奥义奇谈
人是有意识的，所以会思考，就像题主能思考并提出这道题目，而手边的手机，电脑还不会自己提出这样的问题。
对于生命体和非生命体来讲，这些物质都是由原子以及电子等基本粒子组成，但生命体就有一定的意识。从非生命物质具有的反应特性到低等生物的刺激性感应，在到高等生物的感受和思考。再到万物之灵人类的意识和灵魂，这些都是长期演化而来的。
但意识究竟来源于哪里，还一直是个谜，也有着不同的学说和理论。在量子物理一些诠释中，意识也被视为是影响结果的一种来源，例如典型的观察者效应，对于微观现象的观察会对测量结果造成影响，连爱因斯坦也无法接受，难道月亮只在我们看它的时候才存在。还像薛定谔假想的对玻尔等的讽刺实验-薛定谔的猫那样，观察直接决定了猫的生死状态。
后来的一些物理学家例如彭罗斯等也提出意识和量子力学有某种联系。当然这些只是个人的假说，主流的科学家大多对大脑中存在量子效应都保持质疑的态度。
量子实验室
你陷入了机械唯物论的怪圈了。当然你这个问题是很有水平的，这涉及到我们认识论上缺少的一个训练，那就是：衍生论。
世界上所有的东西都是原子构成的，类似你提出的问题可以提很多，比如铁原子与硅原子是不能做计算的，为什么它们做成的电脑（计算机）能看电影玩游戏呢？
人确实也是由原子构成的，这种说法是典型的“还原论”，我们除了要有“还原论”的思维，还要有“衍生论”的思维，所谓“衍生论”其实是基于统计物理与固体物理学，这个观点认为多原子的相互作用能衍生出新的物理规律。比如单个原子不可能是超导体，但一桶水银在低温下就可以有超导性，而且这个超导的物理规律是衍生出来的——不是那种基本规律。人的思维与超导现象其实也是一样的，人的神经网络有大量的原子构成，这些原子的相互作用衍生出一种现象，这种现象就是思维现象。所以，在衍生论种，一切现象都是多体原子的相互作用激发出来的。
潇轩
有种东西叫场，电磁场，力场，能量场，气场；但是，万物都是由更本源的磁引力场构成——故名思义，就是产生引力和磁力的本源场；太极图就是这两种立体球形场在平面的投影。人的灵魂是种特殊的场，佛家叫心；道家叫元神；西方心理学叫潜意识等等。但近代有位高人集各家精华称之为意元体，即意识产生的本体，就是灵魂，思想，由肉身提供能量。
再回首己百年身
原子没有意识，可是由原子组成的人却有意识。听起来就让人觉得不可思议，一堆物质就这么排列组合一下就会思考了？这是很多人的疑问，很多人也因此认为人会思考主要是有灵魂存在。
我们都知道，生命最基本的单位是细胞，细胞往下是亚细胞器，然后是分子、原子。由原子分子组成的亚细胞器和细胞，都没有意识，但是它们去可以做出反应。特别是细胞，它就像一个复杂的电脑一样，可以应对各种刺激，做出各种反应，有序地产生各种生命物质。比如我们的免疫细胞，它虽然没有意识但是却可以自动地所搜外来有害物质并消灭掉，而控制细胞如此做的就是细胞内各种分子机制。
既然细胞可以对外部环境做出相应，那么由上百万脑细胞组成的大脑能够产生意识就显得理所应当了。就像人工智能一样，通过各种逻辑门就可以实现简单的思维反应，甚至谷歌研制的人工智能机器人AlphaGo已经打败了多数世界围棋冠军。而人的意识，则是以细胞为基本单元，并通过它们之间的逻辑配合产生的，并不是由单独的灵魂存在。
假如有一天人类可以穿造一个完全具有思考能力、自主意识的机器人，那就是完全证明灵魂不存在的时候。
科学探秘频道
不论所有的物质，如果细分到微观层次，都会来到这个原子层面上。简而言之，万事万物都是由不同的原子构成。原子与原子之间也是不同的，元素周期表上有着众多的不同的原子。
为什么单个原子没有什么特别，但一堆原子组合起来，就可以产生思维意识呢？原因其实很简单，就是足够复杂。不同且多种多样的原子以很复杂的形式排列起来，然后相互作用，就产生了复杂的思维意识。
就像人的神经网络一样，亿万个神经细胞，生物电信号、化学信号来回传递，不同的结构承担着不同的功能。
从另一个角度想，如果连单个原子都会思考，那么就不会组成其它事物了。因为每个原子都可成为独立的意识体，怎么会“心甘情愿”的与别的原子组合在一起，产生另一个独立的意识体呢？
原子排列的方式足够复杂，才更有机会诞生出意识，而石头、木头原子排列的方式相对的简单一些，所以没有思维意识。
一枚游戏科幻迷
说原子不会思考是愚昧的，得到医学心理学上的启发，发表一下个人的见解。
不单人是由原子组成的，动物，植物等等的物体都由原子或分子或光子组成（生物学我是外行）。
