说起少林寺，人们第一反应是河南登封嵩山少林寺。作为汉传佛教的禅宗祖庭，少林寺号称“天下第一名刹”，更有 “天下功夫出少林，少林功夫甲天下”之说。至于南少林寺，由来比较复杂。一百多年前辛亥革命时期的革命党人陶成章在他的《教会源流考》，以及一本清末以来在广大习武者中产生极大影响的《少林拳术秘诀》中都记载，当时国内有两座少林，其中一座在福建。但这两本书都没有说另一少林寺具本在什么地方。
直到1984年到1996年的10多年中，福建的泉州、莆田、福清等地，纷纷通过媒体，声称找到了传闻中的南少林。南少林一度成为社会关注的文化热点。如今，所谓南少林寺，是相对地处中原的河南省登封市中岳嵩山少林寺而言的，就是地处中国东南边陲的福建省福清少林寺、泉州少林寺、莆田少林寺等三个寺院的合称。
福清少林寺始建于唐代，毁于战乱。1993年，在福清市东张镇少林自然村，找到了少林寺遗址。后又出土大量珍贵文物，诸如遗址中发现"少林院"、"少林"等石刻铭文，以及石桥、和尚墓塔等上千件文物，使少林寺遗址得到科学的验证。
福清发现的少林寺遗址，史册记载之多，遗址规模之宏伟，遗迹结构之完整，遗物分布之广泛丰富，以及所显示的文化内涵与河南嵩山少林寺之相似，在福建都是仅见的。无论在史证和物证两方面，福清南少林寺是与史籍记载相符的福建少林寺(史称南少林寺)。
福建泉州东禅少林寺，又名镇国东禅寺，俗称南少林，相传为唐初嵩山少林寺武僧智空入闽所建，一向为我国南禅及南少林武术之中心，声名远播。现位于东岳山脚下，在挖出了大量唐宋时期南少林寺的建筑构件之后，位于南安石井镇埭头村的颜岗寺又发现了一处"南少林五祖"之一的墓塔。之后又陆续出土一批唐宋时期珍贵文物。但所有这些的证据无直接记载"少林寺"的字样。不过，该寺对我国的宗教与佛教的发展起了不可磨灭的贡献。
莆田市少林寺位于西天尾镇九莲山麓。1986年，从出土的石槽、石柱等"诸罗汉浴煎茶散" "林泉院"、"寺山界"等字样，推测此遗址可能是南少林寺遗址。1992年4月25日，莆田市在北京人民大会堂举行新闻发布会，正式向外界宣布发现南少林寺遗址，中国佛教会理事、嵩山少林寺第29代方丈德禅大师出席新闻发布会，暂定了林泉院即南少林寺。现在莆田南少林寺已初具规模。但所有文物并无记载"少林寺"字样，还是不能服众。
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