一、戰爭背景
引發此次戰爭的背景是蒙古準噶爾部可汗策妄阿拉布坦武力入侵西藏，殺死拉藏汗，佔領了西藏。
策妄阿拉布坦的爸爸叫僧格，僧格是葛爾丹的哥哥。準噶爾汗位本來是傳給僧格的，但僧格被同父異母的哥哥車臣臺吉和卓特巴巴圖爾謀殺了，當時正在西藏當活佛的葛爾丹返回準噶爾部，繼承了汗位。後來，葛爾丹被康熙皇帝打敗後，策妄阿拉布坦趁機襲取了準噶爾部的汗位。
西藏與蒙古部落發生聯繫的是：和碩特部首領顧實汗出兵幫助黃教（格魯派）成為西藏的宗教領袖，然後西藏就由顧實汗、達賴、班禪、第巴四種力量執政。達賴、班禪是黃教創立人宗喀巴的兩大弟子，以後世代相傳。第巴是頭人的意思，負責當地行政事務。
西藏最後一任和碩特汗是拉藏汗。康熙二十一年（公元1682年），西藏五世達賴喇嘛羅桑嘉措逝世，第巴桑結嘉措秘不發喪，竊據政權。直到康熙三十五年，清廷才發現這一陰謀。同年十月，清廷冊封倉央嘉措為六世達賴喇嘛，就是寫詩的那位；第巴仍由桑結嘉措擔任。而第巴桑結與拉藏汗也因為立新達賴交惡。
第巴桑結知道拉藏汗始終是他權力路上的一塊拌腳石，決意先下手為強，康熙四十四年，桑結嘉措以毒謀害拉藏汗未果，拉藏汗集眾討誅第巴桑結，第巴桑結兵敗被殺，拉藏汗控制了西藏。拉藏汗奏請清廷廢除倉央嘉措，另立益西嘉措為六世達賴喇嘛，得到了清廷的批准，清朝還派了欽差大臣赫壽赴藏監理拉藏汗。然而，拉藏汗立益西嘉措遭到了各地藏族王公的反對，青海的各蒙古臺吉選立了裡塘（今四川理塘）的噶桑嘉措為六世達賴。於是，雙方發生了真假達賴之爭。準噶爾部與和碩特部素有矛盾，策妄阿拉布坦對和碩特部拉藏汗控制西藏早就心懷不滿，見拉藏汗與青海諸臺吉為真假達賴爭論不已，便決意趁機出兵。策妄阿拉布坦先娶了拉藏汗之姐為妻，又招拉藏汗之子為女婿，使拉藏汗放鬆了對他的戒備。
二、策妄阿拉布坦出兵
康熙五十五年十月（公元1716年），策妄阿拉布坦以護送拉藏汗之子噶爾丹丹衷夫婦回藏省親為由，派手下名將大策零敦多布率兵六千，向西藏進發。
大策凌敦多布自新疆伊犁朝伊賽克湖西進，繞過騰格里山，途經烏什，沿塔里木大沙漠西邊南進。十一月，經葉爾羌（即莎車），抵達阿里克休整。然後改變路線，向和田行軍。在和田備足給養後，沿玉龍哈什河南迸，艱難地越過了荒無人煙的崑崙山。
主管阿里地區的總管康濟鼐是拉藏汗的女婿。將從葉爾羌得到的消息報告給了拉藏汗，說準噶爾派軍六千人護送噶爾丹丹衷夫婦朝拉達克開來。可惜沒有引起拉藏汗的警覺。第二年七月初，準噶爾大軍越過克里野拉大山，經納克產隘口，駐紮在申扎縣一帶。拉藏汗仍不在意，還令其次子蘇爾紮帶領人馬去迎接噶爾丹丹衷夫婦。
當蘇爾扎到達達木時，準噶爾軍已繞過納木錯湖，進入達木草原，並襲擊了蘇爾紮帶領的隊伍。蘇爾扎逃回拉薩，將情況報告給了拉藏汗。拉藏汗急找侍郎赫壽商量對策，決定一邊派人去西寧送信，上奏朝廷乞師援藏；一邊令藏軍統帥頗羅鼐整兵備戰。
三、拉藏汗兵敗身死
但大策凌敦多布並不急於進攻拉薩，而是將主力集中到達木草原的當雄一帶，先派人潛入拉薩，與三大寺眾喇嘛取得了聯繫，準備裡應外合攻擊拉藏汗。同時向各處派人宣傳：準噶爾大軍將廢除拉藏汗任定的六世達賴益西嘉措，迎請噶桑嘉措坐床。
