吴三桂甚至还得到了南明政权的赏识：福王朱由崧在南京建立弘光政权伊始，便遥封他为蓟国公，居然还派专使北上，携银犒军。
一时间吴三桂甚至还成了“纯忠极孝、报国复仇、裂土分藩”的“世间伟人”。而且当时清军已经可以从长城的很多其它入口入侵，并不是说吴三桂守住山海关，清军就不得其门而入了。而且当时腹背受敌的情况下，引清军入关已经是唯一的选择，当然，唯一的选择不一定是正确的选择。他真正应该被谴责的，不是引清军入关，而是在他引清军入关后的一系列行动。
清军入关后，各种政治势力的对比发生了急剧的变化，多尔衮又实行了高官厚禄收买的政策，亡明官僚纷纷归降清朝。吴三桂也放弃了早先挂在嘴边的拥立明太子的主张。尽管如此，吴三桂和清之间还是距离的。首先，吴三桂借兵，打的是“复君父之仇”的旗号。在清兵入关之初，这一旗号因有利于清联合明残余势力共同攻击李自成军，也一度为多尔衮所容许。但这一旗号实际上和清代明、建立对全国的统治的目标相矛盾。其次，吴三桂降清之初，仍与明残余势力保持着一定的联系，甚至表示对福王朱由崧“不忍一矢相加遗”。再次，吴三桂还拥有一支自己的部队。因此入关之初，清对其外示优宠，内存疑忌，政治上对其严加防范，军事上也只是利用他进攻李自成。1644年六月，吴三桂出山东，平定李自成余部，九月，又从阿济格西征李自成。1645年五月，李自成在九宫山战死，其势力很快就基本被消灭。八月，清朝廷将吴三桂从前线调回，出镇锦州。
十几年间，吴三桂率部从西北打到西南边陲，为清朝确立对全国的统治建立了特殊的功勋。因此，清朝对他也由原先的控制使用改为放手使用。不但让他独承方面之任，而且在一切军事活动中也任他便宜行事，用人，吏、兵二部不得阻挠，用财，户部不得拖延。同时，在职务上，也一再升迁。攻下云南后，即委其开藩设府，镇守云南，总管军民事务。1662年十一月，又以擒杀朱由榔的功劳，晋爵亲王，兼辖贵州。就这样，吴三桂以千百万抗清义军的头颅为垫脚石，使自己攀上了一生中权势的顶峰。吴三桂对新主子的拼命效忠，自然换来了高官厚禄，但是这是不是一个最好的方法呢？据野史记载，吴三桂曾向洪承畴求教如何保住自己的地位，洪承畴告诉他不可使南疆一日无事，实际上就是让他养寇自重。因为清朝廷对似乎是荒蛮之地的云贵并不了解，而朱由榔和李定国的实力已经不足以影响大局，留着他们还可以作为与朝廷讨价还价的筹码，但吴三桂并没有按照恩师的指点行事。更糟糕的是，他杀死朱由榔，把事情彻底做绝，使自己的“汉奸”恶名从此跳进黄河也洗不清，到了日后再次造反的时候根本无法争取到心向明朝的汉族士大夫和人民的支持，也算得上是作茧自缚吧。
地方行政大权同样也掌握在吴三桂手中。1663年，清朝廷已经规定云贵的总督和巡抚都要受吴三桂节制。云贵总督是在吴三桂同意的情况下，才于1666年二月驻在贵阳，而此时已经比其他地区一年迟了一年。他也掌握着云贵地方官员的调动和升迁大权，而且还可以任意调迁其它地区官员来云贵任职。由吴三桂选用的官员号称“西选”，而因为他可以跨省任用官员，西选官员一时遍天下，他的权力甚至已经凌驾吏、兵二部之上。四川道御史杨素蕴曾经上书向朝廷指出这种弊端，被吴三桂参了一本，朝廷不敢得罪吴，于是给杨一个降职处分，杨气得回家闭门不出十几年，直到吴三桂叛清才被重新起用。在经济上，吴三桂也是极尽搜刮之能事。他除了籍没故明沐天波庄田七百顷外（不难理解为什么鹿鼎记里沐王府的人那么恨他了），还大肆兼并土地。1667年，清朝廷为解决吴藩兵丁口粮问题，准许他在云南圈占土地，于是藩官藩兵开始肆无忌弹地侵占民田，使得大批自耕农沦为藩官藩兵的佃户。此外，他还垄断盐井、金铜矿山之利，垄断茶马互市和药材贸易，官卖各种土特产品，放高利贷，私自铸钱。为解决部下的粮饷，他还准许藩官以贩卖私盐来大发横财。
