1853年春夏之際，太平軍北伐部隊從揚州出發一路北上，10月到達天津，從此戰鬥情形如同人陷入泥潭，根本沒有辦法甩脫清軍。
1854年2月，北伐軍聽說洪秀全已經派出援軍，於是南撤迎接援軍, 3月到達阜城，結果援軍在距離阜城200多里的地方几乎全軍覆沒。5月初，林鳳祥、李開芳帶著剩餘的士兵們突圍到連鎮，這個時候才聽說援軍的情況，於是經過商議後，北伐軍分成兩部分，一部分由林鳳祥帶領留守連鎮，另一部分則跟隨李開芳分兵南下尋找生機。
1855年3月，連鎮被破，林鳳祥被押往北京菜市口凌遲處死。這個時候的李開芳正困守連鎮，儘管他帶領著殘兵擊退了清軍的無數次進攻，但人終究不是鐵打的，士兵們早已疲憊不堪。當聽說林鳳祥已經全軍覆沒的時候，李開芳果斷決定放棄高唐州，不再做困獸之鬥而是繼續南撤。
南撤四五十里後到達茌平縣馮官屯。馮官屯只是一個民眾集中居住的集鎮，有500多戶人家，分前後寨，有殘存的舊寨牆，牆外還有濠溝，多少有一點像城的感覺，正是緣於此，太平軍也有了可以佈防的基礎。
太平軍到馮官屯還沒有安頓好，便被僧格林沁的騎兵一頓衝殺，李開芳帶兵抵抗。這一次的接觸，李開芳損失兩百人（手中只剩下三百人左右），清軍也是有損失的，兩個副都統銜的高層、一個頭等侍衛、兩個吉林旗營低級兵官陣亡，此外還有士兵死亡三十多，受傷一百多人，這樣的情況讓僧格林沁放棄了直接衝殺進入馮官屯、蕩平太平軍的的念頭。
李開芳有了喘息的機會，他抓緊時間佈防，“村內掘挖土濠，盤旋紆繞三匝，可以由地下通行，即在溝內挖窖潛藏,以避炮火”，“賊先用木器周圍堵住,內掘陷坑，排列槍炮，守禦極嚴。屯內半系豪富，高樓大廈，外匝磚牆，十分堅固。賊登樓眺望，見我兵近前，即開槍炮，勢難驟進”。
僧格林沁錯失最開始的機會後，不得不加緊圍困馮官屯，偶爾發起的進攻都被太平軍打了回來。當然，李開芳的目的是南下，而不是困守馮官屯，他多次帶著士兵們殺出，卻均被清軍攔截，只能繼續守住馮官屯。
正在僧格林沁頭痛的時候，有幕僚給他出了一計——引水灌城。在僧王的命令下，軍民一起挖溝渠引到馮官屯，用水車向太平軍修葺的圍牆內倒灌，晝夜不息，將濠溝灌滿，並溢漫全村，太平軍只能在水中行走，他們挖了準備突圍所用的地道也因為被水淹而全部坍塌，李開芳再無辦法，只能選擇投降。
1855年5月31日，李開芳帶著剩餘的八十八人出降，當然，僧格林沁沒有給他光鮮的投降，而是在他們剛出馮官屯就讓人將太平軍全部抓了起來，李開芳則被帶入中軍營帳，“開芳與二童仰面四顧，毫無懼色，但云罪能寬貸，願說金陵夥黨來降。並求賜飯,遂開懷大嚼，說笑如常”。
同年6月11日，李開芳在北京被處死，死前他仍不失豪氣，一腳踹死了劊子手後被亂槍刺倒後才被凌遲處死。
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