小產權房將無法辦理登記手續。日前，省自然資源廳印發《關於加快處理不動產登記歷史遺留問題的指導意見》（以下稱《意見》），解決不動產登記歷史遺留問題，其中明確“集體所有土地上開發的商品住房，一律不得辦理不動產登記”。
小產權房不予辦理相關登記手續
解決不動產登記歷史遺留問題非常迫切。過去因為分散登記，把關不嚴，帶來的遺留問題，隨著不動產統一登記制度的深入推進而集中爆發，影響了登記業務開展和不動產權利人的合法權益。《意見》明確，解決問題的主體為各地級以上市、縣（區）政府，並且要在本意見實施後半年內，對制定出臺處理歷史遺留問題的法規或改革性文件的期限予以明確。
遺留問題中，房屋所有權和土地使用權主體不一致的情況較為突出。由於原土地房屋分開登記，很多房屋在沒有辦理土地使用權證或不符合相關規定無法辦理土地使用權證的情況下，辦理了房屋所有權證甚至還進行了轉讓（含多次轉讓），因此出現了大量的歷史遺留問題，包括房屋土地權屬來源資料不齊、只有房產證沒有土地使用證等。
對於該類問題，《意見》主要是對依法可以辦理土地使用權證的，依法依規辦理房地合一的不動產權證書；對需要補充相關手續的，按照規定盡力完善手續；對小產權房等不符合法律法規規定的，不予辦理相關登記手續。
政府須完成登記數據遷移整合和建庫
而關於房改房等問題，則分兩種情況：對於出讓性質的宗地，考慮到有些房改房或經適房所在宗地雖為出讓性質，但並未按市場價格繳納相關價款，須按規定繳納相關價款；對於劃撥性質的宗地，須依法補繳土地出讓金。
房屋用途和土地用途不一致的，首先明確處理範圍是不動產統一登記實施前房屋用途和土地用途登記不一致的不動產。其次明確未經依法批准，登記時不得改變不動產用途，並要求地方政府在登記後一年內組織完善相關手續。
此外，《意見》要求原各登記機構應依法將原始紙質登記資料和電子登記數據完整移交至不動產登記機構。移交後，各部門均可通過不動產登記信息平臺進行信息的互通共享應用。還要求各級政府全面完成不動產登記數據遷移整合和建庫。
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