吴三桂凭借搜刮来的巨大财富笼络部下、豢养宾客、收买官员、士人。每位往云南上任的知县级以上官员，都要先到王府拜谒，而他都亲自接见，凡有才能者他都千方百计要罗致麾下，而且还要写卖身契。吴通过以官爵和金钱笼络、收买的方法得到了大批追随者。吴三桂维持庞大军事力量的薪俸和兵饷却都是由清朝廷负担的。1660年，户部的奏章表示，当时天下正规赋税收入为875万余两，而云南一省薪俸和兵饷就要900余万两，全国收入居然还不够一省支出，后来情况稍有改善，但三藩的开支大致也要占全国赋税收入的一半左右，成为清朝廷和天下百姓的沉重负担。除了吴三桂外，尚、耿二藩的情况也基本近似，不过比他稍逊而已。全国未统一之前，清朝廷需要吴三桂等三藩为其征战，全国平定之后，清政权必须在政治上实现对新占领地区的统治，在军事上裁减军队以减轻财政上的压力，这些都直接触犯了三藩的利益。而三藩位高权重，拥有军事、政治、经济等方面的特权，长期割据一方，与清朝廷分庭抗礼，也为社会带来了不稳定因素。清朝廷和三藩之间的矛盾因此愈加尖锐，在鳌拜等四顾命大臣执政时，清朝廷已经开始逐步削弱三藩的势力，而在清朝乃至中国历史上最有作为的皇帝之一清圣祖康熙帝玄烨成年并亲政后，解决问题的步子开始迈得越来越大了。
吴三桂弄假成真，自然是又气又慌。对于他，他荣华富贵的唯一支柱就是军队，如果没有了兵权，他就只能完全受朝廷的摆布，而史上无数兔死狗烹的例子使他无论如何不敢把自己的命运完全交到别人手上，而此时如果不顺从旨意撤藩，他就只有起兵造反一条路。起兵造反虽然不是稳操胜券，但是他对自己的用兵还是很有些自信的，而且云贵地区富饶，自己能得士卒死力，兵强将勇，党羽遍布各省，如贵州提督李本深、四川总兵吴之茂、陕西提督王辅臣等都是他的亲信。清朝廷方面则名将凋零，他也看不起年轻的玄烨。儿子吴应熊此时虽在北京，但他认为认为清朝廷会留下他以作为不利时和自己谈判的筹码，所以安全也没有问题。看起来起兵造反的胜算并不小，于是他就决定铤而走险。吴三桂首先多方挑动部下将士，他的部下切身利益和他完全一致，可说一荣俱荣，一损俱损，所以个个都表示支持。对于起兵的名义，他颇费了一番心思，谋士刘茂暇建议应该立明朝后裔，但是另一位谋士方光琛指出，吴三桂杀朱由榔的事天下皆知，借用复明的名义已经不可能了，应该自立名号。吴三桂采用了后者的建议，但是他知道必须利用满汉之分来激起部下的反清情绪。于是他借口撤藩前拜别故君，于十一月十八日率领部下将士穿戴明朝衣冠，聚于朱由榔的墓前，放声大哭，伏地不起，对部下大加煽动。
装模作样撤走前，他先在郊外举行阅兵。吴三桂披甲上马疾驰，连发三箭全部中靶。左右罗列着长枪、大剑、画戟、雕戈，每奔驰一圈他就拿起一件，舞得虎虎生风，以示自己宝刀不老，并鼓舞士气。十一月二十一日，吴三桂命令前队启程，自己率大军殿后，部将吴国柱突然率兵包围了巡抚官署，擒住巡抚朱国治并将他碎剐于市，提头去见吴三桂。吴三桂这时还在演戏，大哭说：“尔辈杀我！我三百口死不旋踵！即尔辈也比遭灭族之罪！”部将则群清汹涌，大喊：“反了！”于是吴三桂正式起兵造反，自号“周王天下都招讨兵马大元帅”，命令部下蓄发，改换衣冠，旗帜全用白色，步骑兵都用白毡为帽，派人到各地联络同党和旧部起事，写信给耿、尚二藩及台湾的郑经，约他们共同起兵。他还发了一道檄文，极力开脱自己引清兵入关的责任，说清廷入主中原是背叛盟约，乘势夺取政权，自己只是犯了错信清廷的错误，还谎称要奉不知在哪里的朱明三太子为帝。檄文虽然漏洞不少，可是在当时局面不稳定的情况下，响应的人还是不少。玄烨现在面临着他一生第一个重大考验。吴三桂对反叛蓄谋已久，因此反叛之初，吴军还是非常顺利的。云南是他的根据地，他起兵的消息一到，四处无不望风归降。驻守在贵阳的云贵总督甘文（火昆）见无法组织起抵抗，命令妻室七人自杀，然后自己率第四个儿子和十几个从人逃走，在途中被叛降吴三桂的军队包围，全部自尽。吴三桂兵不血刃夺取了贵州，接着进军湖南，1674年三月，占领湖南全境，前锋直抵湖北境内，兵锋极锐。福建耿精忠、广东尚之信二藩和吴三桂在各地的党羽如四川巡抚罗森、提督郑蛟麟、总兵谭弘、吴之茂，广西将军孙延龄，陕西提督王辅臣等也先后纷纷响应。一时之间，形势对吴三桂显得非常有利。
