說起少林寺，人們第一反應是河南登封嵩山少林寺。作為漢傳佛教的禪宗祖庭，少林寺號稱“天下第一名剎”，更有 “天下功夫出少林，少林功夫甲天下”之說。至於南少林寺，由來比較複雜。一百多年前辛亥革命時期的革命黨人陶成章在他的《教會源流考》，以及一本清末以來在廣大習武者中產生極大影響的《少林拳術秘訣》中都記載，當時國內有兩座少林，其中一座在福建。但這兩本書都沒有說另一少林寺具本在什麼地方。
直到1984年到1996年的10多年中，福建的泉州、莆田、福清等地，紛紛通過媒體，聲稱找到了傳聞中的南少林。南少林一度成為社會關注的文化熱點。如今，所謂南少林寺，是相對地處中原的河南省登封市中嶽嵩山少林寺而言的，就是地處中國東南邊陲的福建省福清少林寺、泉州少林寺、莆田少林寺等三個寺院的合稱。
福清少林寺始建於唐代，毀於戰亂。1993年，在福清市東張鎮少林自然村，找到了少林寺遺址。後又出土大量珍貴文物，諸如遺址中發現"少林院"、"少林"等石刻銘文，以及石橋、和尚墓塔等上千件文物，使少林寺遺址得到科學的驗證。
福清發現的少林寺遺址，史冊記載之多，遺址規模之宏偉，遺蹟結構之完整，遺物分佈之廣泛豐富，以及所顯示的文化內涵與河南嵩山少林寺之相似，在福建都是僅見的。無論在史證和物證兩方面，福清南少林寺是與史籍記載相符的福建少林寺(史稱南少林寺)。
福建泉州東禪少林寺，又名鎮國東禪寺，俗稱南少林，相傳為唐初嵩山少林寺武僧智空入閩所建，一向為我國南禪及南少林武術之中心，聲名遠播。現位於東嶽山腳下，在挖出了大量唐宋時期南少林寺的建築構件之後，位於南安石井鎮埭頭村的顏崗寺又發現了一處"南少林五祖"之一的墓塔。之後又陸續出土一批唐宋時期珍貴文物。但所有這些的證據無直接記載"少林寺"的字樣。不過，該寺對我國的宗教與佛教的發展起了不可磨滅的貢獻。
莆田市少林寺位於西天尾鎮九蓮山麓。1986年，從出土的石槽、石柱等"諸羅漢浴煎茶散" "林泉院"、"寺山界"等字樣，推測此遺址可能是南少林寺遺址。1992年4月25日，莆田市在北京人民大會堂舉行新聞發佈會，正式向外界宣佈發現南少林寺遺址，中國佛教會理事、嵩山少林寺第29代方丈德禪大師出席新聞發佈會，暫定了林泉院即南少林寺。現在莆田南少林寺已初具規模。但所有文物並無記載"少林寺"字樣，還是不能服眾。
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