事發一個月後，9月28日，澳門特別行政區民航局在其官網發佈首都航空事故調查初步報告——涉事的首都航空JD5759航班於8月28日在澳門機場著陸期間，遭遇28節順風，重著陸後彈起，4秒後以俯衝姿態接地。之後，該航班復飛，備降深圳機場。
在此事故之前，8月26日，首都航空JD5158航班從昆明飛往杭州途中出現機械故障，被迫緊急返航；之後，9月5日，首都航空JD5716航班在南京機場滑行過程中，與停放在相鄰機位的東航客機發生剮蹭。目前，這兩起事故也還在調查中。
著陸時遇28節順風，業內人士：低空風切變嚴重
報告顯示，8月28日，首都航空JD5759航班由北京飛往澳門，飛行過程中一切正常，直到最後進近階段，飛行高度由50英尺（約15.24米）下降到30英尺（約9.14米）過程中，飛機指示空速由134節（約248.17公里/時）下降到122節（約225.94公里/時），下降率為每分鐘688英尺（209.7米）。空速在1-2秒內快速下降，在接地時受28節（即28海里/時，約51.86公里/時）順風影響。
首都航空JD5759北京-澳門航班備降深圳機場。
據澳門機場34號跑道風傳感器採集的原始數據，北京時間當天11時15分到11時15分57秒期間，陣風突然從10節變為22節，風向為170至190，即變為順風。
報告稱，當天11時15分35秒，該航班在28節順風情況下，於34號跑道入口內約300米處，以主起落架接地隨即彈起，垂直過載峰值為2.359G；4秒後，該飛機在34號跑道入口內約600米處，以前起落架先接地，垂直過載峰值為3.406G。
中國航空器擁有者及駕駛員協會（AOPA）飛行技術分會會長、資深民航機長陳建國向南都記者表示，從上述數據可以初步確定，該航班著陸時突然遭遇低空風切變（高度600米以下），且落地姿態不正常。
“嚴重的低空風切變會對飛機性能造成一定影響。28節順風有點大，會使飛機升力突然減小，容易造成重著陸。”陳建國說，“該飛機二次著陸時是以前起落架先著地，即俯衝接地，很危險。導致這種非正常姿態落地的具體原因，還需要根據更多飛行參數來分析。”
首都航空JD5759北京-澳門航班起落架輪胎缺失。
另一不願具名的資深試飛員、民航機長告訴南都記者，根據上述數據可初步判定為該航班遭遇低空風切變，且較為嚴重。“按照中國民航局公佈的標準，風向或風速的快速變化導致空速變化大於15節，或垂直速度變化大於每分鐘500英尺，就是嚴重風切變。”
兩臺發動機均受損，專家：備降成功是“命大”
報告稱，該飛機第二次接地後，前起落架受損，兩個發動機都吸入碎片，造成發動機損壞。隨後，機長執行復飛，復飛爬升率較小。
當天11時16分21秒，澳門空中管制通知機組，飛機左側發動機發生火情；11時20分許，工作人員在跑道發現一個輪胎，並通知機組。
該航班機長宣佈“Mayday”（緊急情況）並確定合適的著陸機場，導航系統在重著陸後失效，備用導航系統啟動。在評估情況後，機組決定備降深圳。
當天11時57分52秒，飛機降落在深圳寶安國際機場。飛機嚴重受損，沒有起火，機組啟動緊急撤離。
報告稱，事發時該航班載有157名乘客、3名機組人員和6名客艙乘務員。有5名乘客在航機抵達深圳進行疏散時受了輕傷。
涉事航機屬空中巴士A320-214型號，事故致航機前起落架損壞並有多處斷裂，前機身多處變形，左右兩側發動機均有不同程度的多處損壞，其中左側發動機所有風扇葉片受損。
陳建國分析，造成飛機損壞嚴重主要因是第二次落地時垂直過載大，且以前起落架先著陸，“飛機設計中，前輪僅能承受10%的載荷量，3.406G早已超出正常載荷，前起落架折斷很正常，而其碎片造成兩側發動機受損，特別是左發完全被打壞。能在這樣的情況下備降深圳，真的是命大。”
上述不願具名的試飛員表示，機組在復飛後處置得當，“能在飛機受損、左發失效、性能下降的情況下，成功備降深圳機場，並完成緊急撤離，體現飛行員在應急情況下冷靜沉著保證航空安全的專業素質。”
澳門民航局表示，全面的調查工作仍在進行，後續工作將集中在起落架碎片分析、飛行記錄儀數據分析、飛行表現分析、機組人員培訓和資格、天氣和環境影響、航空器維修記錄、空中交通管制程序等多個方面進行詳細研究。
澳門民航局在報告中強調，航空事故調查的唯一目的是預防事故再度發生，而非為了分攤過失或責任。
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