据王阳明年谱记载说，他在做官两年后，有一次奉命去江北公干，他在游九华山时遇到一个异人与他论最上乘说：“周濂溪、程明道士儒家两个好秀才。”此时的王阳明常常出没于佛寺道观之中，有时在溪边岩石上独坐，有时在空山幽谷之中长啸，写的诗里也常常出现僧、仙、佛寺、丹洞、龙、虎、丹书等等象征符号。
他返回老家余姚的一段时间里，筑室于阳明洞隐修，这也是他号阳明子的由来。他认真修习道家的功夫，甚至获得了“前知”的能力，有一次他在阳明洞中打坐，他有四个朋友来拜访他，刚一出门，他就让自己的仆人去迎接他们，并告诉仆人这些朋友走哪条路来，仆人走到半路就遇到这几个朋友，与他事前说的完全一样，大家都非常惊异，以为他已经得道。但王阳明自己却认为这不过是播弄精神，并不是真正的道。
当时的王阳明准备完全脱离俗世，追求道家至善至极的境界，但是他对自己祖母和父亲的亲情却阻碍他真正完全去做一个隐修之士。这二者是无法同时兼顾的，通过长久的思想斗争，他终于认识到，对父母的感情深深扎根于人的本性之中，割舍这种感情就丢掉了做人的根本。这也是儒家学说最根本的见解之一。他在自己的内心做出了抉择，承认自己对祖母和父亲的感情是人性中不可话出的真实。
一年后他移居风景秀丽的西湖，这期间他参访了许多佛寺，遇到了不少异人，并和他们进行了认真的交谈。有一次，他遇到了一位禅师，这位高僧坐关三年，足不出户，三年之内，闭目闭口，不发一言，不视一物，同寺的僧人都认为他是有道德高僧。王阳明见到他后，大声喝道：“这和尚终日口巴巴说什么，终日眼睁睁看什么。”这个和尚大惊，睁开眼睛和他说话，王阳明问到他的家庭。和尚说：“母亲还在世。”王阳明问：“你曾想念他吗？”和尚低头良久答道：“不能不想。”然后王阳明对他讲孝亲之爱的真义，和尚感动得流下了眼泪，第二天就离开寺庙了。王阳明据此得出了结论，家庭的纽带是强韧有力的，人对父母的感情深深地扎根于人的本性之内。压制这种亲情不仅不可取，而且不自然。如果违背人类的基本感情，自我的基础就会动摇。通过这些经历和探索，王阳明意识到佛道两家所存在的缺陷，他的精神发展到了一个新的阶段。
在其后王阳明应诏进京，担任吏部的一个低级属官。在他去山东主持乡试之时，壮游泰山，写诗歌颂至圣先师孔子。回京后他升任兵部武选清吏司主事，虽然官阶不高，但作为一个观念大胆，才华出众的人，他在京城已颇有名气，吸引了不少的追随者，34岁时，他正式开门收徒。同时与当时的著名学者湛若水盟誓，共同讲学。他毫不含糊的告诉他的学生，立志做圣贤是在他门下学习的先决条件。王阳明教导他的弟子说，读书学习的真正目的不只是获得外在的东西，如功名利禄之类，而应该是讲究“身心之学”。其核心是如何进行自我修养，让古代圣贤的话深入内心。
王阳明一生最大的一次磨难发生在正德元年（即公元1506年），当时十四岁的武宗皇帝爱好游乐，宠信太监刘瑾。刘瑾借皇帝的宠信作威作福，把持朝政，许多朝臣忍无可忍，纷纷上奏章请求皇帝驱逐刘瑾。其中戴铣和薄彦徽的奏章导致了大批官员被捕，王阳明此时单独上了一道奏疏为这两位官员请命。王阳明正义的抗议行动激怒了那位权势熏天的阉臣，他为此付出了高昂的代价。被囚禁了两个月，当着众多高级官员的面仗责四十，然后流放到万山从薄、苗寮杂居的蛮荒之地贵州龙场。
在流放的途中，刘瑾派人暗杀他，为了摆脱追踪他制造了落江身亡的假象，他的年谱中记载了他流放途中发生的两件近于传奇的事件：
