水、肥、氣、熱、菌共同構成了根系的生長環境。每一次的灌水與排水過成完成了土壤與空氣中氣體之間的交換，當土壤空氣中氧氣含量低於5%時，根系停止生長，且容易腐爛。
好的生物菌肥，是菌與有機質、無機質的完美結合，不僅要滿足作物根系對有機、無機營養成份的需求，還可以滿足作物對土壤對疏鬆透氣性的需求。
恢復土壤團粒結構
生物菌肥內含的多種功能性微生物，以夫沃施沃葉為例，含側孢短芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、解澱粉芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌。這些菌群進入土壤後，在生長繁殖過程中產生大量的次生代謝產物，這些產物能夠促進土壤團粒結構的形成。團粒結構的形成能使土壤變得疏鬆、綿軟，保水保肥性能增強，水、氣、熱更加協調，減少土壤板結，有利於保水、保肥、通氣和促進根系發展，為農作物提供舒適的生長環境。
土壤微生物含量增加
好的生物菌肥把菌與有機質相結合，有機質的存在加強了土壤有益微生物的活動，從而最大限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質。這種物質又反過來刺激微生物的生長髮育，大大提高了菌的活性，促進了土壤微生物的繁殖，增加了豐富土壤中的養分。養分足，根系好，增產增收有保證。
增強土壤供肥及緩衝能力
生物菌肥中的有機質分解後，可大大加強土壤的深處供肥和耐酸鹼的能力，讓作物的根系生長髮育擁有良好的土壤條件。
刺激作物良性生長
生物菌肥中的有機質腐解後產生的一些酸性物質和生理活性物質，能夠促進種子發芽和根系生長。
提高作物的抗逆性
生物菌肥中的有機肥可增強土壤的蓄水蓄肥能力，可提高作物的抗旱能力。功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發生病害的幾率，進而起到增加產量的目的。
生物菌肥使土壤變得疏鬆，根系可以向深入生長，根深則葉茂，作物抗逆性自然就強。但是，現在市場上銷售的微生物菌肥要麼是單純的菌劑，要麼是單純的有機肥，使用過程中靠化肥、菌劑與有機質的混摻，非常麻煩。菌肥能把有機質、無機質與複合菌相結合，既保證了菌的活性，又把可快速吸收的N,P,K成份補充到肥料當中，極大的滿足了種植戶植株根腐、重茬種植出苗難的用肥需求，真正成為植物根系的最愛。
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