頗羅鼐集中了優勢兵力，開往達木與準噶爾軍隊決戰。藏軍雖然數量上處於優勢，但準噶爾軍隊的戰鬥力更強，藏軍開始節節敗退。拉藏汗也帶領兩個兒子蘇爾扎和色布騰臨陣督戰，但仍不能抵擋準噶爾軍隊的猛烈進攻。無奈之下，拉藏汗提出停戰。他從扎什倫布寺請來了班禪額爾德尼，希望他說服其弟子大策凌敦多布，其實是在拖延時間，等待清廷援軍。大策凌敦多布識破了拉藏汗的計策，率軍繼續攻打藏軍。與此同時，格魯派和拉薩三大寺的喇嘛們四處籌集糧食、衣服、武器、彈藥和兵源提供給準噶爾軍。十月底，大策凌敦多布對藏軍展開了全面攻勢。藏軍潰敗，頗羅鼐受傷，拉藏汗及其兩個兒子逃回拉薩。
接著，準噶爾軍隊四面包圍了拉薩城。十月二十八日夜，大策凌敦多布引誘拉藏汗手下的噶卜倫沙克都爾扎卜、唐古特臺吉和納木扎勒等人打開了拉薩北城門，準噶爾軍攻入城內，佔領了大昭寺、小昭寺，接著包圍了紅山頂上的布達拉宮。大策凌敦多布要求拉藏汗出降，並交出假達賴喇嘛益西嘉措。拉藏汗不從。十月三十日晚，準噶爾軍隊破門入宮，拉藏汗和他的兩個兒子從北門逃出，途中拉藏汗被準噶爾軍隊殺死，蘇爾扎和色布騰等三十多人，慌不擇路，逃到了大臣達克咱家裡。達克咱將他們送交大策凌敦多布。大策凌敦多布任命達克咱為第巴。
四、清軍第一次遠征西藏全軍覆沒
其實，在大策凌敦多布出發時，康熙已經知道這一消息了，只是對他的動機不明瞭，因而只是加強了西寧的防務。西藏城破的消息傳到北京後，康熙這才調集駐防西寧、青海的滿八旗、綠營兵以及土司兵組成遠征軍，命西安將軍額倫特、侍衛色楞及內大臣策旺諾爾布等人統領出徵。清軍統帥們對準噶爾軍的戰鬥力並沒有足夠重視，認為其區區不過幾千人，又是勞師遠征，尤其是侍衛色愣搶功心切，平日又與額倫特不和，於是他們兵分兩路，各率一路。
從西寧至西藏有兩條路：一是走庫庫賽，一是走拜圖。四月，色楞與侍讀學士査禮渾率領2500人自拜圖出發。額倫特和策旺諾爾布率領4500人, 從庫庫賽出發，他們準備在木魯烏蘇（今青海通天河）會師。四川提督康泰也奉命率領所屬1000人經打箭爐（四川康定）奔察木多。
大策凌敦多布得知清朝援軍奔木魯烏蘇的消息後，在哈喇烏蘇以西的那曲一帶，埋伏了由準噶爾和藏軍組成的數萬兵力，同時向哈喇烏蘇東北派遣了小股輕騎，以誘清軍深入到那曲一帶，然後一舉殲滅之。
七月上旬，色楞率領的清軍越過拜圖嶺到達哈喇烏蘇，臺吉卓裡克圖之子博音馬松、臺吉丹津綽音達克及沙克扎宰桑等人突然來降，詭稱準噶爾軍隊向當地居民勒索口糧，謀擊清軍，應該趁他們尚未準備之機，進兵剿滅為宜。色愣輕易地相信了他們。於是色楞不等額倫特的人馬到來，於七月二十一日，在博音馬松等人帶領下孤軍深入那曲。路遇準噶爾一支小分隊，色楞揮軍分路夾擊，準噶爾輕騎佯敗退卻，將色楞之軍誘向埋伏圈。
額倫特的軍隊抵達齊諾郭爾安營後，接到沙克扎宰桑等人的報告，說色楞希望額倫特速赴哈喇烏蘇會師。額倫特不知真偽，於是拔營前往那曲與色楞會師。這樣，額倫特和色愣率領的六千多人，就完全陷入了大策凌敦多布精心設計的包圍圈。大策凌敦多布將伏兵分成兩股，一股包圍了額倫特和色楞，另一股切斷了清軍的歸路。額倫特遠征時，沿途未設兵站，留守木魯烏蘇的副都統宗查布的少數軍隊無力往援。
