由於聲稱“有權仲裁南海爭端”，海牙仲裁法院的名字頻頻被國內外傳媒提及。不斷有人爭論該法院是否真如它所言“有權”，也不斷有人將它和海牙國際法院混為一談。
其實海牙仲裁法院的法定漢語名稱，是“常設仲裁法院”（PCA），是歷史悠久的國際仲裁機構。
1899年5月18 日，俗稱“萬國和平會議”的海牙和平會議在荷蘭海牙召開，這次持續兩個半月的和平會議有26國參加，初衷是試圖限制現代科技在戰爭中的使用，以減少爆發大戰的風險和戰爭的殘酷性，會議通過了一些在今天看來迂闊可笑、完全不具備任何操作性的“共識”，包括在海戰中採用1864年日內瓦公約中規定的守則，不得在戰爭中使用氣球炸彈和炸藥等等，“共識”墨跡未乾就因“造艦競賽”的興起和世界多個熱點戰雲密佈而流於一紙空文。
但“萬國和平會議”仍然取得了一些成果，包括首次明確規定“和平解決國際爭端”的原則，海戰、陸戰和戰時海關管理等方面的規則，以及設立常設仲裁法院以受理爭端雙方的仲裁申請等，最後一項的初衷，也仍然是力圖藉此避免爭端國之間訴諸武力、而非謀求通過和平手段解決問題。所有這些成果和“共識”，形成了一份當年 7月29日簽署、翌年9月4日生效的《海牙公約》。
然而常設仲裁法院的建立並非一帆風順：由於各國各懷心思，所謂“共識”其實基礎脆弱，當年風靡西歐的法國海報藝術家歐仁.奧熱（Eugène Ogé ）曾公開創作海報，譏諷常設仲裁法院是雜亂無章、效率低下、私相授受的黑市。1906年，法國和德國為爭奪北非摩洛哥弄得劍拔弩張，被部分國家寄託厚望的常設仲裁法院徒呼奈何，最終仍然只能靠第三方大國介入的傳統手段（1906年《阿爾赫西拉斯會議》，美國介入調停促使法德勉強妥協），事後常設仲裁法院備受嘲諷，幾乎有流產之虞。
好在一年後第二屆“萬國和平會議”又在海牙召開，儘管由於各國尤其列強矛盾加劇，這屆會議被公認是“失敗的一屆”，但會議仍然促使《海牙公約》進一步完善，原本由4部分正文、3 個附件組成的舊約，被由13部分正文組成的新約所替代，其中倒數第二部分就是“創建常設仲裁法院”。
條約1907年10月18日簽署，1910年1 月26日生效，1913年常設仲裁法院有了固定的院址——由美國卡內基基金會援建的“和平宮”（Vredespaleis）。但事實上在二戰結束前常設仲裁法院幾乎門可羅雀。
二戰結束後成立了聯合國，1946年2月，根據聯合國《國際法院規約》，成立了國際法院（ ICJ），該法院不僅都在海牙，且同樣位於“和平宮”內，令許多人因此將二者混淆。
事實上兩個法院的功能大相徑庭。
ICJ是聯合國下屬六大機構之一，是具有明確權限的國際民事法院，其仲裁是具有法律約束力的，並可向聯合國及其專門機構提供法律方面的諮詢意見；而PCA的權限卻是相對含糊的，並非通常意義上的法庭，只能在爭端當事雙方的要求下才能介入爭端的調查、仲裁和調解，且究竟適用國際公法或私法也一直是爭議不絕的一件事。
常設仲裁法院的組織架構、規則是仿照聯合國國際貿易法委員會（CNUDCI）的體制建立的，因此更像一個商務仲裁機構，而不像一個法庭。法院機構看似龐大實則“虛胖”，PCA日常事務由“國際局”負責，每個締約國可最多推舉4人進入PCA法學家名冊，由於截止目前批准兩海牙公約關於PCA條款的國家已達115個，因此法學家名冊最多可達 460人（實際遠沒有這麼多），這些法學家並無固定任期，一旦有國家或實體申請仲裁，當時雙方可以從法學家名冊中挑選成員組成仲裁庭，並在仲裁開始前商定各種規則，如工作語言（法定工作語言為英語、法語，但規定雙方一致同意時可採用任何語言）、適用法律等，仲裁過程不公開，結果則由當事方自行選擇公開與否。