那么原子到底会不会思考呢？
我们的古人早就说了，万物皆有灵，原子是会思考的，要说明白有点难。只好打个比喻。
我现在在写文章，文字表面上是来自大脑，但是组成部分来自于原子，包括我们说话的时候，语言反应如此之快，这些都是原子的功劳。
天冷天热的时候，身体快速的反应，人生病哪儿不舒服等等，它都会快速的反应，这些都是原子的反应传输给大脑。
个人认为，原子是会思考的，只是不会说话而已。
现代人的大脑处于退化阶段了，人们已经被物质绑架，年轻人都像机器一样，除了工作就是游戏，已经没有时间去思考了。
不要做一个没有灵魂的人，那样比原子强不了多少。
人会思考是自然赋予我们的，同样也会赋予万物思考能力。
只是我们发现不了它们而已。
有待科学去发现它们。一旦科学可以求证了，将是医学上的重大突破。
黄帝内经里也有说，人的喜怒忧思恐来自于五脏。
玄学心灵导师春年
原子不会思考，原子组成的人能思考，还有一条，需要考虑，死掉的人不会再思考。
问题出来了，形成思考的第一条件是需要人活着，第二条件是由原子构成。
嗯，活着的原子堆才会思考，这样会导出所有活着的原子堆成的物体都能思考，例如植物，小动物，大动物。事实，确实有科学家研究发现植物也会有感情，这简单的可以认为是植物的思考，动物的思考就无需赘述了，连狗狗都会做的。
问题从而转为活着的原子堆与死着的原子堆有什么不同。是不是所有活着的原子堆都可能会有思考的能力。例如每天使用的手机，会不会就有独立思考的能力，而它没有表现出来，只是没有被激活。
活着的原子堆与死去的原子堆本质上有什么区别呢？这可能就与能量的分配流向有关了。
人体的器官结构可能对摄入的能量起到分
配导向作用，而且细胞中有DNA身体器官构建蓝图。这样就可以从两个细胞，慢慢调动能量组成一个有能量充盈的原子堆，即一个新的生命。
当支撑生命体的能量耗尽，或者分配控制能量流向的细胞或能量机构的遭到破坏，损坏，大脑部位能量耗尽，思考便会终止。大脑部具有逻辑推理的功能，它的功能分区，生物解剖学上有明确说明，身体的各个部位，器官的功能也不再赘述。
同样，人工智能的研发是基于能量控制的，其中的控制芯片，线路组成，能量电源都是人工智能的重要部分，缺一不可。
那么，现在需要搞明白的是能量是什么，能量有什么特性，就可以弄清楚人类的思考难题，这可能是下一个世纪性难题。
快乐剪影
生命的最本质研究，就是研究意识。
可以想见，意识的来源，一旦被研究出来，有可能会颠覆现有一切的认知，不仅唯物主义的科学会被颠覆，现有的唯心主义学说也将会被颠覆。
至于，主流学说关于意识是由非意识演化而来的结论，那完全是猜测和假说，不能叫结论 。因为你不能证明，或者说不能直接证明，只能旁证、间接证明。
为什么这么说呢？研究过心理学的人都知道，意识或者说心理为什么难以研究？因为意识和心理是主观现象，而科学研究观测的对象只能是客观现象。比如说一个人A吃了糖，感觉到是甜的，然后告诉另外一个人B，假如B从来没有吃过糖，不知道甜味，现在B虽然知道了糖是甜的，但是他如果不吃糖的话，永远感觉不到这种甜，接下来继续说，如果B也吃了这个糖，他就能真正的知道这种甜味，但是A知道的甜味和B知道的甜味是不是完全一样的呢，这是第三人无法了解，无法证明的。再比如，一个视力正常的人能看到赤橙黄绿青蓝紫，一个只能看到黑和白的人，他也有赤橙黄绿青蓝紫，只不过他的和你的不一样，色盲的赤橙黄绿青蓝紫是灰度的不同，但是他也有，那么我们也继续往下说，两个不是色盲，视力都正常的人都能看到红色，他们看到的是一样的红色吗，有没有区别呢，我们也无法验证。还比如说，A告诉B说我爱你，B知道了A爱自己，但B不是A，永远无法如临其境地体会A说的爱是什么意思。 “知道某个现象或事物”是客观，“自己知道某个现象或事物”是主观。主观不能代替客观，客观也不能代替主观。上述例子告诉我们，第三人称的测量永远也代替不了第一人称的感受，这就决定了，科学不可能成为研究意识的工具。
可是现实很尴尬：首先，