清軍被圍後，大策凌敦多布圍而不攻，等清軍糧盡水竭，自行餓死。如此圍困了月餘，清軍吃完了所有糧食和牲畜，最終成了準噶爾和藏軍的刀下之魂。
四川提督康泰率軍經打箭爐進入藏地後，在拉西附近被黑帽喇嘛誘殺，所部死傷慘重，所剩五百多人被準噶爾軍隊截獲。就這樣，清朝首次進軍西藏的兩路軍馬，以全軍覆沒而告終。
四、清軍第二次遠征西藏
清兵全軍覆沒於哈喇烏蘇的消息傳到北京後，滿朝震驚！大臣紛紛表示“藏地遠且險”，不宜於用兵。但康熙皇帝認為，如果大策凌敦多布長期盤據西藏，勢必進一步威脅青海、四川、雲南等地。於是康熙皇帝力排眾議，決心第二次出兵西藏。
此次康熙皇帝做了充足的準備，任命皇十四子允禵為撫遠大將軍，居中調度；豪格之孫延信為平逆將軍，率軍二萬餘出青海，向喀喇烏蘇進兵，為中路；噶爾弼、嶽鍾琪率軍七千餘，由四川巴塘進藏，為南路；富寧安、傅爾丹，分別於巴里坤、阿爾泰策應，為西路。四川巡撫年羹堯負責籌足糧餉，開設驛站。同時冊封塔爾寺的噶桑嘉措為新的六世達賴喇嘛。
延信率領的中路大軍自木魯烏蘇出發後，沿著額倫特曾經走過的庫庫賽嶺徐徐而進，護送噶桑嘉措前往西藏。這條道路多深山窮谷，瘴氣瀰漫，清軍除戰勝惡劣的自然條件外，接連打破了大策零敦多布的重重阻截。
噶爾弼率領的南路清軍於康熙五十九年六月從成都啟程，一路經打箭爐、裡塘、巴塘，於六月間佔領察木多（今西藏昌都），七月底進至拉里（今西藏嘉黎）。大策零敦多布派吹木丕勒寨桑率領2600人守禦墨竹工卡。噶爾弼在攻佔拉里城後，準備等待中路軍到來後再前進，此時改變了原定計劃，於八月初六直撲墨竹工卡，吹木丕勒寨桑逃往達木，墨竹工卡的呼圖克圖歸順了清軍。清軍佔領墨竹工卡後，隨即進攻噶爾招穆倫渡口，這裡只有第巴達克咱率領的2000餘藏兵據守，結果清軍一到，藏兵不戰而潰，達克咱投降。於是噶爾弼的大軍順利渡過了噶爾招穆倫河，率先開進了拉薩城。原來，大策凌敦多布將主力全部集中於達木和哈剌烏蘇一帶，準備對付來自青海的中路大軍，導致拉薩防禦空虛，被噶爾弼的南路軍輕鬆襲取。
佔領拉薩後，噶爾弼派兵固守從拉薩通往各地的交通要道，截斷了大策凌敦多布的給養，同時捉拿了三大寺和其他各廟內居住的準噶爾喇嘛一百多人，處死了五名總管喇嘛。
延信率領的中路軍越過庫庫賽嶺後，進抵哈喇烏蘇。八月十五，大軍紮營於卜克河畔。半夜，遭到了準噶爾軍的突襲，殺傷了數千清軍。八月二十日、 二十二日，清軍又連續遭到準噶爾軍隊的襲擊。但大策凌敦多布在得知拉薩失守的消息後，於是放棄了攻打青海一路清軍的計劃，率領所部經納克產隘口，越克里野嶺，遁回了準噶爾。
此後，清朝在西藏建立了噶倫制度。而青海的和碩特部親王羅卜藏丹津想趁機恢復其祖先顧實汗對青藏地區的統治，結果被清廷否定了，於是他在雍正元年發動了叛亂。
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