夜扣一寺求宿，僧故不纳。趋野庙，倚香案卧，盖虎穴也。夜半，虎绕廊大吼，不敢入。黎明，僧意必毙于虎，将收其囊；见先生方熟睡，呼始醒，惊曰 ：“公非常人也！不然，得无恙乎？”邀至寺。
第二件事是在和尚邀请他进入寺里之后，竟遇到了他二十年前他大婚之日遇到的那个道人：
寺有异人，尝识于铁柱宫，约二十年相见海上；至是出诗，有“二十年前曾见君，今来消息我先闻”之句。与论出处，且将远遁。其人曰 ：“汝有亲在，万一瑾怒逮尔父，诬以北走胡，南走粤，何以应之？”因为蓍，得《明夷 》，遂决策返。先生题诗壁间曰 ：“险夷原不滞胸中，何异浮云过太空？夜静海涛三万里，月明飞锡下天风 。”因取间道，由武夷而归。时龙山公官南京吏部尚书，从鄱阳往省。十二月返钱塘，赴龙场驿。
这些记载颇有神秘色彩，老虎当然不会怕他，但他流放途中遭遇困难危险应该是事实，他在被囚期间研读易经，多次卜卦。当他流放途中前途茫然，为自己算了一卦，来决定未来的行动方案，占得“明夷”卦。这一卦的断辞大意是说：“光明消退，黑暗降临，面对灾难，应该坚贞守正，”
在经过长途奔波，历经千辛万苦的王阳明终于抵达了龙场，那里群山环峙，森林茂密，笼罩着瘴疠之气，到处毒虫横行。他没有现成的房屋可以居住，不得不自己动手搭建一座小茅屋。他为了吃饭不得不去采薇种粮。同时，他的三个仆人生了病，阳明自己砍柴、取水、为病人煮粥，为了让他们心情舒畅一些，他还为他们唱歌，给他们弹唱他们家乡的小曲。正是在种极端困苦的环境中，阳明再三问自己：“圣人处此，更有何道？”在这样的处境下做圣贤的意义是什么呢？
还有，在这种极端困苦的环境中，一个儒家的圣贤又会怎么做呢？
阳明再次陷入激烈的思想斗争，经过一段时间的自我修炼，他感觉自己达到了一个新的高度。能够超脱贫富得失的世俗价值，能够欣然接受自己的命运，但是他还不能完全克服对死亡的恐惧。这给他带来了巨大的烦恼，最后，他决定孤注一掷，他为自己造了一具石棺，日夜在石棺前静坐。他甚至发誓说：“吾惟俟命而已。”只有这样，他才慢慢体验到内心的平静。
1508年一个春天的夜晚，王阳明在睡梦中突然惊醒，像着了魔一样喊叫起来。他的两个仆从被惊醒时，他已开始自言自语：“是了！是了！圣人之道，从我们自己的心中求取，完全满足。从前枝枝节节地去推求事物的原理，真是大误。实际上，‘格’就是‘正’的意思，正其不正，便归于正。心以外没有‘物’。浅近而言，人能‘为善去恶’就是‘格物功夫’。‘物格’而后‘知致’，‘知’是心的本体，心自然会‘知’。见父知孝；见兄知弟；见孺子入井，自然知恻隐；这便是‘良知’，不假外求。倘若‘良知’勃发，就没有了私意障碍，就可以充足他的恻隐之心，恻隐之心充足到极点，就是‘仁’了。在常人，不能够没有私意障碍，所以要用‘致知格物’一段功夫去胜私复理，到心的‘良知’没有障碍，能够充塞所以要用‘致知格物’一段功夫去胜私复理，到心的‘良知’没有障碍，能够充塞流行便是‘致知’。‘致知’就‘意诚’了，把心这样推上去，可以直到‘治国’‘平天下’。”想到这里，王阳明感觉到胸中爽快异常，向着静寂的夜空一声长啸。这就是王阳明个性发展史上，甚至也是中国思想史上划时代的一件大事——“龙场悟道”，归纳为八个字则是：“吾性自足，不假外求”。
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