过滤器是水族箱的一个重要的组成部分，它的作用就是通过过滤器中的过滤材料，将水中的杂质、鱼的排泄物、鱼的分泌物、残饵、水草的腐枝烂叶以及水中的有机物过滤掉，以此调节水的各项指标，维抟水族箱内的水质稳定，保持水族箱内的水质永久地清新、透彻，使水草、热带鱼在水族箱中生活如同在野外的生态环境一样。
过滤器由过滤槽、抽水泵和过滤材料组成。它的工作原理是通过抽水泵将水族箱内的水抽吸到过滤槽中，由过滤槽内的过滤材料进行过滤，过滤材料将水中的有害物质或杂质留在过滤槽内，经过过滤的水再回到水族箱中。这是最简单的机械过滤过程，然而，要保持水族箱内的水质能长久地维持在最初状态，只靠机械过滤是不够的。过滤系统作用主要是三个：
1、物理过滤，滤材为过滤棉(粗/细)。
利用滤棉中的纤维把水中的不溶性杂质、废物阻隔下来。物理过滤是过滤系统中必不可少的一个部分。滤棉常洗常换，能有效减少缸中有机 物的含量，进而减少硝化系统的负担，再进而减少最终矿物质废物的产出。忽视物理过滤的过滤配置方案，不客气的说，是把鱼缸当成化粪池了。
2、化学过滤，滤材为吸氨石、软水树脂、草泥丸、活性碳。
利用吸氨石、软水树脂、草泥丸等，通过化学的方法，去除可溶于水的有害物质，或调节PH值(酸碱度)； 另外，活性碳运用在过滤中，虽然它起到物理的吸附作用，但针对的仍是溶于水的物质，所以在这里，认为放在化学过滤这个部分更容易理解。
3、生物过滤，滤材为玻璃环、生化球、生化棉等。
运用玻璃环、生化球等滤材，提供硝化细菌良好的生长空间，利用硝化细菌的生物作用，把鱼类、水草新陈代谢产生的有毒废物转化为无毒物质。这是保持水族箱水质稳定的最重要环节。
4、其他作用：比如过滤的水流还能起到冲刷清洁水草叶面、促进鱼只游动锻炼、防止水体温度分层等，这些是属于附带的正面效应了。
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