一个政治人物，可以暂时放弃经济利益，也可以承受军事上的暂时失败，但决不能在政治上犯错，更不能一错再错。在西迁的过程中，林丹汗完全反其道而行之。右翼蒙古诸部虽然一贯不听从调遣，甚至有截杀商队，停止朝贡等情事。但在内部已经不稳，外部又强敌环伺的时候，最明智的选择是与之联合，即使不能完全为己所用，也会是莫大的助力。
一味的施以兵威，虽然取得了胜利，所获得的却是一个残破的局面。不但被迫归附的诸部部众心怀不满，与之离心离德，原本的富庶之地，因为战争，“畜牧匮乏”, 各部流离失所。加上“塞外霜早, 颗粒无收兼厉疫盛行”, 蒙古诸部几入绝境。而各部的抵抗也大大削弱了察哈尔本身的力量：“插之疲甚、饿甚、穷甚”, 其兵员严重减耗,“插有马约备仅收四万, 插众不满五万”。
更可怕的是，为了市赏与明朝动武，虽然逼迫明朝恢复互市，但也标志着明蒙联合对抗后金的局面没有挽回余地的被破坏了。崇祯帝君臣将林丹汗视作和后金一样的敌人，这比在辽东时，更为孤立。如此境地，欲说巩固成果，无异缘木求鱼。为了躲避灾荒和瘟疫，更是不愿再继续战争，林丹汗属部的乌珠穆沁、苏尼特、浩齐特等部纷纷离开了他，投奔了漠北喀尔喀。
林丹汗此时已经利令智昏，干脆又出兵攻打漠北喀尔喀，如果失败，也许还能让他冷静下来，可惜，他又胜利了，漠北的扎萨克图部和托辉特部被击败。同室操戈的鲜血，越流越多。当林丹汗血战宣大塞外的时候，后金的皇太极却在蚕食林丹汗在故地的领土。1628年2月，后金兵抵大凌河，留守的多罗特部首领古鲁出兵迎击，兵败战死，所部损失一万一千二百余人；5月，后金兵犯阿拉克绰特，林丹汗大将因特塔布囊战死；9月，皇太极纠合敖汉、奈曼、扎鲁特、哈剌嗔等部扫荡锡尔博锡哈图、英汤图等地，察哈尔部众“抗拒者杀之，其降者编户”。
也是不到一年，林丹汗留守故地的人马全军覆没，都城察罕浩特成为一片废墟。辽东一带，完全划归后金版图。林丹汗每况愈下，故土丢失，新地纷乱，尤其是人心，已经到了土崩瓦解的地步。为了归拢人心，他召集昆噶敖德斯尔、班第达顾实、阿南达顾实为首的33名翻译家，在1628-1629年期间翻译了108卷《甘珠尔经》。林丹汗把祖传下来的传国玉玺、嘛哈噶喇金佛和《甘珠尔经》视为三大法宝，他也许认为，这些代表传统和神圣的东西，会让自己渡过难关。
这是他的一厢情愿，祖先与神灵没有一兵一卒，根本无法庇佑这个子孙和信徒。归并辽东的后金可汗皇太极很快便开始了对他的最后一击。1632年4月，皇太极率后金军与土默特、喀喇嗔、伊苏特、扎鲁特、敖汉、奈曼、科尔沁、阿鲁科尔沁等几乎所有归附的蒙古部落，起兵10万，远征林丹汗。
大兵压境，林丹汗准备决一死战，但“疲甚、饿甚、穷甚”的部众早已经没有了抵抗的意志，“所部解体”。无奈中，林丹汗率众渡黄河西撤。这场突如其来的撤退，部民大部分毫无准备，人马辎重遗弃的遍地都是，待度过黄河时，已“沿途离散十之七八”。后金军仿佛不是来交战，而是来收集难民和战利品的。
这一场攻伐和溃逃，近在咫尺的明朝军队津津有味的做着看客，甚至还帮了后金不少忙。当蒙古余部不少逃入明边,后金方面致书沙河堡明方官员索取察哈尔属部土默特人时, 明人将逃入堡中之人和林丹汗的财物全部“归还”后金。之后，后金趋宣府, 明官吏又献出犒赏林丹汗所余财物, 计缎布及虎豹等皮, 共一万二千五百件。
虽然是不共戴天的敌人，明朝仍然愿意在小范围的和后金合作，全然不顾当年的盟友情分。虽然表现了明朝官吏的短视，但这枚苦果，却是林丹汗自己种下的。用鲜血换来的西部根据地，没有经过一场像样的战斗，便全部失去，克什克腾部也投降了后金。林丹汗的主力无存，倒是新归附的鄂尔多斯部和他一起进入了千里瀚海的毛乌素沙漠。在那不毛之地，林丹汗将度过他生命的最后两年。
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