金世宗大定十四年（西曆1174年）秋，丘、劉、譚、馬為王重陽守喪三年期滿，於陝西鄠縣秦渡鎮真武廟各言其志：馬鈺曰“鬥貧”，譚處端曰“鬥是”，劉處玄曰“鬥志”，丘處機曰“鬥閒”。言志畢，各依志向，分道行化。丘處機西入磻溪隱修。
磻溪六年，龍門七載
邱祖在陝修道生活
邱處機志在鬥閒，即是要以閒寂來磨鍊自己的心性。人之本性，喜群居雜處，相互交遊，獨處久之，則必生寂寞孤獨之心。
立志鬥閒，即是要與人的喜動厭靜、喜鬧厭閒的性情作鬥爭，從而戰勝自我，達到磨鍊心性的目的，表明了邱處機欲無為應緣、優遊恬惔、安閒度歲，即在閒寂中磨鍊心性的志趣。其曾有《答虢縣猛安鎮國》詩云：“
酷愛無人境，高飛出鳥籠。
吟詩閒度日，觀化靜臨風。
杖策南山北，酣歌西坂東。
紅塵多少事，不到白雲中。
在秦渡鎮與馬鈺、譚處端和劉處玄分手之後，邱處機西遊鳳翔、虢州，被秦川的秀麗景色所打動，他認為，秦川風景秀麗，人傑地靈，為修道的最佳場所，遂隱修於陝西寶雞之磻溪。
儘管磻溪的風景異常秀麗，但邱處機在磻溪仍然過著十分艱苦的生活。“煙火俱無，簞瓢不置，逐時村巷求食，”這即是他對其當時生活境況的描述。
若在嚴冬苦寒難耐之時，“凍手頻呵仍自恨，濁骨凡胎為劣。”這樣艱苦的生活，非常人所能忍受，但為了實現“全真而仙”的理想，邱處機卻能安貧樂道，心安理得。
在磻溪的六年中，邱處機不管春夏秋冬，常披一蓑衣，人稱“蓑衣先生”，以堅強的意志與超人的毅力，與困苦生活進行著鬥爭，磨鍊與塑造著自己堅忍不拔的品格。
生活的艱苦，並不是邱處機修道的最大敵人，其最大的敵人乃是寂寞與孤獨。在磻溪隱修期間，他經常與道友、文人相往來，並非過著完全與世隔絕的生活，但即使如此，長達六年的苦修生活，也確實令其難以忍受，但他還是堅持了下來。
大定十八年（西曆1178年），馬鈺自終南劉蔣出環，往隴州行化，邱處機在磻溪聞之，於是與馬鈺相會於隴州。邱處機被龍門的景緻所吸引，於是兩年以後，他自磻溪遷往隴州龍門山隱修，過起真正的隱修生活。
邱處機在龍門的七年中，仍以苦修為主。但這七年並非僅僅是“磻溪潛修生活的延長”，而是磻溪隱修生活的進一步提升。
“三苦”早就道業
1
苦行
苦行是全真道不同於傳統道教而卻類似於佛教的地方，王重陽在創立全真道之初，本著三教合一的原則，把苦行引入全真道的修道生活。
全真七子謹尊師命，在早期的修道生活中都奉行苦行原則：馬鈺誓不著履、譚處端受辱泰然、王處一臨涯獨立、郝大通六年不語，即是他們苦行的表現。
邱處機自然也繼承了師父的思想，把苦行作為自己“煉性”的一種主要方式，他主張“去聲色，以清靜為娛；屏滋味，以恬淡為美。”在磻溪六年、龍門七年的修道生活中，都有奉行苦行原則。
2
苦學
邱處機在拜師王重陽之前，“未嘗讀書”，但在全真七子之中，邱處機的文才卻是最好的，其詩“清真平淡，多可諷頌”。
《道藏提要》稱讚：“其登臨攬勝，謳歌山川，苦旱喜雨，警世愍物，有如仁人志士；其贈答應酬，隨機施教，除頑釋蔽，論道明心，儼然一代宗師；其居山觀海，呤月贊松，流連風景，則似隱士文人。”
在磻溪的六年中，邱處機不斷與當地道友、士人相往來，主要以參學與借書為主，其《虢縣銀張五秀才處借書》詩言：“
盛族文章舊得名，芝蘭玉樹滿階庭。
光輝代代生豪傑，講論時時聚德星。
顧我微才弘道晚，知君博學貫心靈。
嘲吟不用多披覽，續借閒書混杳冥。
六年的苦讀，使邱處機從一個未嘗讀書的人變成了“動容無不妙，出語總成真”的飽學之士。
3
苦修
在磻溪、龍門的十三年，不僅是邱處機博覽群書、文學奠基的時期，而且也是其道業大成的時期。邱處機曾自稱：“我福薄下志十八九年，到通天徹地處，聖賢方是與些小光明。”
自大定七年（西曆1167年）九月邱處機於寧海全真庵拜師王重陽始，至大定二十六年（西曆1186年）冬京兆統軍夾谷公禮請其回終南山祖庭，其間正好是十九年，恰合於其十八九年方始得道的說法。因此，《玄風慶會圖說文》稱邱處機於龍門了道，確實不虛。
邱處機之所以於龍門道業大成，這與他在磻溪、龍門的十三年苦修是分不開的。修道生活，可以用一個“苦”字來概括，經過十三年的苦行、苦學與苦修，邱處機不僅聲名遠播，而且道業大成，這一切都為其以後的弘道打下了堅實的基礎。
丘處機晚年之所以能夠以七十四歲高齡，遠涉幾萬裡，覲見成吉思汗於雪山之陽，並以其從容的應對與真誠的回答，使成吉思汗言聽計從，這與其在磻溪、龍門的苦修是分不開的。
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