稻草與稻茬及根系，在土壤中屬於碳氮比比較高的有機質，如果不經過腐熟，就會影響土壤肥力狀況。稻草留在土壤中，必須要經過充足的腐熟，否則次年，由於土壤碳氮比失調，土壤微生物在溫度、溼度條件適宜的時候，就要分解過高的碳素，這是一個自然規律。而土壤微生物活動的最適溫度一般在26-32℃，低於這個溫度，微生物沒有活動，處於休眠期就不會分解有機質。明年夏天地面溫度達到最適溫度時，微生物活躍起來，而那時候水稻早已插秧，過多的稻草留在水稻土中，如果不能及時分解，會產生很大的影響：
一、影響土壤封閉除草劑的除草效果，原理就是，土壤封閉除草劑會被這些泡爛的雜草吸收，無法接解到雜草種子，在土壤中的除草劑由於濃度低而達不到化學除草的目的。即使多次使用除草劑也不能達到對雜草的有效防除。
二、給稻田土壤帶來充足的菌源，今年寒地稻作區的紋枯病發病很重，已經達到影響產量的程度，紋枯病的致病菌就是絲核菌，菌核在稻草上越冬，次年留在土壤裡，對水稻產生侵染循環。還有一些蟲卵也是如此，今年早春插秧的水稻，一插秧就受到了潛葉蠅的危害。
三、土壤微生物分解這些稻草有機質的時候，會產生與水稻爭氮現象，導致前期氮肥效果不顯著，影響水稻分櫱。等到這些物質分解結束時，會釋放大量的氮素，影響水稻控櫱，嚴重影響水稻產量並造成倒伏和稻瘟病的發生。同時有些農戶不明白這個道理過量的施入氮肥還會產生水稻貪青的現象。
四、水稻田灌溉是一個淹水過程，有很強的還原性，氧化還原電位達到-630mv的強還原條件下，有機質不能被有效地分解，從而產生甲酸、乙酸、丙酸、丁酸等有機酸，含氮部分被分解同時會揮發出惡臭的味道，在水稻莖基部產生黑色粘稠物質。
表現症狀：高溫時田間有氣泡產生，莖基部呈黑色，根系吸水能力下降，即使田間有水層高溫天葉片仍然產生缺水的現象。拔出根系，有大量的未腐熟的稻草附著，惡臭，水稻葉片發黃，分櫱死亡等現象。
大量的稻草在稻田中，會對農業生產造成嚴重的影響，究竟如何處理呢？每公頃施入80公斤尿素或150公斤硫酸銨或相近氮量的其它氮肥，噴施1000-2000毫升的酵素髮酵劑，以促進稻草秸杆發酵分解，明年底肥中減少60公斤尿素或等量的氮素。可以用旱田噴霧的車量噴霧，每次用500毫升左右，分三次噴撒。（此方法有待於更多的試驗數據驗證，大家可以選擇地試用）
至今為止，沒有看到關於秸杆焚燒汙染大氣的準確分析數據，出現的煙塵和霧應屬於低氣壓現象，降雨後或氣壓回升自然就沒有了，如果說燃燒秸稈對大氣環境破壞，那汽車尾氣呢？為什麼不禁止。如果不焚燒秸杆，導致明年的病、蟲、草害增加，農戶一定大量施用農藥來進行相應的防治，這樣就會造成農藥用量加大，對環境的汙染與焚燒秸杆對環境的汙染哪個更大，應該做一個客觀的分析，俗話說“兩害相遇取其輕”。過量的秸杆燒掉，我覺得是可行的，雖然燒掉了有機質，但無機鹽礦質元素還是留在土壤中，並且可以燒掉病菌和蟲卵，減輕了第二年病蟲害的發生。
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