在同治九年，又發生了兩江總督、封疆大吏馬新貽被刺的要案，真是朝野震驚，舉國傾注。事情發生在同治九年七月二十六日上午，馬新貽校場閱兵完畢，返回督署的路上，為刺客張汶祥所殺。刺客並不逃走。 高喊：“刺客是我張汶祥！”讓那班怕死的衛士捉拿。
這個案子發生後，清廷十分驚恐，知道此案涉及封疆大臣的內幕褻聞，於臉面上大不光彩。因此，只能掩蓋矛盾，粉飾門面。慈禧太后為了維繫她搖搖欲墜的統治，親自出面處理此案。把正在天津處理教案的大員曾國藩，調來審理這個案件。又在曾國藩出發前夕，召見了他，面授機宜，說“馬新貽辦事很好”，為此案定了調子。這還不放心，一週之內，又連連派出大員參與審案。刑部尚書鄭敦謹，也奉旨與曾國藩同審。經過一番緊鑼密鼓，終於為張文祥定了一個“漏網發逆”和“復通海盜”的罪名，將張汶祥處決，剜了張汶祥的心，去祭奠這位馬新貽，又厚厚地予以撫卹。一句話，馬新貽是一個好官，張汶祥是一個發逆。
然而，事情的真象總是難以隱瞞的，紙包不住火。大量的野史、筆記、小說、戲曲，卻不顧官方史家的曲筆，將馬新貽被刺原委，一一公諸於眾。原來，馬新貽之所以官運亨通，靠的是假報軍功，又結納權貴才得來的。他在所謂的“剿匪”戰鬥中，原本是一個敗軍之將。被俘以後，又沒有骨氣，與“匪首”義結金蘭，成了拜把兄弟。再由他的把兄弟導演一幕馬新貽收復失地的鬧劇，欺瞞了朝廷，以至爬上封疆大吏的寶座。飛黃騰達以後，那些拜把兄弟原以為可以攀附於他，千里迢迢來投靠。馬新貽奸佔了拜把兄弟的妻室，又誘殺了拜把兄弟。張文祥因偶然的原因逃脫他的魔掌，才弄出這一出刺馬的大案來。由此可見，清廷所依重的大臣，漁色負友，形同禽獸。凡此種種，正是清廷官場腐敗的縮影，無怪慈禧太后煞費苦心，一定要把真象掩蓋起來。
此事轟動朝野，慈禧太后驚問：“這事豈不甚奇？”曾國藩誠惶誠恐地回答：“這事很奇。” 更奇的是，案犯張汶祥供詞閃爍，主審大員奏案含糊，期間雖有曾國藩、鄭敦謹等朝廷大員複審，卻始終未得真相，次年十月，張汶祥被剖腹挖心，祭奠馬靈。
由於“刺馬案”一拖半年之久不能結案，難免傳聞四起，使此案更加撲朔迷離，後人將“刺馬案”與“楊乃武與小白菜案”，“名伶楊月樓案” “太原案”並稱為“清末四大奇案”。
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