在大家都知道的那个星球上整张了亿万年之后，汽车人和霸天虎分别演化为巨无霸和原始兽。一位与霸天虎领袖同名的原始兽将军——威震天和他的5位小跟班悄悄的顺走了可以扫描能源所在地的金盘，并驾驶飞船（黑暗星舰）追随金盘上的信息，威震天希望有足够的能量能使原始兽称霸宇宙，以擎天圣为首的巨无霸科学探索小队接到命令进行拦截。威震天强行进行超时空跳跃，双方坠落在史前位置的地球。双方都探测到了这个星球拥有很强的原生能量，但这种能量对他们有害。这个星球的能量也导致了威震天的野心进一步膨胀，为了安全和生存，以擎天圣为首的巨无霸小队展开了反击。
后来，一些奇异的情况被发现，外星人抓住了擎天圣，沃克人通过扫描看到了未来发生的事，心生恐惧决定摧毁这里。两个月亮之一开变形，原来这是外星人的终极武器。擎天圣决定去炸毁外星人的量子武器，却中了狼蛛和威震天的计，从而导致了一场量子风暴。再往后，犀牛、将擎天圣的火种拉回，使擎天圣得以复活并成为了金属变体。
外星人消失了，人类帮助汽车人打败了霸天虎，而原始人类会在某个山谷中出现，生活在峡谷中的原始人就是人类的祖先。为了改变历史（未来），威震天决定消灭这些原始人，如果成功就没有后来的人类了!但是恐龙勇士够哥们，原始人逃跑一溜烟了。
惊讶的事情一个接着一个，方舟（the Ark）被发现了。大家都很确定这就是史前地球，可是汽车人还在方舟里睡大觉呼呼呢。威震天消灭了擎天柱的头部，引起了超级时空风暴，希望把历史重新写一遍。但擎天柱的小弟犀牛和黄豹修复了他，历史终究还是那个历史。
双方斗争越来越激烈了，霸王龙在海底发现了霸天虎经过伪装的战舰报应号，就像把它消灭。就在这关键的时刻，巨无霸犀牛和汽车人的救生飞船撞毁了报应号。、飞船再次发射了，上面有超时空飞行器，巨无霸们终于可以回家找妈了。而霸王龙就被死死绑在飞船的下面，巨无霸们带他回去原来的星球赛博坦……
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