柠檬的抗病虫害能力很强，尤其在北方栽培，气候干燥，病虫害更少。病虫害以预防为主，在栽培管理上要注意清洁卫生。叶面上有尘土要喷水洗净，通风透光也很重要。
病害：
主要有炭疽病、疮痂病、流胶病、脚腐病、黄斑病、褐斑病等。主要防治法是：加强栽培管理，注意排灌，增施有机肥，及时间伐和修剪，避免果园郁闭。炭疽病和褐斑病通常采用多菌灵、45%咪鲜胺、80%代森锌、34%多抗霉素等进行防治，疮痂病、脚腐病一类通常采用是先削去病部，再喷施2%春雷霉素或50%多菌灵进行防治。
虫害：主要有螨类、花蕾蛆、蚧壳虫类、粉虱类、潜叶蛾。
螨类：①人工投放捕食螨，果园间种霍香蓟等。②药剂采用虱螨脲、5%啶虫脒、5%噻螨酮等进行杀虫。
花蕾蛆：根据病虫测报，成虫出土时进行地面喷药，是阻止花蕾蛆上树为害的最有效的办法，利用成虫刚出土时不立即飞翔，先在地面爬行的有利时机，或在现蕾（花蕾露白似绿豆大小），或花蕾刚现白，成虫快羽化出土时喷药。每亩可选用10%高效氯氟氰菊酯、5%阿维菌素等进行杀虫。
蚧壳虫类：在若虫孵化期，施药2-3次，采用毒死蜱进行杀虫。
粉虱类：结合冬季修剪，剪除密弱枝和萌蔽枝及虫枝，改善通风透光条件。减少越冬虫口基数。在1-2龄若虫盛期进行药剂防治，药剂采用虱螨脲、吡虫啉等。保护利用天敌，粉虱类害虫天敌种类有寄生菌、寄生蜂和捕食性天敌等，在防治病虫害时注意选择对有益生物伤害较小的药剂。
潜叶蛾：抽发不整齐的夏梢，集中放梢，以减少虫口基数。药剂采用5%甲维盐阿维菌素苯甲酸盐或5%高氯·甲维盐进行杀虫。
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