虽然在叛乱发动之初清军局势不利，但是，由于在政治上是讨逆平叛，经济上是以全国制一隅，时间不长，便扭转了军事上的失利局面，使得正面进攻的吴军，不能越长江一步，于是双方在战场上暂时出现了相持的局面。而吴三桂初起兵时虽然势盛，但却没有战略眼光。吴三桂本没有夺取天下之志，只是希望能够割据一方。他和他的部下都认为可以凭借兵势尽可能夺取土地，然后和清廷画地讲和，并要回自己在北京的儿子和孙子。他在控制云贵和湖南后，一方面希望可以通过和谈实现割据江南并要回子孙的目的，一方面也忌惮八旗骑兵在平原的威力，所以没有渡江。其实清军此时部署尚未完全就绪，如果叛军快速渡江，向北进军，可以对清廷形成极大的威胁。即使不渡江，选择下江陵，扼守长江，隔绝南北通道，或者进军巴蜀，取陕西，也可以巩固后方，起码形成一个较稳定的割据局面。但是叛军分兵江西、湖北各地，争夺一些战略价值不高的城镇，贻误了战机，给了清廷从容布置反击的时间。其次，由于此时清入关已经三十年，人民渴望稳定的生活，民族矛盾已经不怎么重要了。而吴三桂自己大肆屠杀抗清义军，甚至还杀了明小朝廷的皇帝，这时候说要“共举大明之文物”实在是自欺欺人。有气节的汉族知识分子乃至一般百姓都对其嗤之以鼻，耻与为伍。因而吴三桂发出的“反清复明”的号召并未产生什么重要影响。
1676年是双方军事形势发生重要转折的一年，清廷开始了战略反攻。在湖广战场上，清军将领安亲王岳乐师出湖南，连克萍乡、醴陵、浏阳等重要城镇，直逼省府长沙。在西北战场上，六月，图海迫降王辅臣。在东部战场上，康亲王杰书率师自浙入闽，连克重镇，十月，耿精忠被迫投降，清师进入福州。广西的孙延龄和广东的尚之信也表示要叛吴降清。十二月，孙延龄因事泄被杀，尚之信则遣使诣江西简亲王喇布军前投降。吴军处境愈益恶化，甚至连吴三桂的嫡系部队也开始降清，吴军的败局已经无法挽回了。1678年三月，吴三桂还想最后过一次皇帝瘾，他在衡州称帝，建国号周，改元“昭武”，册妻张氏为后，孙吴世璠为太孙，置官封拜，颁制新历，举行云贵乡试。这些小动作并不能带来什么好运，叛军仍然败仗连连，吴三桂气急败坏，不久便病倒在床，八月死于衡州，时年六十七岁。吴三桂死后，部下郭壮图、方光琛等拥立其孙吴世璠即位于贵阳。清廷则加强了政治策反和军事进攻。1679年，克复湖南、广西，1680年又下四川、贵州，进军云南，1681年春，清军包围云南省城昆明，并分兵克复附近州县。十月，昆明城内粮尽援绝，吴世璠自杀，余部投降。吴三桂掀起的这次持续八年之久的大规模的叛乱至此全部平定。
吴三桂一生事两朝叛两朝，留下了冲冠一怒为红颜的传奇故事，也以引清兵入关为千秋万代所唾骂。不过我们在前面已经分析过，引清兵入关虽然在当时不是正确的选择，但其实已经是唯一的选择，如果他不继续率兵残杀自己的同胞，或者后来没有叛清，他在历史上的名声起码不会比范文程、洪承畴更坏。而他的野心使他不但通过屠杀同胞来赚取荣华富贵，后来还要叛清，所以他“千古罪人”的头衔，恐怕就不是什么标新立异的翻案者可以摘掉的了。此外，关于吴三桂的评价，我认为张宏杰先生写的《另一面》中对他的分析写得非常好，值得一看。
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