喀喇汗王朝地图
公元1004年，喀喇汗王朝正式灭了于阗国，和田地区尽归喀喇汗王朝所辖。之后喀喇汗王朝发动了对同族兄弟高昌回鹘的数次圣战，高昌回鹘此时拥有强大国力，与中国北方霸主辽国关系很友好，曾经于913年向辽朝入贡，924年辽太祖西征，高昌回鹘成为辽的属邦，同时也称臣于宋王朝，辽圣宗在北庭修筑了可敦城，也就是现在的新疆昌吉州吉木萨尔县驻扎重兵以制约羁绊高昌回鹘，实际上高昌回鹘与宋、辽只是形式上的臣属关系，类似于附属国与宗主国的关系，面对喀喇汗王朝伊斯兰圣战军队的入侵，高昌回鹘积极组织武力抵抗的同时又求助于辽国支持，在辽国默许下，有三万帐（也有说三十万帐）游牧部落主要是契丹人还有没有伊斯兰化的突厥人，从蒙古高原来到高昌与喀喇汗王朝的边境，与高昌回鹘的军队夹击喀喇汗王朝，当时喀喇汗王朝的阿赫马德·拖干汗率领军队击溃了这些游牧部落的侵袭，并把这些游牧部落牵制在了阿力麻里（现在新疆伊犁地区）、叶密立等地的草原。
经过几次和高昌回鹘的战争，喀喇汗王朝和高昌回鹘谁也灭不了谁，喀喇汗王朝占据了高昌回鹘部分西部国土，把边界推进到了现在阿克苏地区的库车一带，喀喇汗王朝也达到了顶峰，此时的王朝犹如中亚帝国，与辽国不相上下，疆域东起库车，西至咸海附近，南邻阿姆河、喷赤河、喀喇昆仑山与昆仑山脉，北抵巴尔喀什湖、伊犁河河谷（现在中国只占有整个伊犁河谷的不到五分之二）与七河流域的草原，东南直达罗布泊沙漠地带，其疆域在国内，包括了今天新疆整个南疆和北疆的伊犁地区，在国外，囊括哈萨克斯坦共和国、乌兹别克斯坦共和国、吉尔吉斯斯坦共和国、塔吉克斯坦共和国。
随后新疆进入了短暂的和平时期，喀喇汗王朝和高昌回鹘经济文化都获得了较大的发展。喀喇汗王朝在七河流域与伊犁河河谷兴建了大批新兴城市，大批突厥语民族由游牧转入定居。
中国古代阿尔泰语系的民族习惯采取“双王制”的政治体制，把汗国分为两部分，老大担任大可汗，老二担任副可汗，分别统治汗国的一部分。
喀喇汗王朝成为中国境内第一个接受伊斯兰教的突厥语民族建立的王朝。
同时，王朝的历代可汗在称号中大多都附加"喀喇汗" 这一表示维护传统的显赫尊号，后世的史学家才特别地称其为"喀喇汗王朝"，此外，王朝大汗的头衔中又往往附加一个称号--""桃花石汗"，其明确含义即为"中国君王"。
汗位的继承，是传长制，不是嫡承制。大可汗称为阿尔斯兰喀喇可汗，驻巴拉沙衮(今吉尔吉斯斯坦共和国托克马克东)，以后随着王朝统治民族定居农业文化的发展，多驻喀什噶尔。副可汗称博格拉喀喇可汗，开始驻怛逻斯(今哈萨克斯坦共和国塔拉斯)，中间迁到喀什噶尔，后又迁回怛逻斯，公元999年喀喇汗王朝灭了萨曼王朝后，撒马尔罕(今乌兹别克斯坦撒马尔罕)、布哈拉(今塔吉克斯坦布哈拉)成为汗国新的政治、经济中心
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