1994年1月26日，深圳市足球俱乐部成立，并在同年获得第三级别联赛冠军，顺利升入甲B。1995年，深圳队获得甲B联赛冠军，并成功升入甲A。1996年，球队在实现三级跳的同时，因成绩不佳，由于同年降入甲B。可谓大喜大悲。
1997年平安保险集团全资收购深圳队，球队改名深圳平安队。并于同年获得甲B亚军，成功冲A。
2002年，球队获得了甲A联赛亚军，这是球队在甲A时代的最佳成绩。
2002年12月，健力宝集团全资收购深圳市足球俱乐部，并于2003年更名为深圳健力宝足球俱乐部。2004年联赛改制并更名为中国足球超级联赛，同年，深圳健力宝夺得联赛冠军，至此球队成为了首个中超冠军。
2005年，深圳队在亚冠联赛一举杀入四强，但半决赛两回合总比分0-6败给了阿尔艾因而无缘决赛。其后，球队因为资金紧张，经营不善，加上朱广沪被抽调国足，导致球队成绩大幅下滑。
2006年，金威啤酒冠名球队，同年撤资。2007年，球队获一家广州企业赞助，俱乐部更名为深圳香雪上清饮足球俱乐部，又于同年撤资。2008年，深圳足协托管球队。2009年，健力宝彻底撤股。
2009年，俱乐部更名为深圳市亚旅足球俱乐部，同年完成保级。2010年，俱乐部更名为深圳市红钻足球俱乐部，同年完成保级。2011年球队因战绩不佳降入中甲。
2014年7月15日，深圳红钻在主场进行的中国足协杯第三轮赛事以0-5惨败山东鲁能。队员们赛前就因被欠薪而计划放弃本场比赛，经各方一番紧急沟通后，深足队员同意参赛，但球员仍以特殊方式表达对欠薪的不满。
2016年，佳兆业集团冠名球队，队名更改为深圳佳兆业队。球队先后经历唐尧东，西多夫，埃里克森，王宝山，卡罗五位教练，并于2018年成功冲入中超。
2018年11月3日下午，2018 中甲联赛第 30 轮在深圳体育场打响。深足凭借普雷西亚多梅开二度，徐洋、奥汗德扎、李晋庆各进一球，5 比 0 击败浙江毅腾。球队在积分榜上反超浙江绿城上升至第二位，在最后时刻收获冲超名额，时隔7年重返中超联赛舞台。
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