市套现走人，不利于员工留存，影响公司市值管理。
（3）员工股权的进入和退出均会造成公司股权结构的变更，股权转让频繁，手续复杂，不利于操作。如果员工不配合股权变更手续，还会引起法律纠纷，耗时耗力。
有限责任公司持股
有限责任公司持股是指设立一个公司制企业去持有主体公司的股权，员工通过持有有限公司的股权，间接持有主体公司的股权。
有限责任公司持股的税负
根据企业所得税法规定，有限责任公司是企业所得税纳税义务人，需缴纳企业所得税，另外，有限公司自然人股东需要缴纳个人所得税。因此有限公司作为持股平台有双重税负。
股权转让所得税：
有限公司采用“先税后分”原则，当有限公司对外转让公司股权时，有限责任公司按25%税率缴纳企业所得税；公司向自然人股东分红时，自然人股东按20%的税率缴纳个人所得税
因此，在不考虑税收优惠和税务筹划的前提下，综合税率为：1-（1-25%）×（1-20%）=40%
股息红利所得税：
根据《企业所得税法》（2007）第二十六条，符合条件的居民企业之股息、红利等权益性投资收益为免税收入。符合条件的居民企业之股息、红利等权益性投资收益是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益
因此，有限公司持股平台取得股权分红时不需要缴纳企业所得税。持股平台内部分红时，自然人股东需要缴纳20%的个人所得税。
有限公司持股对公司治理的影响
有限公司的治理按照《公司法》规定执行，修改章程、增资、减资、合并、分立、解散或者变更公司等重大事项需经代表三分之二以上表决权的股东通过，一般事项需经代表二分之一以上表决权的股东通过
因此，实际控制人要掌握持股平台的控制权至少需要持股平台公司1/2以上的股权 ，若员工持有平台公司的股权比例超过1/2，则原股东或公司管理层有可能会失去该部分股权对应的表决权。
另外，有限公司内部管理需遵循《公司法》规定执行，比如需设立三会一层的组织架构，分红前需提取税后利润10%作为法定公积金，股权转让时需要其他股东放弃优先受让权等限制。
有限合伙企业持股
有限合伙企业持股是指设立有限合伙企业持有主体公司的股权，员工通过持股有限合伙企业的出资份额的方式，间接持有主体公司的股权，是间接股东。
有限合伙企业持股的税负
《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税〔2008〕159号)规定：“合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。合伙企业生产经营所得和其他所得采取‘先分后税’的原则。所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。”
因此有限合伙企业无企业所得税，合伙企业所得利润先在合伙人中分配，再按由合伙人以自己的名义申报纳税。
股权转让所得税
根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）（以下简称“91号文”），“个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的”个体工商户的生产经营所得“应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。前款所说的收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关活动所取得的各项收入，包括销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入
因此，合伙企业转让股权时，自然人合伙人按5%-35%的累进税率征收个人所得税。
有些地方为了鼓励股权投资类合伙企业，在有限合伙企业转让股权时，对有限合伙人按“财产转让所得”征收20%的个人所得税；对执行合伙事务的个人合伙人，则比照“个体工商户的生产经营所得”征收5%-35%的累进所得税。上海、深圳均按此规定征税。有部分地方出台更优惠的政策，对股权投资类合伙企业自然人合伙人统一按20%的税率征收个人所得税，如天津、北京、青岛。
股息红利所得税
根据《关于执行口径的通知》（国税函[2001]84号）（以下简称“84号文”），合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利、不并入合伙企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税
根据《个人所得税法》（2011）第三条第五款，利息、股息、红利所得税率为百分之二十
因此，自然人通过有限合伙企业持股时，从主体公司取得的股息红利的个人所得税率为20%。
有限合伙企业持股对公司治理的影响
1、操作性强。有限合伙企业遵循《合伙企业法》的规定执行，相比有限责任公司而言，从设立到日常运营都较为简易，可以通过约定《合伙协议》的方式确定管理规则，利润分配和财产份额的转让操作更为灵活易行。
2、易于股权管理。普通合伙人可以以少量的出资完全掌握持股平台的控制权，达到分利不分权的目的。实践中可以由实际控制人担任普通合伙人作为股权激励的“股票池”，员工股权进入和退出都通过普通合伙人转让财产份额来实现，更利于股权集中管理。
结论
- 自然人直接持股，激励性最大，管理难度最大，税负最低。适用于激励对象较少（3-5人），在公司重要性很大，人品能力过硬，与实际控制人属于合伙性质的情形。一般情况的股权激励都不建议采用。
- 相对于自然人直接持股，平台持股更便于股权的控制和管理。
- 有限合伙企业持股比有限责任公司持股在税负和公司治理上都有明显的优势，也是目前市场上运用最为常见的持股方式。
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