科学或者唯物主义，是站在客观立场上的，用客观的手段，研究客观的对象，测量客观的特征，得出客观的结论，从头到尾从里到外都是客观，所以我们说科学是研究客观世界的工具，不是研究主观世界的工具，甚至完全排斥主观世界，甚至认为主观世界也是客观世界的一种表现而已。那这意味着什么呢？这就意味着科学必须是站在第三人称的立场上看待事情研究问题，科学研究的所有事物，都必须是能够从第三者旁观者视角能被观测到的，并且能够将被观测到的事物信息准确地告知所有人，同时被告知者也能准确明白这个信息。比如说，一个人测量到现在室温是25度，那么他可以将这个温度值准确的向所有人告知，而别人也能够完全明白他的意思，不会有理解上的偏差。而意识或者心理，是完完全全的主观世界，只能从第一人称角度去体验到，不能完全准确地告知其他人，就算告知其他人，别人也不能完全准确的理解，这种第一人称的感觉体验是无法替代的，可以说是“孤独的” ，永远无法与人分享，只有自己心里知道，第三人称旁观者只能尽最大能力去体会。
一个第三人旁观者是永远无法代替第一人称的自我，而去体会、感觉和理解第一人称的内心真实世界，正所谓“纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行”。主观世界和客观世界是完完全全不同的两个世界，不能用主观世界的方法研究客观世界，也不能用客观世界的方法研究主观世界。
如果说是由原子构成的客观世界的物质结构演化产生了产生主观意识，那是非常可笑的，原子结构不可能决定内心感受。原子是客观事物，不可能产生主观世界，不可能进入主观世界，不可能产生“我知道”的自我意识。无论多复杂的客观世界物理化学反应都无法产生“我知道”的自我意识，因为这些现象都属于客观世界，都属于第三人称世界。
当然，主客观世界可以相互影响的，但是不可替代。 这就决定了，我们的意识虽然还不知道来自于哪里，但可以肯定不是来自于客观世界，也不是来自于原子。
最后再多说一点，如果说客观世界的最大极限是宇宙，那么可以说意识就是主观世界的宇宙；这两个宇宙的特征都是无限大。我想说，研究客观世界的宇宙难度有多大，那么研究主观世界的意识难度就有多大。宇宙无边，意识无际。一个人，不管混的好与坏，都可以怀有梦想，怀有主观世界的梦想，都可以在自己的意识世界中纵横驰骋，天马行空，意识是属于每一个人的小宇宙，而你就是这个宇宙之王！
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tshinogne
这个问题也是我最近思考的一个问题，生命的初动力到底来自哪里？举个栗子，一个生鸡蛋是有生命的，换一种说法就是活的，一旦你把生鸡蛋煮熟了之后它就死了，但是，这个过程非常有意思，蛋白质还是原来的蛋白质，它怎么就死了？这个过程到底能不能说成是化学变化呢？如果是，那它没有生成新的物质，如果不是，那它又是什么变化？好纠结！想来想去，只有一种解释，生鸡蛋中的蛋白质分子不是静止的，它们一直在动，注意，这里的动不仅仅是分子层面的动，还包括分子内部的动，这种动就是生命（有呼吸，有参与与外界物质和能量交换等等生命迹象），一旦这种动停止了，也就没有生命了，那么为什么煮熟之后的蛋白质就动不起来了呢？一旦人类有办法让这种状态下的蛋白质动起来，那是不是熟鸡蛋也能复活，又变回生鸡蛋呢？从这里，我们可以看出，人类对生命的理解目前还只停留在物质层面，而对于物质怎么产生生命还是知之甚少啊！好了，讲到这里，可以回答问题本身了，人是由原子组成的没有错，但这些原子组成一定的结构（大脑）之后，再在生命初动力的激活下，它就变成活的了，而这种活体（活的大脑）就会出现生命的现象之一——思考！至于这个过程是怎么发生的，恐怕还得再研究很多很多年！一旦这个密码破解了，也许人类就可以永生了！
有点意思20635214
发现全回答不到正点上，因为回答者都不懂编程，不能怪他们。我来回答吧。首先所有程序本质就是0和1的排列组合，而0和1本质代表开关和关。这个原理和人的大脑中的神经信息传递的原理是一致的，都是通过通过生物电的开关传播信息的。那么0和1不会思考，为什么能够有苹果手机里的siri?或者能够回答一些你的简单问题呢，比如你向电脑输入1+1等多少，他会告诉你是2。比如你搜百度今天天气，他会告诉你答案。要知道所有程序本质就只是0和1的排列组合而已，包括百度搜索也是0和1的组合。答案还是在0和1上，它代表开和关，无数个0和1组合就代表无数个开关组合，你向电脑输入1+1等多少的时候，等于你触发了一个开关组合，就像古代墓穴的机关一样，你推门就会触发向你射毒箭的开关，你跺脚就会触发放毒烟的开关。所以电脑会回答你问题，是因为你触发了0和1组合的开关。人会思考也是因为某个动力推动触发了脑部0和1组成的机关也就是开关。多想想我刚才说的墓穴机关你就明白为什么了。
