孛兒只斤·鐵木真於1227年8月死於第二次攻打西夏的軍營之中，一代“戰神”的生命劃上了句號。早在西征前，成吉思汗的第三大斡耳朵的主人皇后也遂，就繼承人的問題問過成吉思汗，大汗身體如有不測，應該立誰為汗，好繼承你的事業，成吉思汗沒有因為也遂問這樣敏感的問題而發怒，而是平靜的回答了也遂的問題，表示這個問題應該解決了，隨後召開忽裡勒臺大會，宣佈第三子窩闊臺為自己位置的繼承人，這就引起了長子朮赤，和幼子拖雷的不滿，因為按照蒙古人的習俗，長大的兒子要分父親的土地，馬匹，等財物自己獨自生活，留下幼子和父親一塊生活，繼承父親的一切，這就是幼子守產製度。幼子拖雷按說他應該最有可能成為繼承人，而且拖雷深受父親喜愛，每次出征鐵木真都把拖雷帶在身邊，親切的稱他為自己的那可兒（夥伴），拖雷也勇敢善戰，屢立戰功，但是父親沒有選擇他。拖雷不選，下一個該是長子朮赤，但是朮赤有別的原因不可能繼承汗位，兄弟大吵一架，這就為以後的紛爭埋下了禍根。
成吉思汗死亡前夕，再一次把大家聚集在一起，明確了窩闊臺的繼承人地位，並且教育了自己的兒子要團結，舉了五子折箭的故事。四個兒子窩闊臺繼承汗位，其他三個兒子各自分得一片土地為自己的封地。窩闊臺要想順利登上汗位，光有成吉思汗的遺命是不行的，還要把宗室親貴，大將，萬戶，聚在一起召開忽裡勒臺大會，得到大家的推選才可以。忽裡勒臺大會兩年之後才召開，在這期間拖雷監國攝政 ，兩年之後拖雷的支持者朮赤死了，老二察合臺支持窩闊臺，拖雷就這樣不得不也推選窩闊臺為大汗。
窩闊臺成為可汗之後，由於拖雷掌握著蒙古帝國百分之八十的軍隊，他被窩闊臺視為眼中釘肉中刺，窩闊臺再也不像以前那樣寬厚，仁慈了。三年之後，在打敗金國的回軍的路上，他藉口生病，巫師為他乞求神靈，讓弟弟替他生病，把下了毒的符水讓拖雷喝下，窩闊臺病好了，拖雷幾天之後死了。九年之後，窩闊臺也死了，他的皇后乃馬真攝政五年，她籠絡大臣，對王室貴族大肆封賞，得到大家的擁護，忽裡勒臺大會推選她生的長子貴由為汗。貴由和朮赤長子拔都不合，兩年之後，以西巡為名準備進行西征討伐拔都，不幸走到橫相乙兒(今新疆青河東南)時，貴由也死了。
貴由死了之後，窩闊臺系的勢力大減，貴由皇后海迷失抱幼子失列門垂簾聽政，兩年之後召開忽裡勒臺大會，大家推選拖雷長子蒙哥為汗，從此汗位轉移到拖雷一系，貴由皇后海迷失被投入河中溺死。蒙哥成為大汗之後，1259年進攻南宋，在合州(今重慶合川區)釣魚城下被南宋軍隊直接射殺。蒙哥的突然死亡，繼承人又成了問題，他的弟弟忽必烈趕快回到燕京登基稱汗。他的另一個弟弟阿里不哥在哈拉和林成為大汗，一時間蒙古帝國有了兩個大汗，怎麼辦？只有開戰，五年之後阿里不哥被忽必烈打敗，不得不投降忽必烈，忽必烈改國號為元，建都北京，隨後即舉兵南下，直至1279年滅南宋。
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