常設仲裁法院每年會召開一次年會，但年會地點卻不在海牙，而是在美國紐約莫胡克山莊。
由於必須遵循“雙方共同委託”的大前提，因此PCA即便在戰後“業務”也並不繁忙，成功仲裁且為雙方接受的事例寥寥無幾，比較著名的仲裁事例，包括 1984年就美國-加拿大緬因灣專屬經濟區/大陸架爭端所作仲裁（仲裁結果即“海牙線”被雙方認可並因此生效），2002年4月就非洲埃塞俄比亞-厄立特里亞邊界爭端所作仲裁（仲裁結果被埃塞俄比亞接受，但為厄立特里亞拒絕，因此未能生效），以及2014年 11月就馬來西亞-新加坡土地發展非爭端所作仲裁（這項仲裁的效力仍待觀察），等等。
中國分別在1904年11月21日和1910年 1月26日簽署了兩份《海牙公約》，是兩屆海牙和平會議的參加國，也是PCA的創始會員國，但中華人民共和國直到1993年7月15日才致函PCA秘書長宣佈恢復在 PCA的活動，同年10月24日才正式承認《海牙公約》，此後中國一直指派滿額（4名）法學家出任PCA法學家名單中的候選仲裁員。PCA2015年宣稱“有權仲裁”，當是指中國和菲律賓都是PCA 成員而言。
但嚴格來說PCA的上述表態是不準確的：如前所述，PCA的仲裁必須建立在爭端雙方一致同意將爭端提交PCA的前提上，一應仲裁規則（誰出任仲裁員，適用什麼法律，如何執行仲裁結果等）也要由當事雙方共同決定，菲律賓的申訴以中國為爭端對象，而中國拒絕將爭端提交PCA，從PCA原則上，仲裁是不應該發生的——當然， PCA表態並沒有說“仲裁結果必須有效”，倘若那樣說就更“離題萬里”了。
值得一提的是，不僅媒體、公眾，許多政治家似乎也混淆了PCA和ICJ的概念，如今年2月16日美國總統奧巴馬在談及這場“官司”時表示“應遵守聯合國的仲裁”，而如前所述，“聯合國的仲裁”只能由 ICJ而非PCA來作出，歷史比聯合國長近半個世紀的PCA，是根本不具備這樣的權威的，也只有ICJ的仲裁結果才具備“必須遵守”的約束力。
至於另一些評論家所議論的“仲裁結果對當事個人的制裁效力”，“跑題”就更遠了：不僅PCA，就連ICJ都沒有這樣的制裁權力（ ICJ的仲裁權限僅限於對國家或實體，既無刑事管轄權也無對個人的審判權），這些評論家是將PCA和另一個同樣設在海牙的國際司法機構——海牙國際刑事法院（ICC）搞混了。ICC是根據《羅馬規約》於2002年7月1日 成立的、對犯有滅絕種族罪、危害人類罪、戰爭罪、侵略罪個人進行起訴和審判的國際司法機構，其權限只限於審判個人，而無法審判國家。ICC雖有多達114個國家通過簽署《羅馬規約》的方式加入，但“五常”中就有3個國家未加入（美國、中國、俄羅斯）。一些國內評論家以“中國未加入”作為中國可以拒絕PCA仲裁的理由，恐怕就是把PCA和ICC 弄混了（中國是PCA創始會員國但從未加入過ICC）。如前所述，中國的確有理由拒絕承認PCA的仲裁權和仲裁結果，但理由並非“我們不是成員”。
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